TY - JOUR AU - Bar-Magen, T. AU - Sloan, R. D. AU - Faltenbacher, V. H. AU - Donahue, D. A. AU - Kuhl, B. D. AU - Oliveira, M. AU - Xu, H. T. AU - Wainberg, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparative biochemical analysis of HIV-1 subtype B and C integrase enzymes JO - Retrovirology VL - 6 ID - Bar-Magen2009 ER - TY - BOOK AU - Coffin, J. M. AU - Hughes, S. H. AU - Varmus, H. E. PY - 1997 DA - 1997// TI - Retroviruses PB - Cold Spring Harbor Laboratory Press CY - Cold Spring Harbor (NY) ID - Coffin1997 ER - TY - JOUR AU - Scherdin, U. AU - Rhodes, K. AU - Breindl, M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Transcriptionally active genome regions are preferred targets for retrovirus integration JO - J Virol VL - 64 ID - Scherdin1990 ER - TY - JOUR AU - Schröder, A. R. AU - Shinn, P. AU - Chen, H. AU - Berry, C. AU - Ecker, J. R. AU - Bushman, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - HIV-1 integration in the human genome favors active genes and local hotspots JO - Cell VL - 110 ID - Schröder2002 ER - TY - JOUR AU - Wang, G. P. AU - Ciuffi, A. AU - Leipzig, J. AU - Berry, C. C. AU - Bushman, F. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - HIV integration site selection: analysis by massively parallel pyrosequencing reveals association with epigenetic modifications JO - Genome Res VL - 17 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Chun, T. AU - Carruth, L. AU - Finzi, D. AU - Shen, X. AU - DiGiuseppe, J. AU - Taylor, H. AU - Hermankova, M. AU - Chadwick, K. AU - Margolick, J. AU - Quinn, T. PY - 1997 DA - 1997// TI - Quantification of latent tissue reservoirs and total body viral load in HIV-1 infection JO - Nature VL - 387 ID - Chun1997 ER - TY - JOUR AU - Pang, S. AU - Koyanagi, Y. AU - Miles, S. AU - Wiley, C. AU - Vinters, H. AU - Chen, I. PY - 1990 DA - 1990// TI - High levels of unintegrated HIV-1 DNA in brain tissue of AIDS dementia patients JO - Nature VL - 343 ID - Pang1990 ER - TY - JOUR AU - Sharkey, M. AU - Teo, I. AU - Greenough, T. AU - Sharova, N. AU - Luzuriaga, K. AU - Sullivan, J. AU - Bucy, R. AU - Kostrikis, L. AU - Haase, A. AU - Veryard, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Persistence of episomal HIV-1 infection intermediates in patients on highly active anti-retroviral therapy JO - Nat Med VL - 6 ID - Sharkey2000 ER - TY - JOUR AU - Teo, I. AU - Veryard, C. AU - Barnes, H. AU - An, S. AU - Jones, M. AU - Lantos, P. AU - Luthert, P. AU - Shaunak, S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Circular forms of unintegrated human immunodeficiency virus type 1 DNA and high levels of viral protein expression: association with dementia and multinucleated giant cells in the brains of patients with AIDS JO - J Virol VL - 71 ID - Teo1997 ER - TY - JOUR AU - Bukrinsky, M. AU - Stanwick, T. AU - Dempsey, M. AU - Stevenson, M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Quiescent T lymphocytes as an inducible virus reservoir in HIV-1 infection JO - Science VL - 254 ID - Bukrinsky1991 ER - TY - JOUR AU - Shoemaker, C. AU - Goff, S. AU - Gilboa, E. AU - Paskind, M. AU - Mitra, S. W. AU - Baltimore, D. PY - 1980 DA - 1980// TI - Structure of a cloned circular Moloney murine leukemia virus DNA molecule containing an inverted segment: implications for retrovirus integration JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 77 ID - Shoemaker1980 ER - TY - JOUR AU - Shoemaker, C. AU - Hoffman, J. AU - Goff, S. P. AU - Baltimore, D. PY - 1981 DA - 1981// TI - Intramolecular integration within Moloney murine leukemia virus DNA JO - J Virol VL - 40 ID - Shoemaker1981 ER - TY - JOUR AU - Yan, N. AU - Cherepanov, P. AU - Daigle, J. E. AU - Engelman, A. AU - Lieberman, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The SET complex acts as a barrier to autointegration of HIV-1 JO - PLoS Pathog VL - 5 ID - Yan2009 ER - TY - JOUR AU - Lee, Y. M. AU - Coffin, J. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Efficient autointegration of avian retrovirus DNA in vitro JO - J Virol VL - 64 ID - Lee1990 ER - TY - JOUR AU - Farnet, C. AU - Haseltine, W. PY - 1991 DA - 1991// TI - Circularization of human immunodeficiency virus type 1 DNA in vitro JO - J Virol VL - 65 ID - Farnet1991 ER - TY - JOUR AU - Kilzer, J. M. AU - Stracker, T. AU - Beitzel, B. AU - Meek, K. AU - Weitzman, M. AU - Bushman, F. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Roles of host cell factors in circularization of retroviral dna JO - Virology VL - 314 ID - Kilzer2003 ER - TY - JOUR AU - Miller, M. D. AU - Wang, B. AU - Bushman, F. D. PY - 1995 DA - 1995// TI - Human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes containing discontinuous plus strands are competent to integrate in vitro JO - J Virol VL - 69 ID - Miller1995 ER - TY - JOUR AU - Deyle, D. R. AU - Li, Y. AU - Olson, E. M. AU - Russell, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Nonintegrating foamy virus vectors JO - J Virol VL - 84 ID - Deyle2010 ER - TY - JOUR AU - Quan, Y. AU - Gu, Z. AU - Li, X. AU - Li, Z. AU - Morrow, C. D. AU - Wainberg, M. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Endogenous reverse transcription assays reveal high-level resistance to the triphosphate of (-)2'-dideoxy-3'-thiacytidine by mutated M184V human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 70 ID - Quan1996 ER - TY - JOUR AU - Yoder, K. E. AU - Fishel, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - PCR-based detection is unable to consistently distinguish HIV 1LTR circles JO - J Virol Methods VL - 138 ID - Yoder2006 ER - TY - JOUR AU - Mbisa, J. L. AU - Delviks-Frankenberry, K. A. AU - Thomas, J. A. AU - Gorelick, R. J. AU - Pathak, V. K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Real-time PCR analysis of HIV-1 replication post-entry events JO - Methods Mol Biol VL - 485 ID - Mbisa2009 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, W. AU - Dressler, D. PY - 1968 DA - 1968// TI - DNA replication: the rolling circle model JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 33 ID - Gilbert1968 ER - TY - JOUR AU - Pereira da Silva, L. AU - Eisen, H. AU - Jacob, F. PY - 1968 DA - 1968// TI - [On the replication of the lambda bacteriophage] JO - C R Acad Sci Hebd Seances Acad Sci D VL - 266 ID - Pereira da Silva1968 ER - TY - JOUR AU - Panganiban, A. T. AU - Temin, H. M. PY - 1984 DA - 1984// TI - Circles with two tandem LTRs are precursors to integrated retrovirus DNA JO - Cell VL - 36 ID - Panganiban1984 ER - TY - JOUR AU - Fujiwara, T. AU - Mizuuchi, K. PY - 1988 DA - 1988// TI - Retroviral DNA integration: structure of an integration intermediate JO - Cell VL - 54 ID - Fujiwara1988 ER - TY - JOUR AU - Brown, P. O. AU - Bowerman, B. AU - Varmus, H. E. AU - Bishop, J. M. PY - 1987 DA - 1987// TI - Correct integration of retroviral DNA in vitro JO - Cell VL - 49 ID - Brown1987 ER - TY - JOUR AU - Brown, P. O. AU - Bowerman, B. AU - Varmus, H. E. AU - Bishop, J. M. PY - 1989 DA - 1989// TI - Retroviral integration: structure of the initial covalent product and its precursor, and a role for the viral IN protein JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 86 ID - Brown1989 ER - TY - JOUR AU - Englund, G. AU - Theodore, T. AU - Freed, E. AU - Engelman, A. AU - Martin, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Integration is required for productive infection of monocyte-derived macrophages by human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 69 ID - Englund1995 ER - TY - JOUR AU - Wiskerchen, M. AU - Muesing, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Human immunodeficiency virus type 1 integrase: effects of mutations on viral ability to integrate, direct viral gene expression from unintegrated viral DNA templates, and sustain viral propagation in primary cells JO - J Virol VL - 69 ID - Wiskerchen1995 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Olvera, J. M. AU - Yoder, K. E. AU - Mitchell, R. S. AU - Butler, S. L. AU - Lieber, M. AU - Martin, S. L. AU - Bushman, F. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Role of the non-homologous DNA end joining pathway in the early steps of retroviral infection JO - EMBO J VL - 20 ID - Li2001 ER - TY - JOUR AU - Jeanson, L. AU - Subra, F. AU - Vaganay, S. AU - Hervy, M. AU - Marangoni, E. AU - Bourhis, J. AU - Mouscadet, J. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Effect of Ku80 depletion on the preintegrative steps of HIV-1 replication in human cells JO - Virology VL - 300 ID - Jeanson2002 ER - TY - JOUR AU - Zheng, Y. AU - Ao, Z. AU - Wang, B. AU - Danappa Jayappa, K. AU - Yao, X. PY - 2011 DA - 2011// TI - Host protein Ku70 binds and protects HIV-1 integrase from proteasomal degradation and is required for HIV replication JO - J Biol Chem VL - 286 ID - Zheng2011 ER - TY - JOUR AU - Daniel, R. AU - Katz, R. A. AU - Skalka, A. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - A role for DNA-PK in retroviral DNA integration JO - Science VL - 284 ID - Daniel1999 ER - TY - JOUR AU - Pauza, C. D. AU - Galindo, J. E. AU - Richman, D. D. PY - 1990 DA - 1990// TI - Reinfection results in accumulation of unintegrated viral DNA in cytopathic and persistent human immunodeficiency virus type 1 infection of CEM cells JO - J Exp Med VL - 172 ID - Pauza1990 ER - TY - JOUR AU - Pauza, C. AU - Galindo, J. AU - Richman, D. PY - 1990 DA - 1990// TI - Reinfection results in accumulation of unintegrated viral DNA in cytopathic and persistent human immunodeficiency virus type 1 infection of CEM cells JO - J Exp Med VL - 172 ID - Pauza1990 ER - TY - JOUR AU - Robinson, H. AU - Zinkus, D. PY - 1990 DA - 1990// TI - Accumulation of human immunodeficiency virus type 1 DNA in T cells: results of multiple infection events JO - J Virol VL - 64 ID - Robinson1990 ER - TY - JOUR AU - Laurent-Crawford, A. G. AU - Hovanessian, A. G. PY - 1993 DA - 1993// TI - The cytopathic effect of human immunodeficiency virus is independent of high levels of unintegrated viral DNA accumulated in response to superinfection of cells JO - J Gen Virol VL - 74 ID - Laurent-Crawford1993 ER - TY - JOUR AU - Bergeron, L. AU - Sodroski, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - Dissociation of unintegrated viral DNA accumulation from single-cell lysis induced by human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 66 ID - Bergeron1992 ER - TY - JOUR AU - Bukrinsky, M. I. AU - Sharova, N. AU - Dempsey, M. P. AU - Stanwick, T. L. AU - Bukrinskaya, A. G. AU - Haggerty, S. AU - Stevenson, M. PY - 1992 DA - 1992// TI - Active nuclear import of human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 89 ID - Bukrinsky1992 ER - TY - JOUR AU - Butler, S. AU - Hansen, M. AU - Bushman, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - A quantitative assay for HIV DNA integration in vivo JO - Nat Med VL - 7 ID - Butler2001 ER - TY - JOUR AU - Koelsch, K. K. AU - Liu, L. AU - Haubrich, R. AU - May, S. AU - Havlir, D. AU - Günthard, H. F. AU - Ignacio, C. C. AU - Campos-Soto, P. AU - Little, S. J. AU - Shafer, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamics of total, linear nonintegrated, and integrated HIV-1 DNA in vivo and in vitro JO - J Infect Dis VL - 197 ID - Koelsch2008 ER - TY - JOUR AU - Hirt, B. PY - 1967 DA - 1967// TI - Selective extraction of polyoma DNA from infected mouse cell cultures JO - J Mol Biol VL - 26 ID - Hirt1967 ER - TY - JOUR AU - Brussel, A. AU - Mathez, D. AU - Broche-Pierre, S. AU - Lancar, R. AU - Calvez, T. AU - Sonigo, P. AU - Leibowitch, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Longitudinal monitoring of 2-long terminal repeat circles in peripheral blood mononuclear cells from patients with chronic HIV-1 infection JO - AIDS VL - 17 ID - Brussel2003 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Roberts, S. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - TFIIB and the regulation of transcription by RNA polymerase II JO - Chromosoma VL - 116 ID - Deng2007 ER - TY - JOUR AU - Yoder, K. AU - Sarasin, A. AU - Kraemer, K. AU - McIlhatton, M. AU - Bushman, F. AU - Fishel, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - The DNA repair genes XPB and XPD defend cells from retroviral infection JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 ID - Yoder2006 ER - TY - JOUR AU - Yoder, K. E. AU - Roddick, W. AU - Hoellerbauer, P. AU - Fishel, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - XPB mediated retroviral cDNA degradation coincides with entry to the nucleus JO - Virology VL - 410 ID - Yoder2010 ER - TY - JOUR AU - Mulder, L. C. AU - Chakrabarti, L. A. AU - Muesing, M. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Interaction of HIV-1 integrase with DNA repair protein hRad18 JO - J Biol Chem VL - 277 ID - Mulder2002 ER - TY - JOUR AU - Lloyd, A. G. AU - Tateishi, S. AU - Bieniasz, P. D. AU - Muesing, M. A. AU - Yamaizumi, M. AU - Mulder, L. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Effect of DNA repair protein Rad18 on viral infection JO - PLoS Pathog VL - 2 ID - Lloyd2006 ER - TY - JOUR AU - Lau, A. AU - Kanaar, R. AU - Jackson, S. P. AU - O'Connor, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Suppression of retroviral infection by the RAD52 DNA repair protein JO - EMBO J VL - 23 ID - Lau2004 ER - TY - JOUR AU - Goila-Gaur, R. AU - Strebel, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - HIV-1 Vif, APOBEC, and intrinsic immunity JO - Retrovirology VL - 5 ID - Goila-Gaur2008 ER - TY - JOUR AU - Mbisa, J. L. AU - Bu, W. AU - Pathak, V. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - APOBEC3F and APOBEC3G inhibit HIV-1 DNA integration by different mechanisms JO - J Virol VL - 84 ID - Mbisa2010 ER - TY - JOUR AU - Bishop, K. N. AU - Verma, M. AU - Kim, E. Y. AU - Wolinsky, S. M. AU - Malim, M. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - APOBEC3G inhibits elongation of HIV-1 reverse transcripts JO - PLoS Pathog VL - 4 ID - Bishop2008 ER - TY - JOUR AU - Mbisa, J. L. AU - Barr, R. AU - Thomas, J. A. AU - Vandegraaff, N. AU - Dorweiler, I. J. AU - Svarovskaia, E. S. AU - Brown, W. L. AU - Mansky, L. M. AU - Gorelick, R. J. AU - Harris, R. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Human immunodeficiency virus type 1 cDNAs produced in the presence of APOBEC3G exhibit defects in plus-strand DNA transfer and integration JO - J Virol VL - 81 ID - Mbisa2007 ER - TY - JOUR AU - Fenard, D. AU - Houzet, L. AU - Bernard, E. AU - Tupin, A. AU - Brun, S. AU - Mougel, M. AU - Devaux, C. AU - Chazal, N. AU - Briant, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Uracil DNA Glycosylase 2 negatively regulates HIV-1 LTR transcription JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Fenard2009 ER - TY - JOUR AU - Ahn, J. AU - Vu, T. AU - Novince, Z. AU - Guerrero-Santoro, J. AU - Rapic-Otrin, V. AU - Gronenborn, A. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - HIV-1 Vpr loads uracil DNA glycosylase-2 onto DCAF1, a substrate recognition subunit of a cullin 4A-ring E3 ubiquitin ligase for proteasome-dependent degradation JO - J Biol Chem VL - 285 ID - Ahn2010 ER - TY - JOUR AU - Priet, S. AU - Gros, N. AU - Navarro, J. M. AU - Boretto, J. AU - Canard, B. AU - Quérat, G. AU - Sire, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - HIV-1-associated uracil DNA glycosylase activity controls dUTP misincorporation in viral DNA and is essential to the HIV-1 life cycle JO - Mol Cell VL - 17 ID - Priet2005 ER - TY - JOUR AU - Kaiser, S. M. AU - Emerman, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Uracil DNA glycosylase is dispensable for human immunodeficiency virus type 1 replication and does not contribute to the antiviral effects of the cytidine deaminase Apobec3G JO - J Virol VL - 80 ID - Kaiser2006 ER - TY - JOUR AU - Yan, N. AU - O'Day, E. AU - Wheeler, L. A. AU - Engelman, A. AU - Lieberman, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - HIV DNA is heavily uracilated, which protects it from autointegration JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 ID - Yan2011 ER - TY - JOUR AU - Sawyer, S. L. AU - Malik, H. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Positive selection of yeast nonhomologous end-joining genes and a retrotransposon conflict hypothesis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 ID - Sawyer2006 ER - TY - JOUR AU - Demogines, A. AU - East, A. M. AU - Lee, J. H. AU - Grossman, S. R. AU - Sabeti, P. C. AU - Paull, T. T. AU - Sawyer, S. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ancient and recent adaptive evolution of primate non-homologous end joining genes JO - PLoS Genet VL - 6 ID - Demogines2010 ER - TY - JOUR AU - Brussel, A. AU - Sonigo, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Analysis of early human immunodeficiency virus type 1 DNA synthesis by use of a new sensitive assay for quantifying integrated provirus JO - J Virol VL - 77 ID - Brussel2003 ER - TY - JOUR AU - Van Maele, B. AU - De Rijck, J. AU - De Clercq, E. AU - Debyser, Z. PY - 2003 DA - 2003// TI - Impact of the central polypurine tract on the kinetics of human immunodeficiency virus type 1 vector transduction JO - J Virol VL - 77 ID - Van Maele2003 ER - TY - JOUR AU - Cherepanov, P. AU - Maertens, G. AU - Proost, P. AU - Devreese, B. AU - Van Beeumen, J. AU - Engelborghs, Y. AU - De Clercq, E. AU - Debyser, Z. PY - 2003 DA - 2003// TI - HIV-1 integrase forms stable tetramers and associates with LEDGF/p75 protein in human cells JO - J Biol Chem VL - 278 ID - Cherepanov2003 ER - TY - JOUR AU - Maertens, G. AU - Cherepanov, P. AU - Pluymers, W. AU - Busschots, K. AU - De Clercq, E. AU - Debyser, Z. AU - Engelborghs, Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - LEDGF/p75 is essential for nuclear and chromosomal targeting of HIV-1 integrase in human cells JO - J Biol Chem VL - 278 ID - Maertens2003 ER - TY - JOUR AU - Engelman, A. AU - Cherepanov, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - The lentiviral integrase binding protein LEDGF/p75 and HIV-1 replication JO - PLoS Pathog VL - 4 ID - Engelman2008 ER - TY - JOUR AU - Christ, F. AU - Voet, A. AU - Marchand, A. AU - Nicolet, S. AU - Desimmie, B. A. AU - Marchand, D. AU - Bardiot, D. AU - Van der Veken, N. J. AU - Van Remoortel, B. AU - Strelkov, S. V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Rational design of small-molecule inhibitors of the LEDGF/p75-integrase interaction and HIV replication JO - Nat Chem Biol VL - 6 ID - Christ2010 ER - TY - JOUR AU - Farnet, C. M. AU - Bushman, F. D. PY - 1997 DA - 1997// TI - HIV-1 cDNA integration: requirement of HMG I(Y) protein for function of preintegration complexes in vitro JO - Cell VL - 88 ID - Farnet1997 ER - TY - JOUR AU - Brin, E. AU - Yi, J. AU - Skalka, A. M. AU - Leis, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Modeling the late steps in HIV-1 retroviral integrase-catalyzed DNA integration JO - J Biol Chem VL - 275 ID - Brin2000 ER - TY - JOUR AU - Li, L. AU - Yoder, K. AU - Hansen, M. S. AU - Olvera, J. AU - Miller, M. D. AU - Bushman, F. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Retroviral cDNA integration: stimulation by HMG I family proteins JO - J Virol VL - 74 ID - Li2000 ER - TY - JOUR AU - Beitzel, B. AU - Bushman, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Construction and analysis of cells lacking the HMGA gene family JO - Nucleic Acids Res VL - 31 ID - Beitzel2003 ER - TY - JOUR AU - Kalpana, G. V. AU - Marmon, S. AU - Wang, W. AU - Crabtree, G. R. AU - Goff, S. P. PY - 1994 DA - 1994// TI - Binding and stimulation of HIV-1 integrase by a human homolog of yeast transcription factor SNF5 JO - Science VL - 266 ID - Kalpana1994 ER - TY - JOUR AU - Lesbats, P. AU - Botbol, Y. AU - Chevereau, G. AU - Vaillant, C. AU - Calmels, C. AU - Arneodo, A. AU - Andreola, M. -. L. AU - Lavigne, M. AU - Parissi, V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Functional Coupling between HIV-1 Integrase and the SWI/SNF Chromatin Remodeling Complex for Efficient in vitro Integration into Stable Nucleosomes JO - PLoS Pathog VL - 7 ID - Lesbats2011 ER - TY - JOUR AU - Yang, Y. X. AU - Guen, V. AU - Richard, J. AU - Cohen, E. A. AU - Berthoux, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cell context-dependent involvement of ATR in early stages of retroviral replication JO - Virology VL - 396 ID - Yang2010 ER - TY - JOUR AU - Lau, A. AU - Swinbank, K. M. AU - Ahmed, P. S. AU - Taylor, D. L. AU - Jackson, S. P. AU - Smith, G. C. AU - O'Connor, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Suppression of HIV-1 infection by a small molecule inhibitor of the ATM kinase JO - Nat Cell Biol VL - 7 ID - Lau2005 ER - TY - JOUR AU - Ariumi, Y. AU - Turelli, P. AU - Masutani, M. AU - Trono, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - DNA damage sensors ATM, ATR, DNA-PKcs, and PARP-1 are dispensable for human immunodeficiency virus type 1 integration JO - J Virol VL - 79 ID - Ariumi2005 ER - TY - JOUR AU - Espeseth, A. S. AU - Fishel, R. AU - Hazuda, D. AU - Huang, Q. AU - Xu, M. AU - Yoder, K. AU - Zhou, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - siRNA Screening of a Targeted Library of DNA Repair Factors in HIV Infection Reveals a Role for Base Excision Repair in HIV Integration JO - PLoS One VL - 6 ID - Espeseth2011 ER - TY - JOUR AU - Yoder, K. E. AU - Espeseth, A. AU - Wang, X. H. AU - Fang, Q. AU - Russo, M. T. AU - Lloyd, R. S. AU - Hazuda, D. AU - Sobol, R. W. AU - Fishel, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - The base excision repair pathway is required for efficient lentivirus integration JO - PLoS One VL - 6 ID - Yoder2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, M. S. AU - Craigie, R. PY - 1998 DA - 1998// TI - A previously unidentified host protein protects retroviral DNA from autointegration JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 ID - Lee1998 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. AU - Engelman, A. PY - 1998 DA - 1998// TI - The barrier-to-autointegration protein is a host factor for HIV type 1 integration JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 ID - Chen1998 ER - TY - JOUR AU - Shun, M. C. AU - Daigle, J. E. AU - Vandegraaff, N. AU - Engelman, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Wild-type levels of human immunodeficiency virus type 1 infectivity in the absence of cellular emerin protein JO - J Virol VL - 81 ID - Shun2007 ER - TY - JOUR AU - Sloan, R. AU - Kuhl, B. AU - Donahue, D. AU - Roland, A. AU - Bar-Magen, T. AU - Wainberg, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Transcription of Preintegrated HIV-1 cDNA Modulates Cell Surface Expression of Major Histocompatibility Complex Class I via Nef JO - Journal of Virology VL - 85 ID - Sloan2011 ER - TY - JOUR AU - Stevenson, M. AU - Stanwick, T. L. AU - Dempsey, M. P. AU - Lamonica, C. A. PY - 1990 DA - 1990// TI - HIV-1 replication is controlled at the level of T cell activation and proviral integration JO - EMBO J VL - 9 ID - Stevenson1990 ER - TY - JOUR AU - Engelman, A. AU - Englund, G. AU - Orenstein, J. AU - Martin, M. AU - Craigie, R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Multiple effects of mutations in human immunodeficiency virus type 1 integrase on viral replication JO - J Virol VL - 69 ID - Engelman1995 ER - TY - JOUR AU - Hazuda, D. AU - Felock, P. AU - Witmer, M. AU - Wolfe, A. AU - Stillmock, K. AU - Grobler, J. AU - Espeseth, A. AU - Gabryelski, L. AU - Schleif, W. AU - Blau, C. AU - Miller, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Inhibitors of strand transfer that prevent integration and inhibit HIV-1 replication in cells JO - Science VL - 287 ID - Hazuda2000 ER - TY - JOUR AU - Poon, B. AU - Chen, I. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) Vpr enhances expression from unintegrated HIV-1 DNA JO - J Virol VL - 77 ID - Poon2003 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Marsh, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Selective transcription and modulation of resting T cell activity by preintegrated HIV DNA JO - Science VL - 293 ID - Wu2001 ER - TY - JOUR AU - Kelly, J. AU - Beddall, M. AU - Yu, D. AU - Iyer, S. AU - Marsh, J. AU - Wu, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human macrophages support persistent transcription from unintegrated HIV-1 DNA JO - Virology VL - 372 ID - Kelly2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Marsh, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Early transcription from nonintegrated DNA in human immunodeficiency virus infection JO - J Virol VL - 77 ID - Wu2003 ER - TY - JOUR AU - Brussel, A. AU - Sonigo, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Evidence for gene expression by unintegrated human immunodeficiency virus type 1 DNA species JO - J Virol VL - 78 ID - Brussel2004 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Beddall, M. AU - Marsh, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rev-dependent indicator T cell line JO - Curr HIV Res VL - 5 ID - Wu2007 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Beddall, M. AU - Marsh, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rev-dependent lentiviral expression vector JO - Retrovirology VL - 4 ID - Wu2007 ER - TY - JOUR AU - Iyer, S. AU - Yu, D. AU - Biancotto, A. AU - Margolis, L. AU - Wu, Y. PY - 2009 DA - 2009// TI - Measurement of human immunodeficiency virus type 1 preintegration transcription by using Rev-dependent Rev-CEM cells reveals a sizable transcribing DNA population comparable to that from proviral templates JO - J Virol VL - 83 ID - Iyer2009 ER - TY - JOUR AU - Stevenson, M. AU - Haggerty, S. AU - Lamonica, C. AU - Meier, C. AU - Welch, S. AU - Wasiak, A. PY - 1990 DA - 1990// TI - Integration is not necessary for expression of human immunodeficiency virus type 1 protein products JO - J Virol VL - 64 ID - Stevenson1990 ER - TY - JOUR AU - Cara, A. AU - Cereseto, A. AU - Lori, F. AU - Reitz, M. S. PY - 1996 DA - 1996// TI - HIV-1 protein expression from synthetic circles of DNA mimicking the extrachromosomal forms of viral DNA JO - J Biol Chem VL - 271 ID - Cara1996 ER - TY - JOUR AU - Kantor, B. AU - Ma, H. AU - Webster-Cyriaque, J. AU - Monahan, P. AU - Kafri, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Epigenetic activation of unintegrated HIV-1 genomes by gut-associated short chain fatty acids and its implications for HIV infection JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 ID - Kantor2009 ER - TY - JOUR AU - Krishnan, M. AU - Park, J. M. AU - Cao, F. AU - Wang, D. AU - Paulmurugan, R. AU - Tseng, J. R. AU - Gonzalgo, M. L. AU - Gambhir, S. S. AU - Wu, J. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Effects of epigenetic modulation on reporter gene expression: implications for stem cell imaging JO - FASEB J VL - 20 ID - Krishnan2006 ER - TY - JOUR AU - Buschhausen, G. AU - Wittig, B. AU - Graessmann, M. AU - Graessmann, A. PY - 1987 DA - 1987// TI - Chromatin structure is required to block transcription of the methylated herpes simplex virus thymidine kinase gene JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 84 ID - Buschhausen1987 ER - TY - JOUR AU - Smith, C. L. AU - Hager, G. L. PY - 1997 DA - 1997// TI - Transcriptional regulation of mammalian genes in vivo. A tale of two templates JO - J Biol Chem VL - 272 ID - Smith1997 ER - TY - JOUR AU - Vargas, J. J. AU - Gusella, G. AU - Najfeld, V. AU - Klotman, M. AU - Cara, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Novel integrase-defective lentiviral episomal vectors for gene transfer JO - Hum Gene Ther VL - 15 ID - Vargas2004 ER - TY - JOUR AU - Michelini, Z. AU - Negri, D. AU - Cara, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrase defective, nonintegrating lentiviral vectors JO - Methods Mol Biol VL - 614 ID - Michelini2010 ER - TY - JOUR AU - Negri, D. R. AU - Michelini, Z. AU - Cara, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Toward integrase defective lentiviral vectors for genetic immunization JO - Curr HIV Res VL - 8 ID - Negri2010 ER - TY - JOUR AU - Banasik, M. B. AU - McCray, P. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrase-defective lentiviral vectors: progress and applications JO - Gene Ther VL - 17 ID - Banasik2010 ER - TY - JOUR AU - Nakajima, N. AU - Lu, R. AU - Engelman, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Human immunodeficiency virus type 1 replication in the absence of integrase-mediated dna recombination: definition of permissive and nonpermissive T-cell lines JO - J Virol VL - 75 ID - Nakajima2001 ER - TY - JOUR AU - Sloan, R. D. AU - Donahue, D. A. AU - Kuhl, B. D. AU - Bar-Magen, T. AU - Wainberg, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Expression of Nef from unintegrated HIV-1 DNA downregulates cell surface CXCR4 and CCR5 on T-lymphocytes JO - Retrovirology VL - 7 ID - Sloan2010 ER - TY - JOUR AU - Arhel, N. J. AU - Kirchhoff, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Implications of Nef: host cell interactions in viral persistence and progression to AIDS JO - Curr Top Microbiol Immunol VL - 339 ID - Arhel2009 ER - TY - JOUR AU - Matsuura, Y. AU - Maekawa, M. AU - Hattori, S. AU - Ikegami, N. AU - Hayashi, A. AU - Yamazaki, S. AU - Morita, C. AU - Takebe, Y. PY - 1991 DA - 1991// TI - Purification and characterization of human immunodeficiency virus type 1 nef gene product expressed by a recombinant baculovirus JO - Virology VL - 184 ID - Matsuura1991 ER - TY - JOUR AU - Yu, G. AU - Felsted, R. L. PY - 1992 DA - 1992// TI - Effect of myristoylation on p27 nef subcellular distribution and suppression of HIV-LTR transcription JO - Virology VL - 187 ID - Yu1992 ER - TY - JOUR AU - Gillim-Ross, L. AU - Cara, A. AU - Klotman, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nef expressed from human immunodeficiency virus type 1 extrachromosomal DNA downregulates CD4 on primary CD4+ T lymphocytes: implications for integrase inhibitors JO - J Gen Virol VL - 86 ID - Gillim-Ross2005 ER - TY - JOUR AU - Poon, B. AU - Chang, M. AU - Chen, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Vpr is required for efficient Nef expression from unintegrated human immunodeficiency virus type 1 DNA JO - J Virol VL - 81 ID - Poon2007 ER - TY - JOUR AU - Michel, N. AU - Allespach, I. AU - Venzke, S. AU - Fackler, O. AU - Keppler, O. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Nef protein of human immunodeficiency virus establishes superinfection immunity by a dual strategy to downregulate cell-surface CCR5 and CD4 JO - Curr Biol VL - 15 ID - Michel2005 ER - TY - JOUR AU - Venzke, S. AU - Michel, N. AU - Allespach, I. AU - Fackler, O. AU - Keppler, O. PY - 2006 DA - 2006// TI - Expression of Nef downregulates CXCR4, the major coreceptor of human immunodeficiency virus, from the surfaces of target cells and thereby enhances resistance to superinfection JO - J Virol VL - 80 ID - Venzke2006 ER - TY - JOUR AU - Wildum, S. AU - Schindler, M. AU - Münch, J. AU - Kirchhoff, F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Contribution of Vpu, Env, and Nef to CD4 down-modulation and resistance of human immunodeficiency virus type 1-infected T cells to superinfection JO - J Virol VL - 80 ID - Wildum2006 ER - TY - JOUR AU - Davis, C. AU - Dikic, I. AU - Unutmaz, D. AU - Hill, C. AU - Arthos, J. AU - Siani, M. AU - Thompson, D. AU - Schlessinger, J. AU - Littman, D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Signal transduction due to HIV-1 envelope interactions with chemokine receptors CXCR4 or CCR5 JO - J Exp Med VL - 186 ID - Davis1997 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Yoder, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chemokine coreceptor signaling in HIV-1 infection and pathogenesis JO - PLoS Pathog VL - 5 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Tremblay, M. AU - Meloche, S. AU - Gratton, S. AU - Wainberg, M. AU - Sékaly, R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Association of p56lck with the cytoplasmic domain of CD4 modulates HIV-1 expression JO - EMBO J VL - 13 ID - Tremblay1994 ER - TY - STD TI - Levin A, Rosenbluh J, Hayouka Z, Friedler A, Loyter A: Integration of HIV-1 DNA is regulated by interplay between viral rev and cellular LEDGF/p75 proteins. Mol Med. 16: 34-44. ID - ref116 ER - TY - CHAP AU - Levin, A. AU - Hayouka, Z. AU - Friedler, A. AU - Brack-Werner, R. AU - Volsky, D. AU - Loyter, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - A novel role for the viral Rev protein in promoting resistance to Super-infection by Human Immunodeficiency Virus type 1 BT - J Gen Virol ID - Levin2010 ER - TY - JOUR AU - Pugach, P. AU - Ray, N. AU - Klasse, P. AU - Ketas, T. AU - Michael, E. AU - Doms, R. AU - Lee, B. AU - Moore, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Inefficient entry of vicriviroc-resistant HIV-1 via the inhibitor-CCR5 complex at low cell surface CCR5 densities JO - Virology VL - 387 ID - Pugach2009 ER - TY - JOUR AU - Johnston, S. AU - Lobritz, M. AU - Nguyen, S. AU - Lassen, K. AU - Delair, S. AU - Posta, F. AU - Bryson, Y. AU - Arts, E. AU - Chou, T. AU - Lee, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - A quantitative affinity-profiling system that reveals distinct CD4/CCR5 usage patterns among human immunodeficiency virus type 1 and simian immunodeficiency virus strains JO - J Virol VL - 83 ID - Johnston2009 ER - TY - JOUR AU - Lassen, K. AU - Lobritz, M. AU - Bailey, J. AU - Johnston, S. AU - Nguyen, S. AU - Lee, B. AU - Chou, T. AU - Siliciano, R. AU - Markowitz, M. AU - Arts, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Elite suppressor-derived HIV-1 envelope glycoproteins exhibit reduced entry efficiency and kinetics JO - PLoS Pathog VL - 5 ID - Lassen2009 ER - TY - JOUR AU - Cohen, G. AU - Gandhi, R. AU - Davis, D. AU - Mandelboim, O. AU - Chen, B. AU - Strominger, J. AU - Baltimore, D. PY - 1999 DA - 1999// TI - The selective downregulation of class I major histocompatibility complex proteins by HIV-1 protects HIV-infected cells from NK cells JO - Immunity VL - 10 ID - Cohen1999 ER - TY - JOUR AU - Collins, K. AU - Chen, B. AU - Kalams, S. AU - Walker, B. AU - Baltimore, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - HIV-1 Nef protein protects infected primary cells against killing by cytotoxic T lymphocytes JO - Nature VL - 391 ID - Collins1998 ER - TY - JOUR AU - Cocchi, F. AU - DeVico, A. AU - Garzino-Demo, A. AU - Arya, S. AU - Gallo, R. AU - Lusso, P. PY - 1995 DA - 1995// TI - Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells JO - Science VL - 270 ID - Cocchi1995 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, O. AU - Maréchal, V. AU - Le Gall, S. AU - Lemonnier, F. AU - Heard, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Endocytosis of major histocompatibility complex class I molecules is induced by the HIV-1 Nef protein JO - Nat Med VL - 2 ID - Schwartz1996 ER - TY - JOUR AU - Borrow, P. AU - Lewicki, H. AU - Hahn, B. AU - Shaw, G. AU - Oldstone, M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Virus-specific CD8+ cytotoxic T-lymphocyte activity associated with control of viremia in primary human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 68 ID - Borrow1994 ER - TY - JOUR AU - Dyer, W. AU - Ogg, G. AU - Demoitie, M. AU - Jin, X. AU - Geczy, A. AU - Rowland-Jones, S. AU - McMichael, A. AU - Nixon, D. AU - Sullivan, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Strong human immunodeficiency virus (HIV)-specific cytotoxic T-lymphocyte activity in Sydney Blood Bank Cohort patients infected with nef-defective HIV type 1 JO - J Virol VL - 73 ID - Dyer1999 ER - TY - JOUR AU - Ogg, G. AU - Kostense, S. AU - Klein, M. AU - Jurriaans, S. AU - Hamann, D. AU - McMichael, A. AU - Miedema, F. PY - 1999 DA - 1999// TI - Longitudinal phenotypic analysis of human immunodeficiency virus type 1-specific cytotoxic T lymphocytes: correlation with disease progression JO - J Virol VL - 73 ID - Ogg1999 ER - TY - CHAP AU - Spivak, A. M. AU - Rabi, S. A. AU - McMahon, M. A. AU - Shan, L. AU - Sedaghat, A. R. AU - Wilke, C. O. AU - Siliciano, R. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Dynamic Constraints on the Second Phase Compartment of HIV-Infected Cells BT - AIDS Res Hum Retroviruses ID - Spivak2011 ER - TY - JOUR AU - Donahue, D. A. AU - Sloan, R. D. AU - Kuhl, B. D. AU - Bar-Magen, T. AU - Schader, S. M. AU - Wainberg, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Stage-Dependent Inhibition of HIV-1 Replication by Antiretroviral Drugs in Cell Culture JO - Antimicrobial Agents and Chemotherapy VL - 54 ID - Donahue2010 ER - TY - JOUR AU - Lassen, K. G. AU - Ramyar, K. X. AU - Bailey, J. R. AU - Zhou, Y. AU - Siliciano, R. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Nuclear retention of multiply spliced HIV-1 RNA in resting CD4+ T cells JO - PLoS Pathog VL - 2 ID - Lassen2006 ER - TY - JOUR AU - Ling, R. AU - Harrison, T. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Production of hepatitis B virus covalently closed circular DNA in transfected cells is independent of surface antigen synthesis JO - J Gen Virol VL - 78 ID - Ling1997 ER - TY - JOUR AU - Robinson, W. S. AU - Clayton, D. A. AU - Greenman, R. L. PY - 1974 DA - 1974// TI - DNA of a human hepatitis B virus candidate JO - J Virol VL - 14 ID - Robinson1974 ER - TY - JOUR AU - Nonoyama, M. AU - Tanaka, A. PY - 1975 DA - 1975// TI - Plasmid DNA as a possible state of Epstein-Barr virus genomes in nonproductive cells JO - Cold Spring Harb Symp Quant Biol VL - 39 ID - Nonoyama1975 ER - TY - JOUR AU - Adams, A. AU - Lindahl, T. PY - 1975 DA - 1975// TI - Epstein-Barr virus genomes with properties of circular DNA molecules in carrier cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 72 ID - Adams1975 ER - TY - JOUR AU - Fischer, M. AU - Trkola, A. AU - Joos, B. AU - Hafner, R. AU - Joller, H. AU - Muesing, M. A. AU - Kaufman, D. R. AU - Berli, E. AU - Hirschel, B. AU - Weber, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Shifts in cell-associated HIV-1 RNA but not in episomal HIV-1 DNA correlate with new cycles of HIV-1 infection in vivo JO - Antivir Ther VL - 8 ID - Fischer2003 ER - TY - JOUR AU - Butler, S. AU - Johnson, E. AU - Bushman, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Human immunodeficiency virus cDNA metabolism: notable stability of two-long terminal repeat circles JO - J Virol VL - 76 ID - Butler2002 ER - TY - JOUR AU - Pierson, T. AU - Kieffer, T. AU - Ruff, C. AU - Buck, C. AU - Gange, S. AU - Siliciano, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intrinsic stability of episomal circles formed during human immunodeficiency virus type 1 replication JO - J Virol VL - 76 ID - Pierson2002 ER - TY - JOUR AU - Sharkey, M. AU - Triques, K. AU - Kuritzkes, D. AU - Stevenson, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - In vivo evidence for instability of episomal human immunodeficiency virus type 1 cDNA JO - J Virol VL - 79 ID - Sharkey2005 ER - TY - JOUR AU - Lu, R. AU - Nakajima, N. AU - Hofmann, W. AU - Benkirane, M. AU - Jeang, K. AU - Sodroski, J. AU - Engelman, A. AU - Teh-Jeang, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Simian virus 40-based replication of catalytically inactive human immunodeficiency virus type 1 integrase mutants in nonpermissive T cells and monocyte-derived macrophages JO - J Virol VL - 78 ID - Lu2004 ER - TY - JOUR AU - Mannioui, A. AU - Schiffer, C. AU - Felix, N. AU - Nelson, E. AU - Brussel, A. AU - Sonigo, P. AU - Gluckman, J. AU - Canque, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Cell cycle regulation of human immunodeficiency virus type 1 integration in T cells: antagonistic effects of nuclear envelope breakdown and chromatin condensation JO - Virology VL - 329 ID - Mannioui2004 ER - TY - JOUR AU - Bushman, F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Measuring covert HIV replication during HAART: the abundance of 2-LTR circles is not a reliable marker JO - AIDS VL - 17 ID - Bushman2003 ER - TY - JOUR AU - Saenz, D. T. AU - Loewen, N. AU - Peretz, M. AU - Whitwam, T. AU - Barraza, R. AU - Howell, K. G. AU - Holmes, J. M. AU - Good, M. AU - Poeschla, E. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Unintegrated lentivirus DNA persistence and accessibility to expression in nondividing cells: analysis with class I integrase mutants JO - J Virol VL - 78 ID - Saenz2004 ER - TY - JOUR AU - Zack, J. A. AU - Arrigo, S. J. AU - Weitsman, S. R. AU - Go, A. S. AU - Haislip, A. AU - Chen, I. S. PY - 1990 DA - 1990// TI - HIV-1 entry into quiescent primary lymphocytes: molecular analysis reveals a labile, latent viral structure JO - Cell VL - 61 ID - Zack1990 ER - TY - JOUR AU - Colin, L. AU - Van Lint, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular control of HIV-1 postintegration latency: implications for the development of new therapeutic strategies JO - Retrovirology VL - 6 ID - Colin2009 ER - TY - JOUR AU - Pierson, T. AU - Zhou, Y. AU - Kieffer, T. AU - Ruff, C. AU - Buck, C. AU - Siliciano, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular characterization of preintegration latency in human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 76 ID - Pierson2002 ER - TY - JOUR AU - Petitjean, G. AU - Al Tabaa, Y. AU - Tuaillon, E. AU - Mettling, C. AU - Baillat, V. AU - Reynes, J. AU - Segondy, M. AU - Vendrell, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Unintegrated HIV-1 provides an inducible and functional reservoir in untreated and highly active antiretroviral therapy-treated patients JO - Retrovirology VL - 4 ID - Petitjean2007 ER - TY - JOUR AU - Zamborlini, A. AU - Lehmann-Che, J. AU - Clave, E. AU - Giron, M. L. AU - Tobaly-Tapiero, J. AU - Roingeard, P. AU - Emiliani, S. AU - Toubert, A. AU - de Thé, H. AU - Saïb, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Centrosomal pre-integration latency of HIV-1 in quiescent cells JO - Retrovirology VL - 4 ID - Zamborlini2007 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Zhang, H. AU - Siliciano, J. D. AU - Siliciano, R. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Kinetics of human immunodeficiency virus type 1 decay following entry into resting CD4+ T cells JO - J Virol VL - 79 ID - Zhou2005 ER - TY - JOUR AU - Zack, J. A. AU - Haislip, A. M. AU - Krogstad, P. AU - Chen, I. S. PY - 1992 DA - 1992// TI - Incompletely reverse-transcribed human immunodeficiency virus type 1 genomes in quiescent cells can function as intermediates in the retroviral life cycle JO - J Virol VL - 66 ID - Zack1992 ER - TY - JOUR AU - Gillim-Ross, L. AU - Cara, A. AU - Klotman, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - HIV-1 extrachromosomal 2-LTR circular DNA is long-lived in human macrophages JO - Viral Immunol VL - 18 ID - Gillim-Ross2005 ER - TY - JOUR AU - Yáñez-Muñoz, R. J. AU - Balaggan, K. S. AU - MacNeil, A. AU - Howe, S. J. AU - Schmidt, M. AU - Smith, A. J. AU - Buch, P. AU - MacLaren, R. E. AU - Anderson, P. N. AU - Barker, S. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Effective gene therapy with nonintegrating lentiviral vectors JO - Nat Med VL - 12 ID - Yáñez-Muñoz2006 ER - TY - JOUR AU - Philippe, S. AU - Sarkis, C. AU - Barkats, M. AU - Mammeri, H. AU - Ladroue, C. AU - Petit, C. AU - Mallet, J. AU - Serguera, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Lentiviral vectors with a defective integrase allow efficient and sustained transgene expression in vitro and in vivo JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 ID - Philippe2006 ER - TY - JOUR AU - Donovan, R. M. AU - Bush, C. E. AU - Smereck, S. M. AU - Moore, E. AU - Cohen, F. AU - Saravolatz, L. D. PY - 1994 DA - 1994// TI - Antiretroviral therapy is associated with a decrease in unintegrated HIV-1 DNA in pediatric patients JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 7 ID - Donovan1994 ER - TY - JOUR AU - Donovan, R. M. AU - Bush, C. E. AU - Smereck, S. M. AU - Baxa, D. M. AU - Markowitz, N. P. AU - Saravolatz, L. D. PY - 1994 DA - 1994// TI - Rapid decrease in unintegrated human immunodeficiency virus DNA after the initiation of nucleoside therapy JO - J Infect Dis VL - 170 ID - Donovan1994 ER - TY - JOUR AU - Agosto, L. M. AU - Liszewski, M. K. AU - Mexas, A. AU - Graf, E. AU - Pace, M. AU - Yu, J. J. AU - Bhandoola, A. AU - O'Doherty, U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Patients on HAART often have an excess of unintegrated HIV DNA: implications for monitoring reservoirs JO - Virology VL - 409 ID - Agosto2011 ER - TY - JOUR AU - Buzón, M. J. AU - Massanella, M. AU - Llibre, J. M. AU - Esteve, A. AU - Dahl, V. AU - Puertas, M. C. AU - Gatell, J. M. AU - Domingo, P. AU - Paredes, R. AU - Sharkey, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - HIV-1 replication and immune dynamics are affected by raltegravir intensification of HAART-suppressed subjects JO - Nat Med VL - 16 ID - Buzón2010 ER - TY - CHAP AU - Gandhi, R. T. AU - Zheng, L. AU - Bosch, R. J. AU - Chan, E. S. AU - Margolis, D. M. AU - Read, S. AU - Kallungal, B. AU - Palmer, S. AU - Medvik, K. AU - Lederman, M. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The effect of raltegravir intensification on low-level residual viremia in HIV-infected patients on antiretroviral therapy: a randomized controlled trial BT - PLoS Med ID - Gandhi2010 ER - TY - JOUR AU - Dinoso, J. B. AU - Kim, S. Y. AU - Wiegand, A. M. AU - Palmer, S. E. AU - Gange, S. J. AU - Cranmer, L. AU - O'Shea, A. AU - Callender, M. AU - Spivak, A. AU - Brennan, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Treatment intensification does not reduce residual HIV-1 viremia in patients on highly active antiretroviral therapy JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 ID - Dinoso2009 ER - TY - JOUR AU - Joos, B. AU - Fischer, M. AU - Kuster, H. AU - Pillai, S. K. AU - Wong, J. K. AU - Böni, J. AU - Hirschel, B. AU - Weber, R. AU - Trkola, A. AU - Günthard, H. F. AU - Study, S. H. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - HIV rebounds from latently infected cells, rather than from continuing low-level replication JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 ID - Joos2008 ER - TY - JOUR AU - Sharkey, M. AU - Babic, D. Z. AU - Greenough, T. AU - Gulick, R. AU - Kuritzkes, D. R. AU - Stevenson, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Episomal Viral cDNAs Identify a Reservoir That Fuels Viral Rebound after Treatment Interruption and That Contributes to Treatment Failure JO - PLoS Pathog VL - 7 ID - Sharkey2011 ER - TY - JOUR AU - Graf, E. H. AU - Mexas, A. M. AU - Yu, J. J. AU - Shaheen, F. AU - Liszewski, M. K. AU - Di Mascio, M. AU - Migueles, S. A. AU - Connors, M. AU - O'Doherty, U. PY - 2011 DA - 2011// TI - Elite Suppressors Harbor Low Levels of Integrated HIV DNA and High Levels of 2-LTR Circular HIV DNA Compared to HIV+ Patients On and Off HAART JO - PLoS Pathog VL - 7 ID - Graf2011 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. AU - Li, C. AU - Huang, J. AU - Cung, T. AU - Seiss, K. AU - Beamon, J. AU - Carrington, M. F. AU - Porter, L. C. AU - Burke, P. S. AU - Yang, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - CD4+ T cells from elite controllers resist HIV-1 infection by selective upregulation of p21 JO - J Clin Invest VL - 121 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Bar-Magen, T. AU - Sloan, R. D. AU - Donahue, D. A. AU - Kuhl, B. D. AU - Zabeida, A. AU - Xu, H. T. AU - Oliveira, M. AU - Hazuda, D. J. AU - Wainberg, M. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of Novel Mutations Responsible for Resistance to MK-2048, a Second-Generation HIV-1 Integrase Inhibitor JO - Journal of Virology VL - 84 ID - Bar-Magen2010 ER - TY - JOUR AU - Delelis, O. AU - Malet, I. AU - Na, L. AU - Tchertanov, L. AU - Calvez, V. AU - Marcelin, A. G. AU - Subra, F. AU - Deprez, E. AU - Mouscadet, J. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - The G140S mutation in HIV integrases from raltegravir-resistant patients rescues catalytic defect due to the resistance Q148H mutation JO - Nucleic Acids Res VL - 37 ID - Delelis2009 ER - TY - JOUR AU - Lennox, J. L. AU - DeJesus, E. AU - Lazzarin, A. AU - Pollard, R. B. AU - Madruga, J. V. AU - Berger, D. S. AU - Zhao, J. AU - Xu, X. AU - Williams-Diaz, A. AU - Rodgers, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Safety and efficacy of raltegravir-based versus efavirenz-based combination therapy in treatment-naive patients with HIV-1 infection: a multicentre, double-blind randomised controlled trial JO - Lancet VL - 374 ID - Lennox2009 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, M. AU - Nguyen, B. Y. AU - Gotuzzo, E. AU - Mendo, F. AU - Ratanasuwan, W. AU - Kovacs, C. AU - Prada, G. AU - Morales-Ramirez, J. O. AU - Crumpacker, C. S. AU - Isaacs, R. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rapid and durable antiretroviral effect of the HIV-1 Integrase inhibitor raltegravir as part of combination therapy in treatment-naive patients with HIV-1 infection: results of a 48-week controlled study JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 46 ID - Markowitz2007 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, M. AU - Nguyen, B. Y. AU - Gotuzzo, E. AU - Mendo, F. AU - Ratanasuwan, W. AU - Kovacs, C. AU - Prada, G. AU - Morales-Ramirez, J. O. AU - Crumpacker, C. S. AU - Isaacs, R. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Sustained antiretroviral effect of raltegravir after 96 weeks of combination therapy in treatment-naive patients with HIV-1 infection JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 52 ID - Markowitz2009 ER - TY - JOUR AU - Goffinet, C. AU - Allespach, I. AU - Oberbremer, L. AU - Golden, P. AU - Foster, S. AU - Johns, B. AU - Weatherhead, J. AU - Novick, S. AU - Chiswell, K. AU - Garvey, E. AU - Keppler, O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pharmacovirological impact of an integrase inhibitor on human immunodeficiency virus type 1 cDNA species in vivo JO - J Virol VL - 83 ID - Goffinet2009 ER - TY - JOUR AU - Sedaghat, A. AU - Dinoso, J. AU - Shen, L. AU - Wilke, C. AU - Siliciano, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Decay dynamics of HIV-1 depend on the inhibited stages of the viral life cycle JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 ID - Sedaghat2008 ER - TY - JOUR AU - Sedaghat, A. R. AU - Siliciano, R. F. AU - Wilke, C. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Constraints on the dominant mechanism for HIV viral dynamics in patients on raltegravir JO - Antivir Ther VL - 14 ID - Sedaghat2009 ER - TY - JOUR AU - Reigadas, S. AU - Andréola, M. L. AU - Wittkop, L. AU - Cosnefroy, O. AU - Anies, G. AU - Recordon-Pinson, P. AU - Thiébaut, R. AU - Masquelier, B. AU - Fleury, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evolution of 2-long terminal repeat (2-LTR) episomal HIV-1 DNA in raltegravir-treated patients and in in vitro infected cells JO - J Antimicrob Chemother VL - 65 ID - Reigadas2010 ER - TY - JOUR AU - Gelderblom, H. AU - Vatakis, D. AU - Burke, S. AU - Lawrie, S. AU - Bristol, G. AU - Levy, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Viral complementation allows HIV-1 replication without integration JO - Retrovirology VL - 5 ID - Gelderblom2008 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The second chance story of HIV-1 DNA: Unintegrated? Not a problem! JO - Retrovirology VL - 5 ID - Wu2008 ER - TY - JOUR AU - Quan, Y. AU - Liang, C. AU - Brenner, B. AU - Wainberg, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multidrug-resistant variants of HIV type 1 (HIV-1) can exist in cells as defective quasispecies and be rescued by superinfection with other defective HIV-1 variants JO - J Infect Dis VL - 200 ID - Quan2009 ER - TY - JOUR AU - Levy, D. N. AU - Aldrovandi, G. M. AU - Kutsch, O. AU - Shaw, G. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dynamics of HIV-1 recombination in its natural target cells JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 ID - Levy2004 ER - TY - JOUR AU - Stetson, D. B. AU - Ko, J. S. AU - Heidmann, T. AU - Medzhitov, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Trex1 prevents cell-intrinsic initiation of autoimmunity JO - Cell VL - 134 ID - Stetson2008 ER - TY - JOUR AU - Bhoj, V. G. AU - Chen, Z. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Linking retroelements to autoimmunity JO - Cell VL - 134 ID - Bhoj2008 ER - TY - JOUR AU - Yan, N. AU - Regalado-Magdos, A. D. AU - Stiggelbout, B. AU - Lee-Kirsch, M. A. AU - Lieberman, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The cytosolic exonuclease TREX1 inhibits the innate immune response to human immunodeficiency virus type 1 JO - Nat Immunol VL - 11 ID - Yan2010 ER - TY - JOUR AU - Doitsh, G. AU - Cavrois, M. AU - Lassen, K. G. AU - Zepeda, O. AU - Yang, Z. AU - Santiago, M. L. AU - Hebbeler, A. M. AU - Greene, W. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Abortive HIV infection mediates CD4 T cell depletion and inflammation in human lymphoid tissue JO - Cell VL - 143 ID - Doitsh2010 ER - TY - JOUR AU - Wu, Y. AU - Marsh, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene transcription in HIV infection JO - Microbes Infect VL - 5 ID - Wu2003 ER - TY - JOUR AU - Belloni, L. AU - Pollicino, T. AU - De Nicola, F. AU - Guerrieri, F. AU - Raffa, G. AU - Fanciulli, M. AU - Raimondo, G. AU - Levrero, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Nuclear HBx binds the HBV minichromosome and modifies the epigenetic regulation of cccDNA function JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 ID - Belloni2009 ER - TY - JOUR AU - Bloom, D. C. AU - Giordani, N. V. AU - Kwiatkowski, D. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Epigenetic regulation of latent HSV-1 gene expression JO - Biochim Biophys Acta VL - 1799 ID - Bloom2010 ER - TY - JOUR AU - Korber, B. AU - Muldoon, M. AU - Theiler, J. AU - Gao, F. AU - Gupta, R. AU - Lapedes, A. AU - Hahn, B. H. AU - Wolinsky, S. AU - Bhattacharya, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Timing the ancestor of the HIV-1 pandemic strains JO - Science VL - 288 ID - Korber2000 ER - TY - JOUR AU - Talbott, R. L. AU - Sparger, E. E. AU - Lovelace, K. M. AU - Fitch, W. M. AU - Pedersen, N. C. AU - Luciw, P. A. AU - Elder, J. H. PY - 1989 DA - 1989// TI - Nucleotide sequence and genomic organization of feline immunodeficiency virus JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 86 ID - Talbott1989 ER -