The cooperative function of arginine residues in the Prototype Foamy Virus Gag C-terminus mediates viral and cellular RNA encapsidation

Table 1 qPCR Primer/probe sets

Target	Primer/Probe	5′-3′ sequence^a	Cycle conditions
PFV genome (Integrase 1)	fwd	CTTCAACCTTTGCTGAATG	95°C, 8 min, 1×
	rev	TAATACAGGGCTATAGGTGT	95°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-TTGGAATTCAGTACTCCTTATCACCC-BHQ1	58°C, 30 s, 40×
PFV genome (Integrase 2)	fwd	TGCAATTCCAAAGGTGATTC	95°C, 8 min, 1×
	rev	TACCTCTTTCCTTTGCCCAT	95°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-TCAAGGTGCAGCATTCACTTCTTCAA-BHQ1	59°C, 30 s, 40×
EGFP	fwd	GCAGTGCTTCAGCCGCTAC	95°C, 8 min, 1×
	rev	AAGAAGATGGTGCGCTCCTG	95°C, 30 s, 40×
	probe	HEX-CCGACCACATGAAGCAGCACGACTT-BHQ2	59°C, 30 s, 40×
	probe	HEX-CCGACCACATGAAGCAGCACGACTT-BHQ2	72°C, 45 s, 40×
GAPDH	fwd	CATCAATGGAAATCCCATCA	95°C, 45 s, 40×
	rev	GACTCCACGACGTACTCAGC	95°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-TCCAGGAGCGAGATCCCTCCA-BHQ1	59°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-TCCAGGAGCGAGATCCCTCCA-BHQ1	72°C, 30 s, 40×
ACTB	fwd	TGGACTTCGAGCAAGAGATG	95°C, 8 min, 1×
	rev	GAAGGAAGGCTGGAAGAGTG	95°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-CGGCTGCTTCCAGCTCCTCC-BHQ1	59°C, 30 s, 40×
	probe	FAM-CGGCTGCTTCCAGCTCCTCC-BHQ1	72°C, 30 s, 40×
ASB1	primer/probe mix	HS00211548_m1 Gene Expression Kit Applied Biosystems	95°C, 10 min, 1×
			95°C, 15 s, 40×
			60°C, 1 min, 40×
PGK1	primer/probe mix	HS99999906_m1 Gene Expression Kit Applied Biosystems	95°C, 1 min, 1×
			95°C, 15 s, 40×
			60°C, 1 min, 40×
PLEKHB2	primer/probe mix	HS00215820_m1 Gene Expression Kit Applied Biosystems	95°C, 10 min, 40×
			95°C, 15 s, 40×
			60°C, 1 min, 40×

^aFam: 6-carboxyfluorescein; HEX: hexachloro-fluorescein; BHQ1: Black Hole Quencher 1; BHQ2: Black Hole Quencher 2.

ISSN: 1742-4690