Table 2 Average amino acid diversity of viral proteins within individual HIV clades (%)

HIV-1

Subtype A1

13.07

7.3

7

19.89

5.59

6.44

4.76

13.63

9.86

18.14

16.83

23.04

23.34

13.38

14.64

Subtype B

12.92

4.95

10.83

14.99

8.21

6.04

4.91

14.71

11.29

19.32

18.34

20.04

23.93

15.59

17.79

Subtype C

16.11

5.77

9.39

15.52

6.15

5.84

4.45

10.61

10.64

15.37

16.10

20.21

22.89

14.19

14.96

Subtype D

14.78

5.08

10.85

13.16

7.68

6.98

4.80

11.57

11.74

17.89

15.87

19.40

23.58

13.61

14.42

Subtype F1

13.69

5.71

10.07

16.72

8.84

6.42

4.76

11.04

9.26

17.01

15.70

18.27

20.24

13.39

14.02

Subtype G

17.33

5.54

7.40

17.21

6.60

7.30

4.17

14.36

10.33

15.51

18.39

19.25

23.87

12.98

14.15

Subtype H

18.81

3.61

8.48

17.65

4.55

5.95

5.71

15.46

9.11

19.28

19.80

18.31

21.51

12.33

16.34

CRF01_AE

10.06

3.00

4.92

13.37

4.34

3.75

2.39

9.32

7.97

13.57

13.34

12.80

17.40

9.62

11.78

CRF02_AG

13.57

5.69

3.78

13.63

5.56

5.67

4.06

13.44

7.70

13.58

15.49

16.42

23.37

12.09

15.45

Group N

10.52

6.40

7.06

10.01

5.93

6.78

3.09

11.02

4.87

12.15

12.77

35.01

21.43

9.15

12.64

Group O

14.52

7.45

9.89

22.17

8.20

6.51

5.77

16.17

12.16

21.61

21.25

27.12

28.65

19.35

17.96

HIV-2

Group A

10.15

4.67

11.82

11.02

7.14

6.89

6.78

12.74

22.55

22.59

22.75

10.40

18.55

16.47

21.98

Group B

12.14

3.54

13.15

15.4

5.76

6.4

6.19

12.71

12.66

20.44

15.82

11.45

21.20

15.29

20.59