TY - JOUR AU - Taylor, B. S. AU - Sobieszczyk, M. E. AU - McCutchan, F. E. AU - Hammer, S. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The challenge of HIV-1 subtype diversity JO - N Engl J Med VL - 358 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra0706737 DO - 10.1056/NEJMra0706737 ID - Taylor2008 ER - TY - JOUR AU - Berger, E. A. AU - Doms, R. W. AU - Fenyo, E. M. AU - Korber, B. T. AU - Littman, D. R. AU - Moore, J. P. AU - Sattentau, Q. J. AU - Schuitemaker, H. AU - Sodroski, J. AU - Weiss, R. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - A newclassification for HIV-1 JO - Nature VL - 391 UR - https://doi.org/10.1038/34571 DO - 10.1038/34571 ID - Berger1998 ER - TY - JOUR AU - Kaleebu, P. AU - Nankya, I. L. AU - Yirrell, D. L. AU - Shafer, L. A. AU - Kyosiimire-Lugemwa, J. AU - Lule, D. B. AU - Morgan, D. AU - Beddows, S. AU - Weber, J. AU - Whitworth, J. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Relation between chemokine receptor use, disease stage, and HIV-1 subtypes A and D: results from a rural Ugandan cohort JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 45 UR - https://doi.org/10.1097/QAI.0b013e3180385aa0 DO - 10.1097/QAI.0b013e3180385aa0 ID - Kaleebu2007 ER - TY - JOUR AU - Asjo, B. AU - Morfeldt-Manson, L. AU - Albert, J. AU - Biberfeld, G. AU - Karlsson, A. AU - Lidman, K. AU - Fenyo, E. M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Replicative capacity of human immunodeficiency virus from patients with varying severity of HIV infection JO - Lancet VL - 2 ID - Asjo1986 ER - TY - JOUR AU - Karlsson, A. AU - Parsmyr, K. AU - Sandstrom, E. AU - Fenyo, E. M. AU - Albert, J. PY - 1994 DA - 1994// TI - MT-2 cell tropism as prognostic marker for disease progression in human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Clin Microbiol VL - 32 ID - Karlsson1994 ER - TY - JOUR AU - Koot, M. AU - Keet, I. P. AU - Vos, A. H. AU - de Goede, R. E. AU - Roos, M. T. AU - Coutinho, R. A. AU - Miedema, F. AU - Schellekens, P. T. AU - Tersmette, M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Prognostic value of HIV-1 syncytium-inducing phenotype for rate of CD4+ cell depletion and progression to AIDS JO - Ann Intern Med VL - 118 UR - https://doi.org/10.7326/0003-4819-118-9-199305010-00004 DO - 10.7326/0003-4819-118-9-199305010-00004 ID - Koot1993 ER - TY - JOUR AU - Bjorndal, A. AU - Deng, H. AU - Jansson, M. AU - Fiore, J. R. AU - Colognesi, C. AU - Karlsson, A. AU - Albert, J. AU - Scarlatti, G. AU - Littman, D. R. AU - Fenyo, E. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Coreceptor usage of primary human immunodeficiency virus type 1 isolates varies according to biological phenotype JO - J Virol VL - 71 ID - Bjorndal1997 ER - TY - JOUR AU - Abebe, A. AU - Demissie, D. AU - Goudsmit, J. AU - Brouwer, M. AU - Kuiken, C. L. AU - Pollakis, G. AU - Schuitemaker, H. AU - Fontanet, A. L. AU - Rinke de Wit, T. F. PY - 1999 DA - 1999// TI - HIV-1 subtype C syncytium- and non-syncytium-inducing phenotypes and coreceptor usage among Ethiopian patients with AIDS JO - Aids VL - 13 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199907300-00006 DO - 10.1097/00002030-199907300-00006 ID - Abebe1999 ER - TY - JOUR AU - Bjorndal, A. AU - Sonnerborg, A. AU - Tscherning, C. AU - Albert, J. AU - Fenyo, E. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Phenotypic characteristics of human immunodeficiency virus type 1 subtype C isolates of Ethiopian AIDS patients JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 15 UR - https://doi.org/10.1089/088922299310944 DO - 10.1089/088922299310944 ID - Bjorndal1999 ER - TY - JOUR AU - Ping, L. H. AU - Nelson, J. A. AU - Hoffman, I. F. AU - Schock, J. AU - Lamers, S. L. AU - Goodman, M. AU - Vernazza, P. AU - Kazembe, P. AU - Maida, M. AU - Zimba, D. AU - Goodenow, M. M. AU - Eron, J. J. AU - Fiscus, S. A. AU - Cohen, M. S. AU - Swanstrom, R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Characterization of V3 sequence heterogeneity in subtype C human immunodeficiency virus type 1 isolates from Malawi: underrepresentation of X4 variants JO - J Virol VL - 73 ID - Ping1999 ER - TY - JOUR AU - Connell, B. J. AU - Michler, K. AU - Capovilla, A. AU - Venter, W. D. AU - Stevens, W. S. AU - Papathanasopoulos, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Emergence of X4 usage among HIV-1 subtype C: evidence for an evolving epidemic in South Africa JO - Aids VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3282f57f7a DO - 10.1097/QAD.0b013e3282f57f7a ID - Connell2008 ER - TY - JOUR AU - Yu, X. F. AU - Wang, Z. AU - Beyrer, C. AU - Celentano, D. D. AU - Khamboonruang, C. AU - Allen, E. AU - Nelson, K. PY - 1995 DA - 1995// TI - Phenotypic and genotypic characteristics of human immunodeficiency virus type 1 from patients with AIDS in northern Thailand JO - J Virol VL - 69 ID - Yu1995 ER - TY - JOUR AU - Vergne, L. AU - Bourgeois, A. AU - Mpoudi-Ngole, E. AU - Mougnutou, R. AU - Mbuagbaw, J. AU - Liegeois, F. AU - Laurent, C. AU - Butel, C. AU - Zekeng, L. AU - Delaporte, E. AU - Peeters, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biological and genetic characteristics of HIV infections in Cameroon reveals dual group M and O infections and a correlation between SI-inducing phenotype of the predominant CRF02_AG variant and disease stage JO - Virology VL - 310 UR - https://doi.org/10.1016/S0042-6822(03)00167-3 DO - 10.1016/S0042-6822(03)00167-3 ID - Vergne2003 ER - TY - JOUR AU - Richman, D. D. AU - Bozzette, S. A. PY - 1994 DA - 1994// TI - The impact of the syncytium-inducing phenotype of human immunodeficiency virus on disease progression JO - J Infect Dis VL - 169 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/169.5.968 DO - 10.1093/infdis/169.5.968 ID - Richman1994 ER - TY - JOUR AU - Mild, M. AU - Esbjornsson, J. AU - Fenyo, E. M. AU - Medstrand, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Frequent intrapatient recombination between human immunodeficiency virus type 1 R5 and X4 envelopes: implications for coreceptor switch JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01295-06 DO - 10.1128/JVI.01295-06 ID - Mild2007 ER - TY - JOUR AU - Bratt, G. AU - Leandersson, A. C. AU - Albert, J. AU - Sandstrom, E. AU - Wahren, B. PY - 1998 DA - 1998// TI - MT-2 tropism and CCR-5 genotype strongly influence disease progression in HIV-1-infected individuals JO - Aids VL - 12 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199807000-00009 DO - 10.1097/00002030-199807000-00009 ID - Bratt1998 ER - TY - JOUR AU - Peeters, M. AU - Vincent, R. AU - Perret, J. L. AU - Lasky, M. AU - Patrel, D. AU - Liegeois, F. AU - Courgnaud, V. AU - Seng, R. AU - Matton, T. AU - Molinier, S. AU - Delaporte, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Evidence for differences in MT2 cell tropism according to genetic subtypes of HIV-1: syncytium-inducing variants seem rare among subtype C HIV-1 viruses JO - J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retrovirol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1097/00042560-199902010-00002 DO - 10.1097/00042560-199902010-00002 ID - Peeters1999 ER - TY - JOUR AU - Spijkerman, I. J. AU - Koot, M. AU - Prins, M. AU - Keet, I. P. AU - Hoek, A. J. v. a. n. d. e. n. AU - Miedema, F. AU - Coutinho, R. A. PY - 1995 DA - 1995// TI - Lower prevalence and incidence of HIV-1 syncytium-inducing phenotype among injecting drug users compared with homosexual men JO - Aids VL - 9 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199509000-00016 DO - 10.1097/00002030-199509000-00016 ID - Spijkerman1995 ER - TY - JOUR AU - Cilliers, T. AU - Nhlapo, J. AU - Coetzer, M. AU - Orlovic, D. AU - Ketas, T. AU - Olson, W. C. AU - Moore, J. P. AU - Trkola, A. AU - Morris, L. PY - 2003 DA - 2003// TI - The CCR5 and CXCR4 coreceptors are both used by human immunodeficiency virus type 1 primary isolates from subtype C JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.7.4449-4456.2003 DO - 10.1128/JVI.77.7.4449-4456.2003 ID - Cilliers2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, W. AU - Eshleman, S. H. AU - Toma, J. AU - Fransen, S. AU - Stawiski, E. AU - Paxinos, E. E. AU - Whitcomb, J. M. AU - Young, A. M. AU - Donnell, D. AU - Mmiro, F. AU - Musoke, P. AU - Guay, L. A. AU - Jackson, J. B. AU - Parkin, N. T. AU - Petropoulos, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Coreceptor tropism in human immunodeficiency virus type 1 subtype D: high prevalence of CXCR4 tropism and heterogeneous composition of viral populations JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00218-07 DO - 10.1128/JVI.00218-07 ID - Huang2007 ER - TY - JOUR AU - Tscherning, C. AU - Alaeus, A. AU - Fredriksson, R. AU - Bjorndal, A. AU - Deng, H. AU - Littman, D. R. AU - Fenyo, E. M. AU - Albert, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Differences in chemokine coreceptor usage between genetic subtypes of HIV-1 JO - Virology VL - 241 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1997.8980 DO - 10.1006/viro.1997.8980 ID - Tscherning1998 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Huang, Y. AU - He, T. AU - Cao, Y. AU - Ho, D. D. PY - 1996 DA - 1996// TI - HIV-1 subtype and second-receptor use JO - Nature VL - 383 UR - https://doi.org/10.1038/383768a0 DO - 10.1038/383768a0 ID - Zhang1996 ER - TY - JOUR AU - Hartley, O. AU - Klasse, P. J. AU - Sattentau, Q. J. AU - Moore, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - V3: HIV'sswitch-hitter JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 21 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2005.21.171 DO - 10.1089/aid.2005.21.171 ID - Hartley2005 ER - TY - JOUR AU - Pastore, C. AU - Nedellec, R. AU - Ramos, A. AU - Pontow, S. AU - Ratner, L. AU - Mosier, D. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human immunodeficiency virus type 1 coreceptor switching: V1/V2 gain-of-fitness mutations compensate for V3 loss-of-fitness mutations JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.80.2.750-758.2006 DO - 10.1128/JVI.80.2.750-758.2006 ID - Pastore2006 ER - TY - JOUR AU - Sax, P. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - FDA approval: maraviroc JO - AIDS Clin Care VL - 19 UR - https://doi.org/10.1080/09540120600746899 DO - 10.1080/09540120600746899 ID - Sax2007 ER - TY - JOUR AU - Weber, J. AU - Piontkivska, H. AU - Quinones-Mateu, M. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - HIV type 1 tropism and inhibitors of viral entry: clinical implications JO - AIDS Rev VL - 8 ID - Weber2006 ER - TY - JOUR AU - Westby, M. AU - Smith-Burchnell, C. AU - Mori, J. AU - Lewis, M. AU - Mosley, M. AU - Stockdale, M. AU - Dorr, P. AU - Ciaramella, G. AU - Perros, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reduced maximal inhibition in phenotypic susceptibility assays indicates that viral strains resistant to the CCR5 antagonist maraviroc utilize inhibitor-bound receptor for entry JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02006-06 DO - 10.1128/JVI.02006-06 ID - Westby2007 ER - TY - JOUR AU - Wolinsky, S. M. AU - Veazey, R. S. AU - Kunstman, K. J. AU - Klasse, P. J. AU - Dufour, J. AU - Marozsan, A. J. AU - Springer, M. S. AU - Moore, J. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Effect of a CCR5 inhibitor on viral loads in macaques dual-infected with R5 and X4 primate immunodeficiency viruses JO - Virology VL - 328 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2004.07.021 DO - 10.1016/j.virol.2004.07.021 ID - Wolinsky2004 ER - TY - JOUR AU - Trouplin, V. AU - Salvatori, F. AU - Cappello, F. AU - Obry, V. AU - Brelot, A. AU - Heveker, N. AU - Alizon, M. AU - Scarlatti, G. AU - Clavel, F. AU - Mammano, F. PY - 2001 DA - 2001// TI - Determination of coreceptor usage of human immunodeficiency virus type 1 from patient plasma samples by using a recombinant phenotypic assay JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.1.251-259.2001 DO - 10.1128/JVI.75.1.251-259.2001 ID - Trouplin2001 ER - TY - JOUR AU - Whitcomb, J. M. AU - Huang, W. AU - Fransen, S. AU - Limoli, K. AU - Toma, J. AU - Wrin, T. AU - Chappey, C. AU - Kiss, L. D. AU - Paxinos, E. E. AU - Petropoulos, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Development and characterization of a novel single-cycle recombinant-virus assay to determine human immunodeficiency virus type 1 coreceptor tropism JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 51 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.00853-06 DO - 10.1128/AAC.00853-06 ID - Whitcomb2007 ER - TY - JOUR AU - Garrido, C. AU - Roulet, V. AU - Chueca, N. AU - Poveda, E. AU - Aguilera, A. AU - Skrabal, K. AU - Zahonero, N. AU - Carlos, S. AU - Garcia, F. AU - Faudon, J. L. AU - Soriano, V. AU - de Mendoza, C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evaluation of eight different bioinformatics tools to predict viral tropism in different human immunodeficiency virus type 1 subtypes JO - J Clin Microbiol VL - 46 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01611-07 DO - 10.1128/JCM.01611-07 ID - Garrido2008 ER - TY - JOUR AU - Jensen, M. A. AU - Li, F. S. AU - van 't Wout, A. B. AU - Nickle, D. C. AU - Shriner, D. AU - He, H. X. AU - McLaughlin, S. AU - Shankarappa, R. AU - Margolick, J. B. AU - Mullins, J. I. PY - 2003 DA - 2003// TI - Improved coreceptor usage prediction and genotypic monitoring of R5-to-X4 transition by motif analysis of human immunodeficiency virus type 1 env V3 loopsequences JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.24.13376-13388.2003 DO - 10.1128/JVI.77.24.13376-13388.2003 ID - Jensen2003 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. AU - Norrgren, H. AU - da Silva, Z. AU - Biague, A. AU - Bamba, S. AU - Kwok, S. AU - Christopherson, C. AU - Biberfeld, G. AU - Albert, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Plasma viral load in HIV-1 and HIV-2 singly and dually infected individuals in Guinea-Bissau, West Africa: significantly lower plasma virus set point in HIV-2 infection than in HIV-1 infection JO - Arch Intern Med VL - 160 UR - https://doi.org/10.1001/archinte.160.21.3286 DO - 10.1001/archinte.160.21.3286 ID - Andersson2000 ER - TY - JOUR AU - Norrgren, H. AU - Andersson, S. AU - Naucler, A. AU - Dias, F. AU - Johansson, I. AU - Biberfeld, G. PY - 1995 DA - 1995// TI - HIV-1, HIV-2, HTLV-I/II and Treponema pallidum infections: incidence, prevalence, and HIV-2-associated mortality in an occupational cohort in Guinea-Bissau JO - J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retrovirol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1097/00042560-199508000-00014 DO - 10.1097/00042560-199508000-00014 ID - Norrgren1995 ER - TY - JOUR AU - Mansson, F. AU - Biague, A. AU - da Silva, Z. J. AU - Dias, F. AU - Nilsson, L. A. AU - Andersson, S. AU - Fenyo, E. M. AU - Norrgren, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Prevalence and incidence of HIV-1 and HIV-2 before, during and after a civil war in an occupational cohort in Guinea-Bissau, West Africa JO - Aids VL - 23 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32832cedfb DO - 10.1097/QAD.0b013e32832cedfb ID - Mansson2009 ER - TY - STD TI - Guidelines for national human immunodeficiency virus case surveillance, including monitoring for human immunodeficiency virus infection and acquired immunodeficiency syndrome. Centers for Disease Control andPrevention. MMWR Recomm Rep. 1999, 48: 1-27. 29-31 ID - ref36 ER - TY - CHAP AU - CB, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - WHO Staging System for HIV Infection and Disease in Adolescents and Adults BT - Book WHO Staging System for HIV Infection and Disease in Adolescents and Adults (Editor ed.^eds.) PB - UCSF Center for HIV Information CY - City ID - CB2006 ER - TY - JOUR AU - Leitner, T. AU - Korovina, G. AU - Marquina, S. AU - Smolskaya, T. AU - Albert, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Molecular epidemiology and MT-2 cell tropism of Russian HIV type 1 variant JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1996.12.1595 DO - 10.1089/aid.1996.12.1595 ID - Leitner1996 ER - TY - STD TI - Los Alamos Sequence Database. [http://www.hiv.lanl.gov/] UR - http://www.hiv.lanl.gov/ ID - ref39 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Dudley, J. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm092 DO - 10.1093/molbev/msm092 ID - Tamura2007 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - MODELTEST: testing the model ofDNA substitution JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.817 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.817 ID - Posada1998 ER - TY - JOUR AU - Felsenstein, J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap JO - Evolution VL - 39 UR - https://doi.org/10.2307/2408678 DO - 10.2307/2408678 ID - Felsenstein1985 ER - TY - BOOK AU - Nei, M. K. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular evolution and phylogenetics PB - Oxford CY - Oxford University Press ID - Nei2000 ER - TY - JOUR AU - Dopazo, J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Estimating errors and confidence intervals for branch lengths in phylogenetic trees by a bootstrap approach JO - J Mol Evol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/BF00176092 DO - 10.1007/BF00176092 ID - Dopazo1994 ER - TY - JOUR AU - Deng, H. AU - Liu, R. AU - Ellmeier, W. AU - Choe, S. AU - Unutmaz, D. AU - Burkhart, M. AU - Di Marzio, P. AU - Marmon, S. AU - Sutton, R. E. AU - Hill, C. M. AU - Davis, C. B. AU - Peiper, S. C. AU - Schall, T. J. AU - Littman, D. R. AU - Landau, N. R. PY - 1996 DA - 1996// TI - Identification of a major co-receptor for primary isolates of HIV-1 JO - Nature VL - 381 UR - https://doi.org/10.1038/381661a0 DO - 10.1038/381661a0 ID - Deng1996 ER - TY - JOUR AU - Mild, M. AU - Bjorndal, A. AU - Medstrand, P. AU - Fenyo, E. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Isolation of human immunodeficiency virus-type 1 (HIV-1) clones with biological and molecular properties of the primary isolate JO - Virology VL - 350 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.02.008 DO - 10.1016/j.virol.2006.02.008 ID - Mild2006 ER - TY - JOUR AU - Meloni, S. T. AU - Kim, B. AU - Sankale, J. L. AU - Hamel, D. J. AU - Tovanabutra, S. AU - Mboup, S. AU - McCutchan, F. E. AU - Kanki, P. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Distinct human immunodeficiency virus type 1 subtype A virus circulating in West Africa: sub-subtype A3 JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.22.12438-12445.2004 DO - 10.1128/JVI.78.22.12438-12445.2004 ID - Meloni2004 ER - TY - JOUR AU - Raymond, S. AU - Delobel, P. AU - Mavigner, M. AU - Cazabat, M. AU - Souyris, C. AU - Sandres-Saune, K. AU - Cuzin, L. AU - Marchou, B. AU - Massip, P. AU - Izopet, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Correlation between genotypic predictions based on V3 sequences and phenotypic determination of HIV-1 tropism JO - Aids VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e32830ebcd4 DO - 10.1097/QAD.0b013e32830ebcd4 ID - Raymond2008 ER - TY - JOUR AU - Skrabal, K. AU - Low, A. J. AU - Dong, W. AU - Sing, T. AU - Cheung, P. K. AU - Mammano, F. AU - Harrigan, P. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Determining human immunodeficiency virus coreceptor use in a clinical setting: degree of correlation between two phenotypic assays and a bioinformatic model JO - J Clin Microbiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.01118-06 DO - 10.1128/JCM.01118-06 ID - Skrabal2007 ER - TY - JOUR AU - Resch, W. AU - Hoffman, N. AU - Swanstrom, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Improved success of phenotype prediction of the human immunodeficiency virus type 1 from envelope variable loop 3 sequence using neural networks JO - Virology VL - 288 UR - https://doi.org/10.1006/viro.2001.1087 DO - 10.1006/viro.2001.1087 ID - Resch2001 ER - TY - JOUR AU - Raymond, S. AU - Delobel, P. AU - Mavigner, M. AU - Cazabat, M. AU - Souyris, C. AU - Encinas, S. AU - Sandres-Saune, K. AU - Pasquier, C. AU - Marchou, B. AU - Massip, P. AU - Izopet, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genotypic Prediction of HIV-1 CRF02-AG Tropism JO - J Clin Microbiol VL - 47 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02439-08 DO - 10.1128/JCM.02439-08 ID - Raymond2009 ER - TY - JOUR AU - Sing, T. AU - Low, A. J. AU - Beerenwinkel, N. AU - Sander, O. AU - Cheung, P. K. AU - Domingues, F. S. AU - Buch, J. AU - Daumer, M. AU - Kaiser, R. AU - Lengauer, T. AU - Harrigan, P. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Predicting HIV coreceptor usage on the basis of genetic and clinical covariates JO - Antivir Ther VL - 12 ID - Sing2007 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. AU - Norrgren, H. AU - Dias, F. AU - Biberfeld, G. AU - Albert, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular characterization of human immunodeficiency virus (HIV)-1 and -2 in individuals from guinea-bissau with single or dual infections: predominance of a distinct HIV-1 subtype A/G recombinant in West Africa JO - Virology VL - 262 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1999.9867 DO - 10.1006/viro.1999.9867 ID - Andersson1999 ER - TY - JOUR AU - Hamel, D. J. AU - Sankale, J. L. AU - Eisen, G. AU - Meloni, S. T. AU - Mullins, C. AU - Gueye-Ndiaye, A. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Twenty years of prospective molecular epidemiology in Senegal: changes in HIV diversity JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 23 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2007.0037 DO - 10.1089/aid.2007.0037 ID - Hamel2007 ER - TY - JOUR AU - Meloni, S. T. AU - Sankale, J. L. AU - Hamel, D. J. AU - Eisen, G. AU - Gueye-Ndiaye, A. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1 sub-subtype A3 in Senegal from 1988 to 2001 JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.22.12455-12461.2004 DO - 10.1128/JVI.78.22.12455-12461.2004 ID - Meloni2004 ER - TY - JOUR AU - Tebit, D. M. AU - Nankya, I. AU - Arts, E. J. AU - Gao, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - HIV diversity, recombination and disease progression: how does fitness "fit" into the puzzle? JO - AIDS Rev VL - 9 ID - Tebit2007 ER - TY - JOUR AU - Shankarappa, R. AU - Margolick, J. B. AU - Gange, S. J. AU - Rodrigo, A. G. AU - Upchurch, D. AU - Farzadegan, H. AU - Gupta, P. AU - Rinaldo, C. R. AU - Learn, G. H. AU - He, X. AU - Huang, X. L. AU - Mullins, J. I. PY - 1999 DA - 1999// TI - Consistent viral evolutionary changes associated with the progression of human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 73 ID - Shankarappa1999 ER - TY - JOUR AU - Kaleebu, P. AU - French, N. AU - Mahe, C. AU - Yirrell, D. AU - Watera, C. AU - Lyagoba, F. AU - Nakiyingi, J. AU - Rutebemberwa, A. AU - Morgan, D. AU - Weber, J. AU - Gilks, C. AU - Whitworth, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Effect of human immunodeficiency virus (HIV) type 1 envelope subtypes A and D on disease progression in a large cohort of HIV-1-positive persons in Uganda JO - J Infect Dis VL - 185 UR - https://doi.org/10.1086/340130 DO - 10.1086/340130 ID - Kaleebu2002 ER - TY - JOUR AU - Fatkenheuer, G. AU - Nelson, M. AU - Lazzarin, A. AU - Konourina, I. AU - Hoepelman, A. I. AU - Lampiris, H. AU - Hirschel, B. AU - Tebas, P. AU - Raffi, F. AU - Trottier, B. AU - Bellos, N. AU - Saag, M. AU - Cooper, D. A. AU - Westby, M. AU - Tawadrous, M. AU - Sullivan, J. F. AU - Ridgway, C. AU - Dunne, M. W. AU - Felstead, S. AU - Mayer, H. AU - Ryst, E. v. a. n. d. e. r. PY - 2008 DA - 2008// TI - Subgroup analyses of maraviroc in previously treated R5 HIV-1 infection JO - N Engl J Med VL - 359 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0803154 DO - 10.1056/NEJMoa0803154 ID - Fatkenheuer2008 ER - TY - JOUR AU - Dolin, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - A new class of anti-HIV therapy and new challenges JO - N Engl J Med VL - 359 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMe0806598 DO - 10.1056/NEJMe0806598 ID - Dolin2008 ER - TY - JOUR AU - Kilby, J. M. AU - Eron, J. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Novel therapies based on mechanisms of HIV-1 cell entry JO - N Engl J Med VL - 348 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra022812 DO - 10.1056/NEJMra022812 ID - Kilby2003 ER -