TY - JOUR AU - Larrouy, L. AU - Vivot, A. AU - Charpentier, C. AU - Benard, A. AU - Visseaux, B. AU - Damond, F. AU - Matheron, S. AU - Chene, G. AU - Brun-Vezinet, F. AU - Descamps, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Impact of gag genetic determinants on virological outcome to boosted lopinavir-containing regimen in HIV-2-infected patients JO - AIDS VL - 27 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32835a10d8 DO - 10.1097/QAD.0b013e32835a10d8 ID - Larrouy2013 ER - TY - JOUR AU - Larrouy, L. AU - Chazallon, C. AU - Landman, R. AU - Capitant, C. AU - Peytavin, G. AU - Collin, G. AU - Charpentier, C. AU - Storto, A. AU - Pialoux, G. AU - Katlama, C. AU - Girard, P. M. AU - Yeni, P. AU - Aboulker, J. P. AU - Brun-Vezinet, F. AU - Descamps, D. AU - Group, A. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gag mutations can impact virological response to dual-boosted protease inhibitor combinations in antiretroviral-naive HIV-infected patients JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 54 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00194-10 DO - 10.1128/AAC.00194-10 ID - Larrouy2010 ER - TY - JOUR AU - Wensing, A. M. AU - van Maarseveen, N. M. AU - Nijhuis, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fifteen years of HIV Protease Inhibitors: raising the barrier to resistance JO - Antiviral Res VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2009.10.003 DO - 10.1016/j.antiviral.2009.10.003 ID - Wensing2010 ER - TY - JOUR AU - Fun, A. AU - Wensing, A. M. AU - Verheyen, J. AU - Nijhuis, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Human Immunodeficiency Virus Gag and protease: partners in resistance JO - Retrovirology VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-9-63 DO - 10.1186/1742-4690-9-63 ID - Fun2012 ER - TY - JOUR AU - Larrouy, L. AU - Charpentier, C. AU - Landman, R. AU - Capitant, C. AU - Chazallon, C. AU - Yeni, P. AU - Peytavin, G. AU - Damond, F. AU - Brun-Vezinet, F. AU - Descamps, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dynamics of gag-pol minority viral populations in naive HIV-1-infected patients failing protease inhibitor regimen JO - AIDS VL - 25 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32834cabb9 DO - 10.1097/QAD.0b013e32834cabb9 ID - Larrouy2011 ER - TY - JOUR AU - Gupta, R. K. AU - Kohli, A. AU - McCormick, A. L. AU - Towers, G. J. AU - Pillay, D. AU - Parry, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Full-length HIV-1 Gag determines protease inhibitor susceptibility within in vitro assays JO - AIDS VL - 24 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3283398216 DO - 10.1097/QAD.0b013e3283398216 ID - Gupta2010 ER - TY - JOUR AU - Knops, E. AU - Kemper, I. AU - Schulter, E. AU - Pfister, H. AU - Kaiser, R. AU - Verheyen, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The evolution of protease mutation 76 V is associated with protease mutation 46I and gag mutation 431 V JO - AIDS VL - 24 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e328336784d DO - 10.1097/QAD.0b013e328336784d ID - Knops2010 ER - TY - JOUR AU - Bally, F. AU - Martinez, R. AU - Peters, S. AU - Sudre, P. AU - Telenti, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Polymorphism of HIV type 1 gag p7/p1 and p1/p6 cleavage sites: clinical significance and implications for resistance to protease inhibitors JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/08892220050116970 DO - 10.1089/08892220050116970 ID - Bally2000 ER - TY - JOUR AU - Ghosn, J. AU - Delaugerre, C. AU - Flandre, P. AU - Galimand, J. AU - Cohen-Codar, I. AU - Raffi, F. AU - Delfraissy, J. F. AU - Rouzioux, C. AU - Chaix, M. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Polymorphism in Gag gene cleavage sites of HIV-1 non-B subtype and virological outcome of a first-line lopinavir/ritonavir single drug regimen JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024798 DO - 10.1371/journal.pone.0024798 ID - Ghosn2011 ER - TY - JOUR AU - Knops, E. AU - Daumer, M. AU - Awerkiew, S. AU - Kartashev, V. AU - Schulter, E. AU - Kutsev, S. AU - Brakier-Gingras, L. AU - Kaiser, R. AU - Pfister, H. AU - Verheyen, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolution of protease inhibitor resistance in the gag and pol genes of HIV subtype G isolates JO - J Antimicrob Chemother VL - 65 UR - https://doi.org/10.1093/jac/dkq129 DO - 10.1093/jac/dkq129 ID - Knops2010 ER - TY - JOUR AU - Rossi, A. H. AU - Rocco, C. A. AU - Mangano, A. AU - Sen, L. AU - Aulicino, P. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequence variability in p6 gag protein and gag/pol coevolution in human immunodeficiency type 1 subtype F genomes JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 29 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2012.0311 DO - 10.1089/aid.2012.0311 ID - Rossi2013 ER - TY - JOUR AU - Libin, P. AU - Beheydt, G. AU - Deforche, K. AU - Imbrechts, S. AU - Ferreira, F. AU - Van Laethem, K. AU - Theys, K. AU - Carvalho, A. P. AU - Cavaco-Silva, J. AU - Lapadula, G. AU - Torti, C. AU - Assel, M. AU - Wesner, S. AU - Snoeck, J. AU - Ruelle, J. AU - De Bel, A. AU - Lacor, P. AU - De Munter, P. AU - Van Wijngaerden, E. AU - Zazzi, M. AU - Kaiser, R. AU - Ayouba, A. AU - Peeters, M. AU - de Oliveira, T. AU - Alcantara, L. C. AU - Grossman, Z. AU - Sloot, P. AU - Otelea, D. AU - Paraschiv, S. AU - Boucher, C. AU - Camacho, R. J. AU - Vandamme, A. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - RegaDB: community-driven data management and analysis for infectious diseases JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt162 DO - 10.1093/bioinformatics/btt162 ID - Libin2013 ER - TY - JOUR AU - Van Laethem, K. AU - Schrooten, Y. AU - Dedecker, S. AU - Van Heeswijck, L. AU - Deforche, K. AU - Van Wijngaerden, E. AU - Van Ranst, M. AU - Vandamme, A. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - A genotypic assay for the amplification and sequencing of gag and protease from diverse human immunodeficiency virus type 1 group M subtypes JO - J Virol Methods VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2005.10.008 DO - 10.1016/j.jviromet.2005.10.008 ID - Van Laethem2006 ER - TY - JOUR AU - Maes, B. AU - Schrooten, Y. AU - Snoeck, J. AU - Derdelinckx, I. AU - Van Ranst, M. AU - Vandamme, A. M. AU - Van Laethem, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Performance of ViroSeq HIV-1 Genotyping System in routine practice at a Belgian clinical laboratory JO - J Virol Methods VL - 119 UR - https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2004.02.005 DO - 10.1016/j.jviromet.2004.02.005 ID - Maes2004 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Verheyen, J. AU - Rhee, S. Y. AU - Voet, A. AU - Vandamme, A. M. AU - Theys, K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Functional conservation of HIV-1 gag: implications for rational drug design JO - Retrovirology VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-10-126 DO - 10.1186/1742-4690-10-126 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, T. F. AU - Shafer, R. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Web resources for HIV type 1 genotypic-resistance test interpretation JO - Clinical infectious diseases VL - 42 UR - https://doi.org/10.1086/503914 DO - 10.1086/503914 ID - Liu2006 ER - TY - JOUR AU - Van Laethem, K. AU - De Luca, A. AU - Antinori, A. AU - Cingolani, A. AU - Perna, C. F. AU - Vandamme, A. M. PY - 2002 DA - 2002// TI - A genotypic drug resistance interpretation algorithm that significantly predicts therapy response in HIV-1-infected patients JO - Antivir Ther VL - 7 ID - Van Laethem2002 ER - TY - JOUR AU - Storey, J. D. PY - 2002 DA - 2002// TI - A direct approach to false discovery rates JO - Journal of the Royal Statistical Society: Series B (Statistical Methodology) VL - 64 UR - https://doi.org/10.1111/1467-9868.00346 DO - 10.1111/1467-9868.00346 ID - Storey2002 ER - TY - JOUR AU - de Oliveira, T. AU - Engelbrecht, S. AU - Janse van Rensburg, E. AU - Gordon, M. AU - Bishop, K. AU - zur Megede, J. AU - Barnett, S. W. AU - Cassol, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Variability at human immunodeficiency virus type 1 subtype C protease cleavage sites: an indication of viral fitness? JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.17.9422-9430.2003 DO - 10.1128/JVI.77.17.9422-9430.2003 ID - de Oliveira2003 ER - TY - JOUR AU - Martins, A. N. AU - Arruda, M. B. AU - Pires, A. F. AU - Tanuri, A. AU - Brindeiro, R. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accumulation of P(T/S)AP late domain duplications in HIV type 1 subtypes B, C, and F derived from individuals failing ARV therapy and ARV drug-naive patients JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 27 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2010.0282 DO - 10.1089/aid.2010.0282 ID - Martins2011 ER - TY - JOUR AU - Mo, H. AU - Parkin, N. AU - Stewart, K. D. AU - Lu, L. AU - Dekhtyar, T. AU - Kempf, D. J. AU - Molla, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and structural characterization of I84C and I84A mutations that are associated with high-level resistance to human immunodeficiency virus protease inhibitors and impair viral replication JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 51 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00690-06 DO - 10.1128/AAC.00690-06 ID - Mo2007 ER - TY - JOUR AU - Kolli, M. AU - Stawiski, E. AU - Chappey, C. AU - Schiffer, C. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human immunodeficiency virus type 1 protease-correlated cleavage site mutations enhance inhibitor resistance JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00628-09 DO - 10.1128/JVI.00628-09 ID - Kolli2009 ER -