TY - JOUR AU - Kawashima, Y. AU - Pfafferott, K. AU - Frater, J. AU - Matthews, P. AU - Payne, R. AU - Addo, M. AU - Gatanaga, H. AU - Fujiwara, M. AU - Hachiya, A. AU - Koizumi, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Adaptation of HIV-1 to human leukocyte antigen class I JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07746 DO - 10.1038/nature07746 ID - Kawashima2009 ER - TY - JOUR AU - Gaschen, B. AU - Taylor, J. AU - Yusim, K. AU - Foley, B. AU - Gao, F. AU - Lang, D. AU - Novitsky, V. AU - Haynes, B. AU - Hahn, B. H. AU - Bhattacharya, T. AU - Korber, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Diversity considerations in HIV-1 vaccine selection JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1070441 DO - 10.1126/science.1070441 ID - Gaschen2002 ER - TY - JOUR AU - Shankarappa, R. AU - Margolick, J. B. AU - Gange, S. J. AU - Rodrigo, A. G. AU - Upchurch, D. AU - Farzadegan, H. AU - Gupta, P. AU - Rinaldo, C. R. AU - Learn, G. H. AU - He, X. PY - 1999 DA - 1999// TI - Consistent viral evolutionary changes associated with the progression of human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 73 ID - Shankarappa1999 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Keele, B. F. AU - Learn, G. H. AU - Giorgi, E. E. AU - Li, H. AU - Decker, J. M. AU - Wang, S. AU - Baalwa, J. AU - Kraus, M. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic identity, biological phenotype, and evolutionary pathways of transmitted/founder viruses in acute and early HIV-1 infection JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20090378 DO - 10.1084/jem.20090378 ID - Salazar-Gonzalez2009 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Bailes, E. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Guffey, M. B. AU - Keele, B. F. AU - Derdeyn, C. A. AU - Farmer, P. AU - Hunter, E. AU - Allen, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deciphering human immunodeficiency virus type 1 transmission and early envelope diversification by single-genome amplification and sequencing JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02660-07 DO - 10.1128/JVI.02660-07 ID - Salazar-Gonzalez2008 ER - TY - JOUR AU - Keele, B. F. AU - Giorgi, E. E. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Decker, J. M. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Sun, C. AU - Grayson, T. AU - Wang, S. AU - Li, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification and characterization of transmitted and early founder virus envelopes in primary HIV-1 infection JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0802203105 DO - 10.1073/pnas.0802203105 ID - Keele2008 ER - TY - JOUR AU - Derdeyn, C. A. AU - Hunter, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Viral characteristics of transmitted HIV JO - Curr Opin HIV AIDS VL - 3 UR - https://doi.org/10.1097/COH.0b013e3282f2982c DO - 10.1097/COH.0b013e3282f2982c ID - Derdeyn2008 ER - TY - STD TI - The Global HIV/AIDS Vaccine Enterprise: Scientific Strategic Plan. PLoS Med. 2005, 2: 111-121. 10.1371/journal.pmed.0020111. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Edwards, C. T. AU - Holmes, E. C. AU - Wilson, D. J. AU - Viscidi, R. P. AU - Abrams, E. J. AU - Phillips, R. E. AU - Drummond, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Population genetic estimation of the loss of genetic diversity during horizontal transmission of HIV-1 JO - BMC Evol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-6-28 DO - 10.1186/1471-2148-6-28 ID - Edwards2006 ER - TY - JOUR AU - Haaland, R. E. AU - Hawkins, P. A. AU - Salazar-Gonzalez, J. AU - Johnson, A. AU - Tichacek, A. AU - Karita, E. AU - Manigart, O. AU - Mulenga, J. AU - Keele, B. F. AU - Shaw, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inflammatory genital infections mitigate a severe genetic bottleneck in heterosexual transmission of subtype A and C HIV-1 JO - PLoS Pathog VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000274 DO - 10.1371/journal.ppat.1000274 ID - Haaland2009 ER - TY - JOUR AU - Abrahams, M. R. AU - Anderson, J. A. AU - Giorgi, E. E. AU - Seoighe, C. AU - Mlisana, K. AU - Ping, L. H. AU - Athreya, G. S. AU - Treurnicht, F. K. AU - Keele, B. F. AU - Wood, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - Quantitating the multiplicity of infection with human immunodeficiency virus type 1 subtype C reveals a non-poisson distribution of transmitted variants JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02132-08 DO - 10.1128/JVI.02132-08 ID - Abrahams2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Bar, K. J. AU - Wang, S. AU - Decker, J. M. AU - Chen, Y. AU - Sun, C. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Learn, G. H. AU - Morgan, C. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - High Multiplicity Infection by HIV-1 in Men Who Have Sex with Men JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000890 DO - 10.1371/journal.ppat.1000890 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Bar, K. J. AU - Li, H. AU - Chamberland, A. AU - Tremblay, C. AU - Routy, J. P. AU - Grayson, T. AU - Sun, C. AU - Wang, S. AU - Learn, G. H. AU - Morgan, C. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Wide variation in the multiplicity of HIV-1 infection among injection drug users JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00077-10 DO - 10.1128/JVI.00077-10 ID - Bar2010 ER - TY - JOUR AU - Hollingsworth, T. D. AU - Anderson, R. M. AU - Fraser, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - HIV-1 transmission, by stage of infection JO - J Infect Dis VL - 198 UR - https://doi.org/10.1086/590501 DO - 10.1086/590501 ID - Hollingsworth2008 ER - TY - JOUR AU - Lemey, P. AU - Rambaut, A. AU - Pybus, O. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - HIV evolutionary dynamics within and among hosts JO - AIDS Rev VL - 8 ID - Lemey2006 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Rambaut, A. AU - Shapiro, B. AU - Pybus, O. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bayesian coalescent inference of past population dynamics from molecular sequences JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi103 DO - 10.1093/molbev/msi103 ID - Drummond2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. Q. AU - MacKenzie, P. AU - Cleland, A. AU - Holmes, E. C. AU - Brown, A. J. AU - Simmonds, P. PY - 1993 DA - 1993// TI - Selection for specific sequences in the external envelope protein of human immunodeficiency virus type 1 upon primary infection JO - J Virol VL - 67 ID - Zhang1993 ER - TY - JOUR AU - Zhu, T. AU - Mo, H. AU - Wang, N. AU - Nam, D. S. AU - Cao, Y. AU - Koup, R. A. AU - Ho, D. D. PY - 1993 DA - 1993// TI - Genotypic and phenotypic characterization of HIV-1 patients with primary infection JO - Science VL - 261 UR - https://doi.org/10.1126/science.8356453 DO - 10.1126/science.8356453 ID - Zhu1993 ER - TY - STD TI - Butler DM, Delport W, Kosakovsky Pond SL, Lakdawala MK, Cheng PM, Little SJ, Richman DD, Smith DM: The origins of sexually transmitted HIV among men who have sex with men. Sci Transl Med. 2: 18re11- ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Bull, M. AU - Learn, G. AU - Genowati, I. AU - McKernan, J. AU - Hitti, J. AU - Lockhart, D. AU - Tapia, K. AU - Holte, S. AU - Dragavon, J. AU - Coombs, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Compartmentalization of HIV-1 within the female genital tract is due to monotypic and low-diversity variants not distinct viral populations JO - PLoS One VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0007122 DO - 10.1371/journal.pone.0007122 ID - Bull2009 ER - TY - JOUR AU - Diem, K. AU - Nickle, D. C. AU - Motoshige, A. AU - Fox, A. AU - Ross, S. AU - Mullins, J. I. AU - Corey, L. AU - Coombs, R. W. AU - Krieger, J. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Male genital tract compartmentalization of human immunodeficiency virus type 1 (HIV) JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 24 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2007.0115 DO - 10.1089/aid.2007.0115 ID - Diem2008 ER - TY - JOUR AU - Derdeyn, C. A. AU - Decker, J. M. AU - Bibollet-Ruche, F. AU - Mokili, J. L. AU - Muldoon, M. AU - Denham, S. A. AU - Heil, M. L. AU - Kasolo, F. AU - Musonda, R. AU - Hahn, B. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Envelope-constrained neutralization-sensitive HIV-1 after heterosexual transmission JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1093137 DO - 10.1126/science.1093137 ID - Derdeyn2004 ER - TY - JOUR AU - Chohan, B. AU - Lang, D. AU - Sagar, M. AU - Korber, B. AU - Lavreys, L. AU - Richardson, B. AU - Overbaugh, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Selection for human immunodeficiency virus type 1 envelope glycosylation variants with shorter V1-V2 loop sequences occurs during transmission of certain genetic subtypes and may impact viral RNA levels JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.10.6528-6531.2005 DO - 10.1128/JVI.79.10.6528-6531.2005 ID - Chohan2005 ER - TY - JOUR AU - Liu, Y. AU - Curlin, M. E. AU - Diem, K. AU - Zhao, H. AU - Ghosh, A. K. AU - Zhu, H. AU - Woodward, A. S. AU - Maenza, J. AU - Stevens, C. E. AU - Stekler, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Env length and N-linked glycosylation following transmission of human immunodeficiency virus Type 1 subtype B viruses JO - Virology VL - 374 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2008.01.029 DO - 10.1016/j.virol.2008.01.029 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Frost, S. D. AU - Liu, Y. AU - Pond, S. L. AU - Chappey, C. AU - Wrin, T. AU - Petropoulos, C. J. AU - Little, S. J. AU - Richman, D. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Characterization of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope variation and neutralizing antibody responses during transmission of HIV-1 subtype B JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.10.6523-6527.2005 DO - 10.1128/JVI.79.10.6523-6527.2005 ID - Frost2005 ER - TY - JOUR AU - Keele, B. F. AU - Li, H. AU - Learn, G. H. AU - Hraber, P. AU - Giorgi, E. E. AU - Grayson, T. AU - Sun, C. AU - Chen, Y. AU - Yeh, W. W. AU - Letvin, N. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Low-dose rectal inoculation of rhesus macaques by SIVsmE660 or SIVmac251 recapitulates human mucosal infection by HIV-1 JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20082831 DO - 10.1084/jem.20082831 ID - Keele2009 ER - TY - JOUR AU - Rybarczyk, B. J. AU - Montefiori, D. AU - Johnson, P. R. AU - West, A. AU - Johnston, R. E. AU - Swanstrom, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Correlation between env V1/V2 region diversification and neutralizing antibodies during primary infection by simian immunodeficiency virus sm in rhesus macaques JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.7.3561-3571.2004 DO - 10.1128/JVI.78.7.3561-3571.2004 ID - Rybarczyk2004 ER - TY - JOUR AU - Highleyman, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Detuned assay used to track recent infections JO - BETA VL - 12 ID - Highleyman1999 ER - TY - JOUR AU - Kothe, D. AU - Byers, R. H. AU - Caudill, S. P. AU - Satten, G. A. AU - Janssen, R. S. AU - Hannon, W. H. AU - Mei, J. V. PY - 2003 DA - 2003// TI - Performance characteristics of a new less sensitive HIV-1 enzyme immunoassay for use in estimating HIV seroincidence JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 33 UR - https://doi.org/10.1097/00126334-200308150-00012 DO - 10.1097/00126334-200308150-00012 ID - Kothe2003 ER - TY - JOUR AU - Fiebig, E. W. AU - Wright, D. J. AU - Rawal, B. D. AU - Garrett, P. E. AU - Schumacher, R. T. AU - Peddada, L. AU - Heldebrant, C. AU - Smith, R. AU - Conrad, A. AU - Kleinman, S. H. AU - Busch, M. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Dynamics of HIV viremia and antibody seroconversion in plasma donors: implications for diagnosis and staging of primary HIV infection JO - Aids VL - 17 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200309050-00005 DO - 10.1097/00002030-200309050-00005 ID - Fiebig2003 ER - TY - JOUR AU - Fiebig, E. W. AU - Heldebrant, C. M. AU - Smith, R. I. AU - Conrad, A. J. AU - Delwart, E. L. AU - Busch, M. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Intermittent low-level viremia in very early primary HIV-1 infection JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 39 ID - Fiebig2005 ER - TY - JOUR AU - Little, S. J. AU - McLean, A. R. AU - Spina, C. A. AU - Richman, D. D. AU - Havlir, D. V. PY - 1999 DA - 1999// TI - Viral dynamics of acute HIV-1 infection JO - J Exp Med VL - 190 UR - https://doi.org/10.1084/jem.190.6.841 DO - 10.1084/jem.190.6.841 ID - Little1999 ER - TY - JOUR AU - Clark, S. J. AU - Saag, M. S. AU - Decker, W. D. AU - Campbell-Hill, S. AU - Roberson, J. L. AU - Veldkamp, P. J. AU - Kappes, J. C. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. PY - 1991 DA - 1991// TI - High titers of cytopathic virus in plasma of patients with symptomatic primary HIV-1 infection JO - N Engl J Med VL - 324 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM199104043241404 DO - 10.1056/NEJM199104043241404 ID - Clark1991 ER - TY - JOUR AU - Stafford, M. A. AU - Corey, L. AU - Cao, Y. AU - Daar, E. S. AU - Ho, D. D. AU - Perelson, A. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Modeling plasma virus concentration during primary HIV infection JO - J Theor Biol VL - 203 UR - https://doi.org/10.1006/jtbi.2000.1076 DO - 10.1006/jtbi.2000.1076 ID - Stafford2000 ER - TY - JOUR AU - Wilson, D. P. AU - Law, M. G. AU - Grulich, A. E. AU - Cooper, D. A. AU - Kaldor, J. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Relation between HIV viral load and infectiousness: a model-based analysis JO - Lancet VL - 372 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(08)61115-0 DO - 10.1016/S0140-6736(08)61115-0 ID - Wilson2008 ER - TY - JOUR AU - Palmer, S. AU - Kearney, M. AU - Maldarelli, F. AU - Halvas, E. K. AU - Bixby, C. J. AU - Bazmi, H. AU - Rock, D. AU - Falloon, J. AU - Davey, R. T. AU - Dewar, R. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Multiple, linked human immunodeficiency virus type 1 drug resistance mutations in treatment-experienced patients are missed by standard genotype analysis JO - J Clin Microbiol VL - 43 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.43.1.406-413.2005 DO - 10.1128/JCM.43.1.406-413.2005 ID - Palmer2005 ER - TY - JOUR AU - Jordan, M. R. AU - Kearney, M. AU - Palmer, S. AU - Shao, W. AU - Maldarelli, F. AU - Coakley, E. P. AU - Chappey, C. AU - Wanke, C. AU - Coffin, J. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of standard PCR/cloning to single genome sequencing for analysis of HIV-1 populations JO - J Virol Methods VL - 168 UR - https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2010.04.030 DO - 10.1016/j.jviromet.2010.04.030 ID - Jordan2010 ER - TY - JOUR AU - Fidler, S. AU - Oxenius, A. AU - Brady, M. AU - Clarke, J. AU - Cropley, I. AU - Babiker, A. AU - Zhang, H. T. AU - Price, D. AU - Phillips, R. AU - Weber, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Virological and immunological effects of short-course antiretroviral therapy in primary HIV infection JO - Aids VL - 16 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200210180-00010 DO - 10.1097/00002030-200210180-00010 ID - Fidler2002 ER - TY - JOUR AU - Pillay, D. AU - Rambaut, A. AU - Geretti, A. M. AU - Brown, A. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - HIV phylogenetics JO - BMJ VL - 335 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.39315.398843.BE DO - 10.1136/bmj.39315.398843.BE ID - Pillay2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Keele, B. F. AU - Li, H. AU - Keating, S. AU - Norris, P. J. AU - Carville, A. AU - Mansfield, K. G. AU - Tomaras, G. D. AU - Haynes, B. F. AU - Kolodkin-Gal, D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Low-dose mucosal simian immunodeficiency virus infection restricts early replication kinetics and transmitted virus variants in rhesus monkeys JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01155-10 DO - 10.1128/JVI.01155-10 ID - Liu2010 ER - TY - JOUR AU - Liu, W. AU - Worobey, M. AU - Li, Y. AU - Keele, B. F. AU - Bibollet-Ruche, F. AU - Guo, Y. AU - Goepfert, P. A. AU - Santiago, M. L. AU - Ndjango, J. B. AU - Neel, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular ecology and natural history of simian foamy virus infection in wild-living chimpanzees JO - PLoS Pathog VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000097 DO - 10.1371/journal.ppat.1000097 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Salemi, M. AU - Burkhardt, B. R. AU - Gray, R. R. AU - Ghaffari, G. AU - Sleasman, J. W. AU - Goodenow, M. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylodynamics of HIV-1 in lymphoid and non-lymphoid tissues reveals a central role for the thymus in emergence of CXCR4-using quasispecies JO - PLoS One VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000950 DO - 10.1371/journal.pone.0000950 ID - Salemi2007 ER - TY - JOUR AU - Hillis, D. M. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 1992 DA - 1992// TI - Signal, noise, and reliability in molecular phylogenetic analyses JO - J Hered VL - 83 ID - Hillis1992 ER - TY - BOOK AU - Salemi, M. AU - Vandamme, A. -. M. AU - Lemey, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - The phylogenetic handbook: a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing PB - Cambridge University Press CY - Cambridge, UK; New York ID - Salemi2009 ER - TY - JOUR AU - Strimmer, K. AU - von Haeseler, A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Likelihood-mapping: a simple method to visualize phylogenetic content of a sequence alignment JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.13.6815 DO - 10.1073/pnas.94.13.6815 ID - Strimmer1997 ER - TY - JOUR AU - Hurst, L. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fundamental concepts in genetics: genetics and the understanding of selection JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2506 DO - 10.1038/nrg2506 ID - Hurst2009 ER - TY - JOUR AU - Mascola, J. R. AU - Stiegler, G. AU - VanCott, T. C. AU - Katinger, H. AU - Carpenter, C. B. AU - Hanson, C. E. AU - Beary, H. AU - Hayes, D. AU - Frankel, S. S. AU - Birx, D. L. AU - Lewis, M. G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Protection of macaques against vaginal transmission of a pathogenic HIV-1/SIV chimeric virus by passive infusion of neutralizing antibodies JO - Nat Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/72318 DO - 10.1038/72318 ID - Mascola2000 ER - TY - JOUR AU - Simmonds, P. AU - Balfe, P. AU - Ludlam, C. A. AU - Bishop, J. O. AU - Brown, A. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Analysis of sequence diversity in hypervariable regions of the external glycoprotein of human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 64 ID - Simmonds1990 ER - TY - JOUR AU - Zhang, M. AU - Gaschen, B. AU - Blay, W. AU - Foley, B. AU - Haigwood, N. AU - Kuiken, C. AU - Korber, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Tracking global patterns of N-linked glycosylation site variation in highly variable viral glycoproteins: HIV, SIV, and HCV envelopes and influenza hemagglutinin JO - Glycobiology VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/glycob/cwh106 DO - 10.1093/glycob/cwh106 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Valenzuela, A. AU - Blanco, J. AU - Krust, B. AU - Franco, R. AU - Hovanessian, A. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - Neutralizing antibodies against the V3 loop of human immunodeficiency virus type 1 gp120 block the CD4-dependent and -independent binding of virus to cells JO - J Virol VL - 71 ID - Valenzuela1997 ER - TY - JOUR AU - Rizzuto, C. D. AU - Wyatt, R. AU - Hernandez-Ramos, N. AU - Sun, Y. AU - Kwong, P. D. AU - Hendrickson, W. A. AU - Sodroski, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - A conserved HIV gp120 glycoprotein structure involved in chemokine receptor binding JO - Science VL - 280 UR - https://doi.org/10.1126/science.280.5371.1949 DO - 10.1126/science.280.5371.1949 ID - Rizzuto1998 ER - TY - JOUR AU - Thali, M. AU - Olshevsky, U. AU - Furman, C. AU - Gabuzda, D. AU - Posner, M. AU - Sodroski, J. PY - 1991 DA - 1991// TI - Characterization of a discontinuous human immunodeficiency virus type 1 gp120 epitope recognized by a broadly reactive neutralizing human monoclonal antibody JO - J Virol VL - 65 ID - Thali1991 ER - TY - JOUR AU - Low, A. J. AU - Dong, W. AU - Chan, D. AU - Sing, T. AU - Swanstrom, R. AU - Jensen, M. AU - Pillai, S. AU - Good, B. AU - Harrigan, P. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Current V3 genotyping algorithms are inadequate for predicting X4 co-receptor usage in clinical isolates JO - AIDS VL - 21 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3282ef81ea DO - 10.1097/QAD.0b013e3282ef81ea ID - Low2007 ER - TY - JOUR AU - O'Brien, S. J. AU - Gao, X. AU - Carrington, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - HLA and AIDS: a cautionary tale JO - Trends Mol Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/S1471-4914(01)02131-1 DO - 10.1016/S1471-4914(01)02131-1 ID - O'Brien2001 ER - TY - JOUR AU - Carrington, M. AU - Nelson, G. W. AU - Martin, M. P. AU - Kissner, T. AU - Vlahov, D. AU - Goedert, J. J. AU - Kaslow, R. AU - Buchbinder, S. AU - Hoots, K. AU - O'Brien, S. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - HLA and HIV-1: heterozygote advantage and B*35-Cw*04 disadvantage JO - Science VL - 283 UR - https://doi.org/10.1126/science.283.5408.1748 DO - 10.1126/science.283.5408.1748 ID - Carrington1999 ER - TY - JOUR AU - Brumme, Z. L. AU - Tao, I. AU - Szeto, S. AU - Brumme, C. J. AU - Carlson, J. M. AU - Chan, D. AU - Kadie, C. AU - Frahm, N. AU - Brander, C. AU - Walker, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human leukocyte antigen-specific polymorphisms in HIV-1 Gag and their association with viral load in chronic untreated infection JO - AIDS VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3283021a8c DO - 10.1097/QAD.0b013e3283021a8c ID - Brumme2008 ER - TY - JOUR AU - Fischer, W. AU - Ganusov, V. V. AU - Giorgi, E. E. AU - Hraber, P. T. AU - Keele, B. F. AU - Leitner, T. AU - Han, C. S. AU - Gleasner, C. D. AU - Green, L. AU - Lo, C. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transmission of single HIV-1 genomes and dynamics of early immune escape revealed by ultra-deep sequencing JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012303 DO - 10.1371/journal.pone.0012303 ID - Fischer2010 ER - TY - JOUR AU - Hansen, S. G. AU - Vieville, C. AU - Whizin, N. AU - Coyne-Johnson, L. AU - Siess, D. C. AU - Drummond, D. D. AU - Legasse, A. W. AU - Axthelm, M. K. AU - Oswald, K. AU - Trubey, C. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Effector memory T cell responses are associated with protection of rhesus monkeys from mucosal simian immunodeficiency virus challenge JO - Nat Med VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nm.1935 DO - 10.1038/nm.1935 ID - Hansen2009 ER - TY - JOUR AU - Langlade-Demoyen, P. AU - Ngo-Giang-Huong, N. AU - Ferchal, F. AU - Oksenhendler, E. PY - 1994 DA - 1994// TI - Human immunodeficiency virus (HIV) nef-specific cytotoxic T lymphocytes in noninfected heterosexual contact of HIV-infected patients JO - J Clin Invest VL - 93 UR - https://doi.org/10.1172/JCI117085 DO - 10.1172/JCI117085 ID - Langlade-Demoyen1994 ER - TY - JOUR AU - Clerici, M. AU - Giorgi, J. V. AU - Chou, C. C. AU - Gudeman, V. K. AU - Zack, J. A. AU - Gupta, P. AU - Ho, H. N. AU - Nishanian, P. G. AU - Berzofsky, J. A. AU - Shearer, G. M. PY - 1992 DA - 1992// TI - Cell-mediated immune response to human immunodeficiency virus (HIV) type 1 in seronegative homosexual men with recent sexual exposure to HIV-1 JO - J Infect Dis VL - 165 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/165.6.1012 DO - 10.1093/infdis/165.6.1012 ID - Clerici1992 ER - TY - JOUR AU - Rowland-Jones, S. AU - Sutton, J. AU - Ariyoshi, K. AU - Dong, T. AU - Gotch, F. AU - McAdam, S. AU - Whitby, D. AU - Sabally, S. AU - Gallimore, A. AU - Corrah, T. PY - 1995 DA - 1995// TI - HIV-specific cytotoxic T-cells in HIV-exposed but uninfected Gambian women JO - Nat Med VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/nm0195-59 DO - 10.1038/nm0195-59 ID - Rowland-Jones1995 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Nelson, G. W. AU - Karacki, P. AU - Martin, M. P. AU - Phair, J. AU - Kaslow, R. AU - Goedert, J. J. AU - Buchbinder, S. AU - Hoots, K. AU - Vlahov, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Effect of a single amino acid change in MHC class I molecules on the rate of progression to AIDS JO - N Engl J Med VL - 344 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM200105313442203 DO - 10.1056/NEJM200105313442203 ID - Gao2001 ER - TY - JOUR AU - Kiepiela, P. AU - Leslie, A. J. AU - Honeyborne, I. AU - Ramduth, D. AU - Thobakgale, C. AU - Chetty, S. AU - Rathnavalu, P. AU - Moore, C. AU - Pfafferott, K. J. AU - Hilton, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dominant influence of HLA-B in mediating the potential co-evolution of HIV and HLA JO - Nature VL - 432 UR - https://doi.org/10.1038/nature03113 DO - 10.1038/nature03113 ID - Kiepiela2004 ER - TY - JOUR AU - Kaslow, R. A. AU - Duquesnoy, R. AU - VanRaden, M. AU - Kingsley, L. AU - Marrari, M. AU - Friedman, H. AU - Su, S. AU - Saah, A. J. AU - Detels, R. AU - Phair, J. PY - 1990 DA - 1990// TI - A1, Cw7, B8, DR3 HLA antigen combination associated with rapid decline of T-helper lymphocytes in HIV-1 infection. A report from the Multicenter AIDS Cohort Study JO - Lancet VL - 335 UR - https://doi.org/10.1016/0140-6736(90)90995-H DO - 10.1016/0140-6736(90)90995-H ID - Kaslow1990 ER - TY - JOUR AU - Frater, A. J. AU - Edwards, C. T. AU - McCarthy, N. AU - Fox, J. AU - Brown, H. AU - Milicic, A. AU - Mackie, N. AU - Pillay, T. AU - Drijfhout, J. W. AU - Dustan, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Passive sexual transmission of human immunodeficiency virus type 1 variants and adaptation in new hosts JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02014-05 DO - 10.1128/JVI.02014-05 ID - Frater2006 ER - TY - JOUR AU - Streeck, H. AU - Jolin, J. S. AU - Qi, Y. AU - Yassine-Diab, B. AU - Johnson, R. C. AU - Kwon, D. S. AU - Addo, M. M. AU - Brumme, C. AU - Routy, J. P. AU - Little, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human immunodeficiency virus type 1-specific CD8+ T-cell responses during primary infection are major determinants of the viral set point and loss of CD4+ T cells JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00182-09 DO - 10.1128/JVI.00182-09 ID - Streeck2009 ER - TY - JOUR AU - Frater, A. J. AU - Brown, H. AU - Oxenius, A. AU - Gunthard, H. F. AU - Hirschel, B. AU - Robinson, N. AU - Leslie, A. J. AU - Payne, R. AU - Crawford, H. AU - Prendergast, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Effective T-cell responses select human immunodeficiency virus mutants and slow disease progression JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00022-07 DO - 10.1128/JVI.00022-07 ID - Frater2007 ER - TY - CHAP AU - Rambaut, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Se-Al. Sequence Alignment Editor v2.0a11 BT - Book Se-Al Sequence Alignment Editor v2.0a11 (Editor ed.^eds.) ID - Rambaut2002 ER - TY - JOUR AU - Helseth, E. AU - Kowalski, M. AU - Gabuzda, D. AU - Olshevsky, U. AU - Haseltine, W. AU - Sodroski, J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Rapid complementation assays measuring replicative potential of human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein mutants JO - J Virol VL - 64 ID - Helseth1990 ER - TY - JOUR AU - Wyatt, R. AU - Sullivan, N. AU - Thali, M. AU - Repke, H. AU - Ho, D. AU - Robinson, J. AU - Posner, M. AU - Sodroski, J. PY - 1993 DA - 1993// TI - Functional and immunologic characterization of human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoproteins containing deletions of the major variable regions JO - J Virol VL - 67 ID - Wyatt1993 ER - TY - JOUR AU - Truckenmiller, M. E. AU - Kulaga, H. AU - Coggiano, M. AU - Wyatt, R. AU - Snyder, S. H. AU - Sweetnam, P. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Human cortical neuronal cell line: a model for HIV-1 infection in an immature neuronal system JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 9 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1993.9.445 DO - 10.1089/aid.1993.9.445 ID - Truckenmiller1993 ER - TY - JOUR AU - Williams, M. F. AU - Eisele, D. W. AU - Wyatt, S. H. PY - 1993 DA - 1993// TI - Neck needle foreign bodies in intravenous drug abusers JO - Laryngoscope VL - 103 ID - Williams1993 ER - TY - JOUR AU - Schmidt, H. A. AU - Strimmer, K. AU - Vingron, M. AU - von Haeseler, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.502 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.502 ID - Schmidt2002 ER - TY - JOUR AU - Jansson, M. AU - Popovic, M. AU - Karlsson, A. AU - Cocchi, F. AU - Rossi, P. AU - Albert, J. AU - Wigzell, H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Sensitivity to inhibition by beta-chemokines correlates with biological phenotypes of primary HIV-1 isolates JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.26.15382 DO - 10.1073/pnas.93.26.15382 ID - Jansson1996 ER - TY - JOUR AU - Waterhouse, A. M. AU - Procter, J. B. AU - Martin, D. M. AU - Clamp, M. AU - Barton, G. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Jalview Version 2--a multiple sequence alignment editor and analysis workbench JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033 DO - 10.1093/bioinformatics/btp033 ID - Waterhouse2009 ER - TY - JOUR AU - Clamp, M. AU - Cuff, J. AU - Searle, S. M. AU - Barton, G. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Jalview Java alignment editor JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg430 DO - 10.1093/bioinformatics/btg430 ID - Clamp2004 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood JO - Syst Biol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1080/10635150390235520 DO - 10.1080/10635150390235520 ID - Guindon2003 ER - TY - STD TI - FigTree v1.3.1. [http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree] UR - http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree ID - ref78 ER - TY - JOUR AU - Valenzuela, A. AU - Blanco, J. AU - Callebaut, C. AU - Jacotot, E. AU - Lluis, C. AU - Hovanessian, A. G. AU - Franco, R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Adenosine deaminase binding to human CD26 is inhibited by HIV-1 envelope glycoprotein gp120 and viral particles JO - J Immunol VL - 158 ID - Valenzuela1997 ER - TY - CHAP AU - Büchen-Osmond, C. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - 00.061.1.06.001. Human immunodeficiency virus 1 BT - ICTVdB - The Universal Virus Database, version 3 ID - Büchen-Osmond2004 ER - TY - JOUR AU - Huelsenbeck, J. P. AU - Ronquist, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754 DO - 10.1093/bioinformatics/17.8.754 ID - Huelsenbeck2001 ER - TY - JOUR AU - Ronquist, F. AU - Huelsenbeck, J. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180 DO - 10.1093/bioinformatics/btg180 ID - Ronquist2003 ER - TY - STD TI - Tracer v1.5. [http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer] UR - http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer ID - ref83 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Rambaut, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees JO - BMC Evol Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214 DO - 10.1186/1471-2148-7-214 ID - Drummond2007 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Ho, S. Y. AU - Phillips, M. J. AU - Rambaut, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Relaxed phylogenetics and dating with confidence JO - PLoS Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040088 DO - 10.1371/journal.pbio.0040088 ID - Drummond2006 ER - TY - JOUR AU - Lewis, F. AU - Hughes, G. J. AU - Rambaut, A. AU - Pozniak, A. AU - Leigh Brown, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Episodic sexual transmission of HIV revealed by molecular phylodynamics JO - PLoS Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0050050 DO - 10.1371/journal.pmed.0050050 ID - Lewis2008 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. AU - Pybus, O. G. AU - Rambaut, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inference of viral evolutionary rates from molecular sequences JO - Adv Parasitol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-308X(03)54008-8 DO - 10.1016/S0065-308X(03)54008-8 ID - Drummond2003 ER - TY - BOOK AU - Lemey, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Personal Communication ID - Lemey2011 ER - TY - JOUR AU - Seminari, E. AU - Cocchi, L. AU - Antoniazzi, E. AU - Giacchino, R. AU - Maserati, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Clinical significance of diplopia in HIV infection. Assessment of a personal caseload and review of the literature JO - Minerva Med VL - 87 ID - Seminari1996 ER - TY - JOUR AU - Pizzato, M. AU - Erlwein, O. AU - Bonsall, D. AU - Kaye, S. AU - Muir, D. AU - McClure, M. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - A one-step SYBR Green I-based product-enhanced reverse transcriptase assay for the quantitation of retroviruses in cell culture supernatants JO - J Virol Methods VL - 156 UR - https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2008.10.012 DO - 10.1016/j.jviromet.2008.10.012 ID - Pizzato2009 ER - TY - CHAP AU - Montefiori, D. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evaluating neutralizing antibodies against HIV, SIV, and SHIV in luciferase reporter gene assays BT - Curr Protoc Immunol ID - Montefiori2005 ER - TY - JOUR AU - Duda, A. AU - Lee-Turner, L. AU - Fox, J. AU - Robinson, N. AU - Dustan, S. AU - Kaye, S. AU - Fryer, H. AU - Carrington, M. AU - McClure, M. AU - McLean, A. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - HLA-associated clinical progression correlates with epitope reversion rates in early human immunodeficiency virus infection JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01545-08 DO - 10.1128/JVI.01545-08 ID - Duda2009 ER -