TY - JOUR AU - Peeters, M. AU - Honore, C. AU - Huet, T. AU - Bedjabaga, L. AU - Ossari, S. AU - Bussi, P. AU - Cooper, R. W. AU - Delaporte, E. PY - 1989 DA - 1989// TI - Isolation and partial characterization of an HIV-related virus occurring naturally in chimpanzees in Gabon JO - Aids VL - 3 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-198910000-00001 DO - 10.1097/00002030-198910000-00001 ID - Peeters1989 ER - TY - JOUR AU - Peeters, M. AU - Fransen, K. AU - Delaporte, E. AU - Van den Haesevelde, M. AU - Gershy-Damet, G. M. AU - Kestens, L. AU - van der Groen, G. AU - Piot, P. PY - 1992 DA - 1992// TI - Isolation and characterization of a new chimpanzee lentivirus (simian immunodeficiency virus isolate cpz-ant) from a wild-captured chimpanzee JO - Aids VL - 6 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199205000-00002 DO - 10.1097/00002030-199205000-00002 ID - Peeters1992 ER - TY - JOUR AU - Gao, F. AU - Bailes, E. AU - Robertson, D. L. AU - Chen, Y. AU - Rodenburg, C. M. AU - Michael, S. F. AU - Cummins, L. B. AU - Arthur, L. O. AU - Peeters, M. AU - Shaw, G. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Origin of HIV-1 in the chimpanzee Pan troglodytes troglodytes JO - Nature VL - 397 UR - https://doi.org/10.1038/17130 DO - 10.1038/17130 ID - Gao1999 ER - TY - JOUR AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. AU - De Cock, K. M. AU - Sharp, P. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - AIDS as a zoonosis: scientific and public health implications JO - Science VL - 287 UR - https://doi.org/10.1126/science.287.5453.607 DO - 10.1126/science.287.5453.607 ID - Hahn2000 ER - TY - JOUR AU - Sharp, P. M. AU - Bailes, E. AU - Gao, F. AU - Beer, B. E. AU - Hirsch, V. M. AU - Hahn, B. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Origins and evolution of AIDS viruses: estimating the time-scale JO - Biochem Soc Trans VL - 28 UR - https://doi.org/10.1042/bst0280275 DO - 10.1042/bst0280275 ID - Sharp2000 ER - TY - JOUR AU - Heeney, J. L. AU - Rutjens, E. AU - Verschoor, E. J. AU - Niphuis, H. AU - ten Haaft, P. AU - Rouse, S. AU - McClure, H. AU - Balla-Jhagjhoorsingh, S. AU - Bogers, W. AU - Salas, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Transmission of simian immunodeficiency virus SIVcpz and the evolution of infection in the presence and absence of concurrent human immunodeficiency virus type 1 infection in chimpanzees JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00382-06 DO - 10.1128/JVI.00382-06 ID - Heeney2006 ER - TY - JOUR AU - Gilbert, M. T. AU - Rambaut, A. AU - Wlasiuk, G. AU - Spira, T. J. AU - Pitchenik, A. E. AU - Worobey, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The emergence of HIV/AIDS in the Americas and beyond JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0705329104 DO - 10.1073/pnas.0705329104 ID - Gilbert2007 ER - TY - JOUR AU - Robbins, K. E. AU - Lemey, P. AU - Pybus, O. G. AU - Jaffe, H. W. AU - Youngpairoj, A. S. AU - Brown, T. M. AU - Salemi, M. AU - Vandamme, A. M. AU - Kalish, M. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - U.S. Human immunodeficiency virus type 1 epidemic: date of origin, population history, and characterization of early strains JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.11.6359-6366.2003 DO - 10.1128/JVI.77.11.6359-6366.2003 ID - Robbins2003 ER - TY - JOUR AU - Brunet, J. B. AU - Bouvet, E. AU - Massari, V. PY - 1984 DA - 1984// TI - Epidemiological aspects of acquired immune deficiency syndrome in France JO - Ann N Y Acad Sci VL - 437 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.1984.tb37153.x DO - 10.1111/j.1749-6632.1984.tb37153.x ID - Brunet1984 ER - TY - JOUR AU - Glauser, M. P. AU - Francioli, P. PY - 1984 DA - 1984// TI - Clinical and epidemiological survey of acquired immune deficiency syndrome in Europe JO - Eur J Clin Microbiol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1007/BF02032823 DO - 10.1007/BF02032823 ID - Glauser1984 ER - TY - JOUR AU - Melbye, M. AU - Biggar, R. J. AU - Ebbesen, P. AU - Sarngadharan, M. G. AU - Weiss, S. H. AU - Gallo, R. C. AU - Blattner, W. A. PY - 1984 DA - 1984// TI - Seroepidemiology of HTLV-III antibody in Danish homosexual men: prevalence, transmission, and disease outcome JO - Br Med J (Clin Res Ed) VL - 289 UR - https://doi.org/10.1136/bmj.289.6445.573 DO - 10.1136/bmj.289.6445.573 ID - Melbye1984 ER - TY - JOUR AU - Casado, C. AU - Urtasun, I. AU - Saragosti, S. AU - Chaix, M. L. AU - de Rossi, A. AU - Cattelan, A. M. AU - Dietrich, U. AU - Lopez-Galindez, C. PY - 2000 DA - 2000// TI - Different distribution of HIV type 1 genetic variants in European patients with distinct risk practices JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/088922200309403 DO - 10.1089/088922200309403 ID - Casado2000 ER - TY - JOUR AU - Lukashov, V. V. AU - Kuiken, C. L. AU - Vlahov, D. AU - Coutinho, R. A. AU - Goudsmit, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Evidence for HIV type 1 strains of U.S. intravenous drug users as founders of AIDS epidemic among intravenous drug users in northern Europe JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1996.12.1179 DO - 10.1089/aid.1996.12.1179 ID - Lukashov1996 ER - TY - JOUR AU - Clumeck, N. AU - Sonnet, J. AU - Taelman, H. AU - Mascart-Lemone, F. AU - De Bruyere, M. AU - Vandeperre, P. AU - Dasnoy, J. AU - Marcelis, L. AU - Lamy, M. AU - Jonas, C. PY - 1984 DA - 1984// TI - Acquired immunodeficiency syndrome in African patients JO - N Engl J Med VL - 310 UR - https://doi.org/10.1056/NEJM198402233100804 DO - 10.1056/NEJM198402233100804 ID - Clumeck1984 ER - TY - JOUR AU - Vittecoq, D. AU - May, T. AU - Roue, R. T. AU - Stern, M. AU - Mayaud, C. AU - Chavanet, P. AU - Borsa, F. AU - Jeantils, P. AU - Armengaud, M. AU - Modai, J. PY - 1987 DA - 1987// TI - Acquired immunodeficiency syndrome after travelling in Africa: an epidemiological study in seventeen Caucasian patients JO - Lancet VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(87)90245-5 DO - 10.1016/S0140-6736(87)90245-5 ID - Vittecoq1987 ER - TY - JOUR AU - Chaix, M. L. AU - Descamps, D. AU - Harzic, M. AU - Schneider, V. AU - Deveau, C. AU - Tamalet, C. AU - Pellegrin, I. AU - Izopet, J. AU - Ruffault, A. AU - Masquelier, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Stable prevalence of genotypic drug resistance mutations but increase in non-B virus among patients with primary HIV-1 infection in France JO - Aids VL - 17 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200312050-00011 DO - 10.1097/00002030-200312050-00011 ID - Chaix2003 ER - TY - JOUR AU - Descamps, D. AU - Chaix, M. L. AU - Andre, P. AU - Brodard, V. AU - Cottalorda, J. AU - Deveau, C. AU - Harzic, M. AU - Ingrand, D. AU - Izopet, J. AU - Kohli, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - French national sentinel survey of antiretroviral drug resistance in patients with HIV-1 primary infection and in antiretroviral-naive chronically infected patients in 2001–2002 JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 38 UR - https://doi.org/10.1097/01.qai.0000155201.51232.2e DO - 10.1097/01.qai.0000155201.51232.2e ID - Descamps2005 ER - TY - JOUR AU - Deroo, S. AU - Robert, I. AU - Fontaine, E. AU - Lambert, C. AU - Plesseria, J. M. AU - Arendt, V. AU - Staub, T. AU - Hemmer, R. AU - Schneider, F. AU - Schmit, J. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - HIV-1 subtypes in Luxembourg, 1983–2000 JO - Aids VL - 16 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200212060-00012 DO - 10.1097/00002030-200212060-00012 ID - Deroo2002 ER - TY - JOUR AU - Machuca, R. AU - Bogh, M. AU - Salminen, M. AU - Gerstoft, J. AU - Kvinesdal, B. AU - Pedersen, C. AU - Obel, N. AU - Nielsen, H. AU - Nielsen, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - HIV-1 subtypes in Denmark JO - Scand J Infect Dis VL - 33 UR - https://doi.org/10.1080/00365540110026863 DO - 10.1080/00365540110026863 ID - Machuca2001 ER - TY - JOUR AU - Sonnerborg, A. AU - Durdevic, S. AU - Giesecke, J. AU - Sallberg, M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Dynamics of the HIV-1 subtype distribution in the Swedish HIV-1 epidemic during the period 1980 to 1993 JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 13 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1997.13.343 DO - 10.1089/aid.1997.13.343 ID - Sonnerborg1997 ER - TY - JOUR AU - Snoeck, J. AU - Van Laethem, K. AU - Hermans, P. AU - Van Wijngaerden, E. AU - Derdelinckx, I. AU - Schrooten, Y. AU - Vijver, D. A. v. a. n. d. e. AU - De Wit, S. AU - Clumeck, N. AU - Vandamme, A. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Rising prevalence of HIV-1 non-B subtypes in Belgium: 1983–2001 JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 35 UR - https://doi.org/10.1097/00126334-200403010-00009 DO - 10.1097/00126334-200403010-00009 ID - Snoeck2004 ER - TY - JOUR AU - Lospitao, E. AU - Alvarez, A. AU - Soriano, V. AU - Holguin, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - HIV-1 subtypes in Spain: a retrospective analysis from 1995 to 2003 JO - HIV Med VL - 6 UR - https://doi.org/10.1111/j.1468-1293.2005.00313.x DO - 10.1111/j.1468-1293.2005.00313.x ID - Lospitao2005 ER - TY - JOUR AU - Boni, J. AU - Pyra, H. AU - Gebhardt, M. AU - Perrin, L. AU - Burgisser, P. AU - Matter, L. AU - Fierz, W. AU - Erb, P. AU - Piffaretti, J. C. AU - Minder, E. PY - 1999 DA - 1999// TI - High frequency of non-B subtypes in newly diagnosed HIV-1 infections in Switzerland JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/00126334-199910010-00010 DO - 10.1097/00126334-199910010-00010 ID - Boni1999 ER - TY - JOUR AU - Op de Coul, E. L. AU - Coutinho, R. A. AU - van der Schoot, A. AU - van Doornum, G. J. AU - Lukashov, V. V. AU - Goudsmit, J. AU - Cornelissen, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - The impact of immigration on env HIV-1 subtype distribution among heterosexuals in the Netherlands: influx of subtype B and non-B strains JO - Aids VL - 15 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200111230-00009 DO - 10.1097/00002030-200111230-00009 ID - Op de Coul2001 ER - TY - JOUR AU - Paraskevis, D. AU - Magiorkinis, E. AU - Magiorkinis, G. AU - Sypsa, V. AU - Paparizos, V. AU - Lazanas, M. AU - Gargalianos, P. AU - Antoniadou, A. AU - Panos, G. AU - Chrysos, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Increasing prevalence of HIV-1 subtype A in Greece: estimating epidemic history and origin JO - J Infect Dis VL - 196 UR - https://doi.org/10.1086/521677 DO - 10.1086/521677 ID - Paraskevis2007 ER - TY - JOUR AU - Bobkov, A. AU - Kazennova, E. AU - Selimova, L. AU - Bobkova, M. AU - Khanina, T. AU - Ladnaya, N. AU - Kravchenko, A. AU - Pokrovsky, V. AU - Cheingsong-Popov, R. AU - Weber, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 14 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1998.14.669 DO - 10.1089/aid.1998.14.669 ID - Bobkov1998 ER - TY - JOUR AU - Holmes, E. C. AU - Zhang, L. Q. AU - Robertson, P. AU - Cleland, A. AU - Harvey, E. AU - Simmonds, P. AU - Leigh Brown, A. J. PY - 1995 DA - 1995// TI - The molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1 in Edinburgh JO - J Infect Dis VL - 171 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/171.1.45 DO - 10.1093/infdis/171.1.45 ID - Holmes1995 ER - TY - JOUR AU - Brown, A. J. AU - Lobidel, D. AU - Wade, C. M. AU - Rebus, S. AU - Phillips, A. N. AU - Brettle, R. P. AU - France, A. J. AU - Leen, C. S. AU - McMenamin, J. AU - McMillan, A. PY - 1997 DA - 1997// TI - The molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1 in six cities in Britain and Ireland JO - Virology VL - 235 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1997.8656 DO - 10.1006/viro.1997.8656 ID - Brown1997 ER - TY - JOUR AU - Thomson, M. M. AU - Najera, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Travel and the introduction of human immunodeficiency virus type 1 non-B subtype genetic forms into Western countries JO - Clin Infect Dis VL - 32 UR - https://doi.org/10.1086/320764 DO - 10.1086/320764 ID - Thomson2001 ER - TY - JOUR AU - Liitsola, K. AU - Holmstrom, P. AU - Laukkanen, T. AU - Brummer-Korvenkontio, H. AU - Leinikki, P. AU - Salminen, M. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of HIV-1 genetic subtypes in Finland reveals good correlation between molecular and epidemiological data JO - Scand J Infect Dis VL - 32 UR - https://doi.org/10.1080/003655400458721 DO - 10.1080/003655400458721 ID - Liitsola2000 ER - TY - JOUR AU - Palma, A. C. AU - Araujo, F. AU - Duque, V. AU - Borges, F. AU - Paixao, M. T. AU - Camacho, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Molecular epidemiology and prevalence of drug resistance-associated mutations in newly diagnosed HIV-1 patients in Portugal JO - Infect Genet Evol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2007.01.009 DO - 10.1016/j.meegid.2007.01.009 ID - Palma2007 ER - TY - CHAP AU - Paraskevis, D. AU - Wensing, A. M. J. AU - Vercauteren, J. AU - Vijver, D. A. v. a. n. d. e. AU - Albert, J. AU - Asjo, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Prevalence of HIV-1 subtypes among newly HIV-1 diagnosed individuals during 2002–2003 in Europe: Evidence for a continuous introduction of non-B subtypes BT - 1st International Workshop on HIV Transmission; Toronto, Canada ID - Paraskevis2006 ER - TY - CHAP AU - Abecasis, A. AU - Wensing, A. AU - Paraskevis, D. AU - Vercauteuren, D. AU - Vijver, D. V. a. n. d. e. AU - Albert, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - obotS-p Demographic determinants of HIV-1 subtype in Europe BT - Sixth European HIV Drug Resistance Workshop; Budapest, Hungary ID - Abecasis2008 ER - TY - JOUR AU - Drummond, A. J. AU - Pybus, O. G. AU - Rambaut, A. AU - Forsberg, R. AU - Rodrigo, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Measurably evolving populations JO - TRENDS in Ecology and Evolution VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-5347(03)00216-7 DO - 10.1016/S0169-5347(03)00216-7 ID - Drummond2003 ER - TY - JOUR AU - Coffin, J. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy JO - Science VL - 267 UR - https://doi.org/10.1126/science.7824947 DO - 10.1126/science.7824947 ID - Coffin1995 ER - TY - JOUR AU - Leitner, T. AU - Escanilla, D. AU - Franzen, C. AU - Uhlen, M. AU - Albert, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Accurate reconstruction of a known HIV-1 transmission history by phylogenetic tree analysis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.20.10864 DO - 10.1073/pnas.93.20.10864 ID - Leitner1996 ER - TY - JOUR AU - Wallace, R. G. AU - Hodac, H. AU - Lathrop, R. H. AU - Fitch, W. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A statistical phylogeography of influenza A H5N1 JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0700435104 DO - 10.1073/pnas.0700435104 ID - Wallace2007 ER - TY - JOUR AU - Holmes, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Evolutionary history and phylogeography of human viruses JO - Annu Rev Microbiol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.62.081307.162912 DO - 10.1146/annurev.micro.62.081307.162912 ID - Holmes2008 ER - TY - JOUR AU - Nakano, T. AU - Lu, L. AU - Liu, P. AU - Pybus, O. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Viral gene sequences reveal the variable history of hepatitis C virus infection among countries JO - J Infect Dis VL - 190 UR - https://doi.org/10.1086/422606 DO - 10.1086/422606 ID - Nakano2004 ER - TY - JOUR AU - Slatkin, M. AU - Maddison, W. P. PY - 1989 DA - 1989// TI - A cladistic measure of gene flow inferred from the phylogenies of alleles JO - Genetics VL - 123 ID - Slatkin1989 ER - TY - JOUR AU - Fitch, W. M. PY - 1971 DA - 1971// TI - Toward defining the course of evolution: Minimal change for a specific tree topology JO - Syst Zool VL - 20 UR - https://doi.org/10.2307/2412116 DO - 10.2307/2412116 ID - Fitch1971 ER - TY - JOUR AU - Lukashov, V. V. AU - Karamov, E. V. AU - Eremin, V. F. AU - Titov, L. P. AU - Goudsmit, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 14 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1998.14.1299 DO - 10.1089/aid.1998.14.1299 ID - Lukashov1998 ER - TY - JOUR AU - Liitsola, K. AU - Tashkinova, I. AU - Laukkanen, T. AU - Korovina, G. AU - Smolskaja, T. AU - Momot, O. AU - Mashkilleyson, N. AU - Chaplinskas, S. AU - Brummer-Korvenkontio, H. AU - Vanhatalo, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - HIV-1 genetic subtype A/B recombinant strain causing an explosive epidemic in injecting drug users in Kaliningrad JO - AIDS VL - 12 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199814000-00023 DO - 10.1097/00002030-199814000-00023 ID - Liitsola1998 ER - TY - JOUR AU - Nabatov, A. A. AU - Kravchenko, O. N. AU - Lyulchuk, M. G. AU - Shcherbinskaya, A. M. AU - Lukashov, V. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Simultaneous introduction of HIV type 1 subtype A and B viruses into injecting drug users in southern Ukraine at the beginning of the epidemic in the former Soviet Union JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 18 UR - https://doi.org/10.1089/08892220260190380 DO - 10.1089/08892220260190380 ID - Nabatov2002 ER - TY - JOUR AU - Bobkov, A. AU - Cheingsong-Popov, R. AU - Selimova, L. AU - Ladnaya, N. AU - Kazennova, E. AU - Kravchenko, A. AU - Fedotov, E. AU - Saukhat, S. AU - Zverev, S. AU - Pokrovsky, V. AU - Weber, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - An HIV type 1 epidemic among injecting drug users in the former Soviet Union caused by a homogeneous subtype A strain JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 13 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1997.13.1195 DO - 10.1089/aid.1997.13.1195 ID - Bobkov1997 ER - TY - JOUR AU - Brenner, B. G. AU - Roger, M. AU - Routy, J. P. AU - Moisi, D. AU - Ntemgwa, M. AU - Matte, C. AU - Baril, J. G. AU - Thomas, R. AU - Rouleau, D. AU - Bruneau, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - High rates of forward transmission events after acute/early HIV-1 infection JO - J Infect Dis VL - 195 UR - https://doi.org/10.1086/512088 DO - 10.1086/512088 ID - Brenner2007 ER - TY - JOUR AU - Lewis, F. AU - Hughes, G. J. AU - Rambaut, A. AU - Pozniak, A. AU - Leigh Brown, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Episodic sexual transmission of HIV revealed by molecular phylodynamics JO - PLoS Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0050050 DO - 10.1371/journal.pmed.0050050 ID - Lewis2008 ER - TY - JOUR AU - Gifford, R. J. AU - de Oliveira, T. AU - Rambaut, A. AU - Pybus, O. G. AU - Dunn, D. AU - Vandamme, A. M. AU - Kellam, P. AU - Pillay, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Phylogenetic surveillance of viral genetic diversity and the evolving molecular epidemiology of human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00889-07 DO - 10.1128/JVI.00889-07 ID - Gifford2007 ER - TY - JOUR AU - Hue, S. AU - Pillay, D. AU - Clewley, J. P. AU - Pybus, O. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genetic analysis reveals the complex structure of HIV-1 transmission within defined risk groups JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0407534102 DO - 10.1073/pnas.0407534102 ID - Hue2005 ER - TY - CHAP AU - Paraskevis, D. AU - Zavitsanou, M. AU - Magiorkinis, E. AU - Papa, A. AU - Magiorkinis, G. AU - Beloukas, A. AU - Sypsa, V. AU - Nikolopoulos, G. AU - Malisiovas, N. AU - Hatzakis, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular typing of the subtype B transmission networks: a nationwide study to estimate the contact patterns of the HIV epidemic in Greece BT - 16th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections. Montreal, Canada ID - Paraskevis2009 ER - TY - JOUR AU - Op de Coul, E. L. AU - Prins, M. AU - Cornelissen, M. AU - Schoot, A. v. a. n. d. e. r. AU - Boufassa, F. AU - Brettle, R. P. AU - Hernandez-Aguado, L. AU - Schiffer, V. AU - McMenamin, J. AU - Rezza, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Using phylogenetic analysis to trace HIV-1 migration among western European injecting drug users seroconverting from 1984 to 1997 JO - AIDS VL - 15 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200101260-00017 DO - 10.1097/00002030-200101260-00017 ID - Op de Coul2001 ER - TY - JOUR AU - Skar, H. AU - Sylvan, S. AU - Hansson, H. B. AU - Gustavsson, O. AU - Boman, H. AU - Albert, J. AU - Leitner, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Multiple HIV-1 introductions into the Swedish intravenous drug user population JO - Infect Genet Evol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2008.03.004 DO - 10.1016/j.meegid.2008.03.004 ID - Skar2008 ER - TY - JOUR AU - Wensing, A. M. J. AU - Vercauteren, J. AU - Vijver, D. A. v. a. n. d. e. AU - Albert, J. AU - Asjo, B. AU - Balotta, C. AU - Camacho, R. AU - Coughlan, S. AU - Grossman, Z. AU - Horban, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transmission of drug-resistant HIV-1 in Europe remains limited to single classes JO - Aids VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e3282f5e062 DO - 10.1097/QAD.0b013e3282f5e062 ID - Wensing2008 ER - TY - JOUR AU - Hue, S. AU - Clewley, J. P. AU - Cane, P. A. AU - Pillay, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Investigation of HIV-1 transmission events by phylogenetic methods: requirement for scientific rigour JO - Aids VL - 19 UR - https://doi.org/10.1097/01.aids.0000161778.15568.a1 DO - 10.1097/01.aids.0000161778.15568.a1 ID - Hue2005 ER - TY - JOUR AU - Lemey, P. AU - Derdelinckx, I. AU - Rambaut, A. AU - Van Laethem, K. AU - Dumont, S. AU - Vermeulen, S. AU - Van Wijngaerden, E. AU - Vandamme, A. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Molecular footprint of drug-selective pressure in a human immunodeficiency virus transmission chain JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.18.11981-11989.2005 DO - 10.1128/JVI.79.18.11981-11989.2005 ID - Lemey2005 ER - TY - JOUR AU - Paraskevis, D. AU - Magiorkinis, E. AU - Magiorkinis, G. AU - Kiosses, V. G. AU - Lemey, P. AU - Vandamme, A. M. AU - Rambaut, A. AU - Hatzakis, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phylogenetic reconstruction of a known HIV-1 CRF04_cpx transmission network using maximum likelihood and Bayesian methods JO - J Mol Evol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-004-2651-6 DO - 10.1007/s00239-004-2651-6 ID - Paraskevis2004 ER - TY - JOUR AU - Wensing, A. M. AU - Vijver, D. A. AU - Angarano, G. AU - Asjo, B. AU - Balotta, C. AU - Boeri, E. AU - Camacho, R. AU - Chaix, M. L. AU - Costagliola, D. AU - De Luca, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Prevalence of drug-resistant HIV-1 variants in untreated individuals in Europe: implications for clinical management JO - J Infect Dis VL - 192 UR - https://doi.org/10.1086/432916 DO - 10.1086/432916 ID - Wensing2005 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Stamatakis, A. AU - Hoover, P. AU - Rougemont, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A rapid bootstrap algorithm for the RAxML Web servers JO - Syst Biol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1080/10635150802429642 DO - 10.1080/10635150802429642 ID - Stamatakis2008 ER - TY - CHAP AU - Maddison, W. P. AU - Maddison, D. R. PY - 2003 DA - 2003// BT - MacClade: analysis of phylogeny and character evolution PB - Sinaeur Associates CY - Sunderland, Mass ID - Maddison2003 ER - TY - CHAP AU - Sankoff, D. AU - Cedergren, R. J. ED - Sankoff, D. ED - Kruskal, J. B. PY - 1983 DA - 1983// TI - Simultaneous comparison of three or more sequences related by a tree BT - Time Warps, String Edits, and Macromolecules: The Theory and Practice of Sequence Comparison PB - Addison-Wesley CY - Reading, Mass ID - Sankoff1983 ER - TY - JOUR AU - Rinsma, I. AU - Hendy, M. AU - Penny, D. PY - 1990 DA - 1990// TI - Minimally colored trees JO - Math Biosci VL - 98 UR - https://doi.org/10.1016/0025-5564(90)90124-H DO - 10.1016/0025-5564(90)90124-H ID - Rinsma1990 ER - TY - CHAP AU - Maddison, W. P. AU - Maddison, D. R. PY - 2009 DA - 2009// BT - Mesquite: a modular system for evolutionary analysis. Version 2.6 ID - Maddison2009 ER -