ID | Gender | Last negative HIV test | Country of origin | Diagnosis | Risk group | Months after first analysis | Plasma HIV RNA (copies/ml) | CD4 count | Sub-type | Resistance Profile PR | Resistance Profile RT | p-distance | p-value dN/dS |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Transmitted variants harboring only NRTI-related mutations | |||||||||||||
P01 | Male | Â | NL | May 2007 | MSM | 0 | >750000 | 461 | B | Â | M41L | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 10 |  |  |  |  | M41L | 0.001 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 16 |  |  |  |  | M41L | 0.002 | 0.290 |
P02 | Male | Â | NL | Jan 2008 | MSM | 0 | 21800 | 423 | B | Â | M41L | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | M41L | 0.005 | 0.225 |
 |  |  |  |  |  | 28 |  |  |  |  | M41L | 0.005 | 0.225 |
P03 | Male | Jan 2004 | BE | Jun 2005 | MSM | 0 | 41000 | 483 | B | Â | M41L | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | M41L | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 32 |  |  |  |  | M41L | 0.002 | 0.152 |
P04 | Male | Â | NL | Feb 2007 | MSM | 0 | 102000 | 322 | B | Â | L210LS | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | - | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 25 |  |  |  |  | - | 0.002 | 1.000 |
P05 | Male | Â | SL | Jun 2001 | MSM | 0 | 12267 | 950 | B | Â | T215D | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | T215D | 0.011 | 0.060 |
 |  |  |  |  |  | 99 |  |  |  |  | T215D | 0.007 | 0.428 |
P06 | Male | Mar 2005 | SL | Feb 2006 | MSM | 0 | 797000 | 953 | B | Â | T215S | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  |  | T215S | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 21 |  |  |  |  | T215S | 0.000 | 1.000 |
P07 | Male | Â | NL | Sep 2008 | MSM | 0 | 36300 | 521 | B | Â | T215D | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | T215D | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 27 |  |  |  |  | T215D | 0.000 | 1.000 |
P08 | Male | Sep 2004 | NL | Dec 2004 | MSM | 0 | 583000 | 596 | B | Â | T215IT | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  |  | - | 0.000 | 1.000 |
P09 | Male | Sep 2006 | NL | Sep 2007 | MSM | 0 | 158000 | 678 | B | Â | T215AT | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  |  | T215AT | 0.001 | 0.294 |
 |  |  |  |  |  | 20 |  |  |  |  | T215A | 0.000 | 1.000 |
P10 | Male | Oct 2003 | NL | Jan 2005 | MSM | 0 | 89800 | 289 | B | Â | K219N | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | K219N | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 44 |  |  |  |  | K219N | 0.000 | 1.000 |
P11 | Male | Â | BE | Mar 2006 | HSX | 0 | 318000 | 966 | B | Â | D67N T215C | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  |  | D67N T215C | 0.001 | 0.291 |
P12 | Male | Â | NL | Feb 2007 | MSM | 0 | 55900 | 609 | B | Â | D67G T215C K219E | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.007 | 0.156 |
 |  |  |  |  |  | 24 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.000 | 1.000 |
P13 | Male | Jul 2004 | NL | Nov 2007 | MSM | 0 | 294000 | 531 | B | Â | D67G T215C K219E | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.000 | 1.000 |
P14 | Male | Apr 2005 | NL | Jun 2005 | HSX | 0 | 750000 | 577 | B | Â | D67G T215C K219E | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.000 | 1.000 |
P15 | Male | Â | NL | Aug 2005 | MSM | 0 | 81000 | 470 | B | Â | M41L T69S T210E T215ST | Â | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | M41L T69S T210DE T215ST | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 39 |  |  |  |  | M41L T69S T210E T215ST | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 77 |  |  |  |  | M41L T69S T210E T215ST | 0.000 | 1.000 |
P16 | Male | Mar 2005 | NL | Jun 2006 | MSM | 0 | 34600 | 1129 | B | Â | M41L T69S T210E T215ST | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  |  | M41L T69AS T210E T215ST | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 33 |  |  |  |  | M41L T69S T210E T215ST | 0.001 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 49 |  |  |  |  | M41L T69S T210E T215ST | 0.001 | 1.000 |
Transmitted variants harboring only NNRTI-related mutations | |||||||||||||
P17 | Male | Feb 2005 | NL | Sep 2006 | MSM | 0 | 5990 | 790 | B | Â | K103N | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | K103N | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 30 |  |  |  |  | K103N | 0.000 | 1.000 |
P18 | Male | Jun 2004 | BE | Apr 2006 | MSM | 0 | 39900 | 648 | B | Â | K103N | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | K103N | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 28 |  |  |  |  | K103N | 0.000 | 1.000 |
P19 | Male | Â | NL | Sep 2005 | MSM | 0 | 21400 | 359 | B | Â | K103Q | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  |  | K103Q | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 59 |  |  |  |  | K103Q | 0.001 | 0.304 |
P20 | Male | 1995 | SL | Sep 2005 | MSM | 0 | 29300 | 421 | B | Â | Y181C | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 11 |  |  |  |  | Y181C | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 49 |  |  |  |  | Y181C | 0.002 | 0.305 |
P21 | Female | Â | GR | Sep 2004 | HSX | 0 | 905 | 699 | B | Â | G190A | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 10 |  |  | B |  | G190A | 0.005 | 0.866 |
P22 | Male | Â | GR | Jun 2004 | ? | 0 | 10500 | 918 | B | Â | G190A | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  | B |  | G190A | 0.005 | 0.387 |
Transmitted variants harboring only PI-related mutations | |||||||||||||
P23 | Male | Â | NL | Apr 2007 | HSX | 0 | 700000 | 664 | B | M46L | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 22 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
P24 | Male | Jan 2006 | NL | Apr 2008 | MSM | 0 | 5170 | 742 | B | M46L | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 10 |  |  |  | M46L |  | 0.001 | 0.310 |
 |  |  |  |  |  | 29 |  |  |  | M46L |  | 0.004 | 0.471 |
P25 | Male | Jul 2005 | NL | Aug 2008 | MSM | 0 | 421000 | 409 | B | M46L | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 23 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
P26 | male | Â | NL | Aug 2008 | MSM | 0 | 111000 | 657 | B | M46L | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 14 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 26 |  |  |  | M46L |  | 0.001 | 0.299 |
P27 | male | 05-11-04 | NL | Apr 2007 | MSM | 0 | 18100 | 699 | B | M46L | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  | M46L |  | 0.000 | 1.000 |
 |  |  |  |  |  | 38 |  |  |  | M46L |  | 0.001 | 0.306 |
P28 | male | 15-02-03 | NL | Mar 2005 | MSM | 0 | 69000 | 480 | B | L90M | Â | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 13 |  |  |  | L90M |  | 0.000 | 1.000 |
Transmitted variants harboring mutations against two drug classes | |||||||||||||
P29 | male | Â | NL | Dec 2001 | MSM | 0 | 288 | 1468 | B | Â | D67G Y181CY T215C K219E | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 10 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.006 | 0.148 |
 |  |  |  |  |  | 46 |  |  |  |  | D67G T215C K219E | 0.000 | 1.000 |
P30 | male | Â | NL | Jan 2005 | HSX | 0 | 26600 | 667 | B | G73S L90M | K103N | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 12 |  |  |  | L90M | K103N | 0.001 | 0.306 |
 |  |  |  |  |  | 18 |  |  |  | L90M | K103N | 0.001 | 0.306 |
P31 | female | Â | GR | Jul 2004 | HSX | 0 | 696 | 1288 | B | I54V V82A L90M | M41L D67N L210W T215D | Â | Â |
 |  |  |  |  |  | 10 |  |  |  | F53FL I54V V82A L90M | M41L D67N L210W T215D | 0.001 | 0.293 |