TY - JOUR AU - Hu, D. J. AU - Dondero, T. J. AU - Rayfield, M. A. AU - George, J. R. AU - Schochetman, G. AU - Jaffe, H. W. AU - Luo, C. C. AU - Kalish, M. L. AU - Weniger, B. G. AU - Pau, C. P. PY - 1996 DA - 1996// TI - The emerging genetic diversity of HIV. The importance of global surveillance for diagnostics, research, and prevention JO - JAMA VL - 275 UR - https://doi.org/10.1001/jama.1996.03530270050031 DO - 10.1001/jama.1996.03530270050031 ID - Hu1996 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. AU - Norrgren, H. AU - da Silva, Z. AU - Biague, A. AU - Bamba, S. AU - Kwok, S. AU - Christopherson, C. AU - Biberfeld, G. AU - Albert, J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Plasma viral load in HIV-1 and HIV-2 singly and dually infected individuals in Guinea-Bissau, West Africa: significantly lower plasma virus set point in HIV-2 infection than in HIV-1 infection JO - Arch Intern Med VL - 160 UR - https://doi.org/10.1001/archinte.160.21.3286 DO - 10.1001/archinte.160.21.3286 ID - Andersson2000 ER - TY - JOUR AU - Kanki, P. J. AU - Travers, K. U. AU - S, M. B. AU - Hsieh, C. C. AU - Marlink, R. G. AU - Gueye, N. A. AU - Siby, T. AU - Thior, I. AU - Hernandez-Avila, M. AU - Sankale, J. L. PY - 1994 DA - 1994// TI - Slower heterosexual spread of HIV-2 than HIV-1 JO - Lancet VL - 343 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(94)90065-5 DO - 10.1016/S0140-6736(94)90065-5 ID - Kanki1994 ER - TY - JOUR AU - Marlink, R. AU - Kanki, P. AU - Thior, I. AU - Travers, K. AU - Eisen, G. AU - Siby, T. AU - Traore, I. AU - Hsieh, C. C. AU - Dia, M. C. AU - Gueye, E. H. PY - 1994 DA - 1994// TI - Reduced rate of disease development after HIV-2 infection as compared to HIV-1 JO - Science VL - 265 UR - https://doi.org/10.1126/science.7915856 DO - 10.1126/science.7915856 ID - Marlink1994 ER - TY - JOUR AU - Whittle, H. AU - Morris, J. AU - Todd, J. AU - Corrah, T. AU - Sabally, S. AU - Bangali, J. AU - Ngom, P. T. AU - Rolfe, M. AU - Wilkins, A. PY - 1994 DA - 1994// TI - HIV-2-infected patients survive longer than HIV-1-infected patients JO - AIDS VL - 8 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-199411000-00015 DO - 10.1097/00002030-199411000-00015 ID - Whittle1994 ER - TY - JOUR AU - Reeves, J. D. AU - Doms, R. W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Human immunodeficiency virus type 2 JO - J Gen Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1099/0022-1317-83-6-1253 DO - 10.1099/0022-1317-83-6-1253 ID - Reeves2002 ER - TY - JOUR AU - Berry, N. AU - Ariyoshi, K. AU - Jaffar, S. AU - Sabally, S. AU - Corrah, T. AU - Tedder, R. AU - Whittle, H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Low peripheral blood viral HIV-2 RNA in individuals with high CD4 percentage differentiates HIV-2 from HIV-1 infection JO - J Hum Virol VL - 1 ID - Berry1998 ER - TY - JOUR AU - Soares, R. AU - Foxall, R. AU - Albuquerque, A. AU - Cortesao, C. AU - Garcia, M. AU - Victorino, R. M. AU - Sousa, A. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Increased frequency of circulating CCR5+ CD4+ T cells in human immunodeficiency virus type 2 infection JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01557-06 DO - 10.1128/JVI.01557-06 ID - Soares2006 ER - TY - JOUR AU - Anderson, D. E. AU - Llenado, R. A. AU - Torres, J. V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Humoral immunity and the evolution of HIV-2 JO - Viral Immunol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1089/vim.2004.17.436 DO - 10.1089/vim.2004.17.436 ID - Anderson2004 ER - TY - JOUR AU - Berry, N. AU - Jaffar, S. AU - Schim van der Loeff, M. AU - Ariyoshi, K. AU - Harding, E. AU - N'Gom, P. T. AU - Dias, F. AU - Wilkins, A. AU - Ricard, D. AU - Aaby, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Low level viremia and high CD4% predict normal survival in a cohort of HIV type-2-infected villagers JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 18 UR - https://doi.org/10.1089/08892220260387904 DO - 10.1089/08892220260387904 ID - Berry2002 ER - TY - JOUR AU - Lizeng, Q. AU - Nilsson, C. AU - Sourial, S. AU - Andersson, S. AU - Larsen, O. AU - Aaby, P. AU - Ehnlund, M. AU - Bjorling, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Potent neutralizing serum immunoglobulin A (IgA) in human immunodeficiency virus type 2-exposed IgG-seronegative individuals JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.13.7016-7022.2004 DO - 10.1128/JVI.78.13.7016-7022.2004 ID - Lizeng2004 ER - TY - JOUR AU - MacNeil, A. AU - Sarr, A. D. AU - Sankale, J. L. AU - Meloni, S. T. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Direct evidence of lower viral replication rates in vivo in human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) infection than in HIV-1 infection JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02625-06 DO - 10.1128/JVI.02625-06 ID - MacNeil2007 ER - TY - JOUR AU - Blaak, H. AU - Ende, M. E. v. a. n. d. e. r. AU - Boers, P. H. AU - Schuitemaker, H. AU - Osterhaus, A. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - In vitro replication capacity of HIV-2 variants from long-term aviremic individuals JO - Virology VL - 353 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.05.029 DO - 10.1016/j.virol.2006.05.029 ID - Blaak2006 ER - TY - BOOK AU - Levy, J. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - HIV and the pathogenesis of AIDS PB - ASM Press CY - Washington, D.C. ID - Levy1998 ER - TY - JOUR AU - Lemey, P. AU - Rambaut, A. AU - Pybus, O. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - HIV evolutionary dynamics within and among hosts JO - AIDS Rev VL - 8 ID - Lemey2006 ER - TY - JOUR AU - Delwart, E. L. AU - Pan, H. AU - Sheppard, H. W. AU - Wolpert, D. AU - Neumann, A. U. AU - Korber, B. AU - Mullins, J. I. PY - 1997 DA - 1997// TI - Slower evolution of human immunodeficiency virus type 1 quasispecies during progression to AIDS JO - J Virol VL - 71 ID - Delwart1997 ER - TY - JOUR AU - Shankarappa, R. AU - Margolick, J. B. AU - Gange, S. J. AU - Rodrigo, A. G. AU - Upchurch, D. AU - Farzadegan, H. AU - Gupta, P. AU - Rinaldo, C. R. AU - Learn, G. H. AU - He, X. PY - 1999 DA - 1999// TI - Consistent viral evolutionary changes associated with the progression of human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 73 ID - Shankarappa1999 ER - TY - JOUR AU - Williamson, S. AU - Perry, S. M. AU - Bustamante, C. D. AU - Orive, M. E. AU - Stearns, M. N. AU - Kelly, J. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - A statistical characterization of consistent patterns of human immunodeficiency virus evolution within infected patients JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi029 DO - 10.1093/molbev/msi029 ID - Williamson2005 ER - TY - JOUR AU - Castiglione, F. AU - Poccia, F. AU - D'Offizi, G. AU - Bernaschi, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Mutation, fitness, viral diversity, and predictive markers of disease progression in a computational model of HIV type 1 infection JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 20 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2004.20.1314 DO - 10.1089/aid.2004.20.1314 ID - Castiglione2004 ER - TY - JOUR AU - Markham, R. B. AU - Wang, W. C. AU - Weisstein, A. E. AU - Wang, Z. AU - Munoz, A. AU - Templeton, A. AU - Margolick, J. AU - Vlahov, D. AU - Quinn, T. AU - Farzadegan, H. AU - Yu, X. F. PY - 1998 DA - 1998// TI - Patterns of HIV-1 evolution in individuals with differing rates of CD4 T cell decline JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.21.12568 DO - 10.1073/pnas.95.21.12568 ID - Markham1998 ER - TY - JOUR AU - Bello, G. AU - Casado, C. AU - Sandonis, V. AU - Alvaro-Cifuentes, T. AU - Dos Santos, C. A. AU - Garcia, S. AU - Rodriguez, C. AU - Del Romero, J. AU - Pilotto, J. H. AU - Grinsztejn, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Plasma viral load threshold for sustaining intrahost HIV type 1 evolution JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 23 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2007.0074 DO - 10.1089/aid.2007.0074 ID - Bello2007 ER - TY - JOUR AU - Barroso, H. AU - Taveira, N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence for negative selective pressure in HIV-2 evolution in vivo JO - Infect Genet Evol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.meegid.2004.07.008 DO - 10.1016/j.meegid.2004.07.008 ID - Barroso2005 ER - TY - JOUR AU - Sankale, J. L. AU - de la Tour, R. S. AU - Renjifo, B. AU - Siby, T. AU - Mboup, S. AU - Marlink, R. G. AU - Essex, M. E. AU - Kanki, P. J. PY - 1995 DA - 1995// TI - Intrapatient variability of the human immunodeficiency virus type 2 envelope V3 loop JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 11 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1995.11.617 DO - 10.1089/aid.1995.11.617 ID - Sankale1995 ER - TY - JOUR AU - MacNeil, A. AU - Sankale, J. L. AU - Meloni, S. T. AU - Sarr, A. D. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Long-term intrapatient viral evolution during HIV-2 infection JO - J Infect Dis VL - 195 UR - https://doi.org/10.1086/511308 DO - 10.1086/511308 ID - MacNeil2007 ER - TY - JOUR AU - Choisy, M. AU - Woelk, C. H. AU - Guegan, J. F. AU - Robertson, D. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparative study of adaptive molecular evolution in different human immunodeficiency virus groups and subtypes JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.4.1962-1970.2004 DO - 10.1128/JVI.78.4.1962-1970.2004 ID - Choisy2004 ER - TY - JOUR AU - Mikhail, M. AU - Wang, B. AU - Lemey, P. AU - Beckthold, B. AU - Vandamme, A. M. AU - Gill, M. J. AU - Saksena, N. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Role of viral evolutionary rate in HIV-1 disease progression in a linked cohort JO - Retrovirology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-2-41 DO - 10.1186/1742-4690-2-41 ID - Mikhail2005 ER - TY - JOUR AU - Yamaguchi, Y. AU - Gojobori, T. PY - 1997 DA - 1997// TI - Evolutionary mechanisms and population dynamics of the third variable envelope region of HIV within single hosts JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.4.1264 DO - 10.1073/pnas.94.4.1264 ID - Yamaguchi1997 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Hoffmann, F. AU - He, J. AU - He, X. AU - Kankasa, C. AU - Ruprecht, R. AU - West, J. T. AU - Orti, G. AU - Wood, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolution of subtype C HIV-1 Env in a slowly progressing Zambian infant JO - Retrovirology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-2-67 DO - 10.1186/1742-4690-2-67 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - De Jong, J. J. AU - De Ronde, A. AU - Keulen, W. AU - Tersmette, M. AU - Goudsmit, J. PY - 1992 DA - 1992// TI - Minimal requirements for the human immunodeficiency virus type 1 V3 domain to support the syncytium-inducing phenotype: analysis by single amino acid substitution JO - J Virol VL - 66 ID - De Jong1992 ER - TY - JOUR AU - Delobel, P. AU - Nugeyre, M. T. AU - Cazabat, M. AU - Pasquier, C. AU - Marchou, B. AU - Massip, P. AU - Barre-Sinoussi, F. AU - Israel, N. AU - Izopet, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Population-based sequencing of the V3 region of env for predicting the coreceptor usage of human immunodeficiency virus type 1 quasispecies JO - J Clin Microbiol VL - 45 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.02090-06 DO - 10.1128/JCM.02090-06 ID - Delobel2007 ER - TY - JOUR AU - Huang, C. C. AU - Tang, M. AU - Zhang, M. Y. AU - Majeed, S. AU - Montabana, E. AU - Stanfield, R. L. AU - Dimitrov, D. S. AU - Korber, B. AU - Sodroski, J. AU - Wilson, I. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structure of a V3-containing HIV-1 gp120 core JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1118398 DO - 10.1126/science.1118398 ID - Huang2005 ER - TY - JOUR AU - Isaka, Y. AU - Sato, A. AU - Miki, S. AU - Kawauchi, S. AU - Sakaida, H. AU - Hori, T. AU - Uchiyama, T. AU - Adachi, A. AU - Hayami, M. AU - Fujiwara, T. AU - Yoshie, O. PY - 1999 DA - 1999// TI - Small amino acid changes in the V3 loop of human immunodeficiency virus type 2 determines the coreceptor usage for CXCR4 and CCR5 JO - Virology VL - 264 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1999.0006 DO - 10.1006/viro.1999.0006 ID - Isaka1999 ER - TY - JOUR AU - Zolla-Pazner, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Improving on nature: focusing the immune response on the V3 loop JO - Hum Antibodies VL - 14 ID - Zolla-Pazner2005 ER - TY - JOUR AU - Bjorling, E. AU - Scarlatti, G. AU - von Gegerfelt, A. AU - Albert, J. AU - Biberfeld, G. AU - Chiodi, F. AU - Norrby, E. AU - Fenyo, E. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Autologous neutralizing antibodies prevail in HIV-2 but not in HIV-1 infection JO - Virology VL - 193 UR - https://doi.org/10.1006/viro.1993.1160 DO - 10.1006/viro.1993.1160 ID - Bjorling1993 ER - TY - JOUR AU - Andersson, S. PY - 2001 DA - 2001// TI - HIV-2 and the immune response JO - AIDS Reviews VL - 3 ID - Andersson2001 ER - TY - JOUR AU - Shi, Y. AU - Brandin, E. AU - Vincic, E. AU - Jansson, M. AU - Blaxhult, A. AU - Gyllensten, K. AU - Moberg, L. AU - Brostrom, C. AU - Fenyo, E. M. AU - Albert, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolution of human immunodeficiency virus type 2 coreceptor usage, autologous neutralization, envelope sequence and glycosylation JO - J Gen Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.81259-0 DO - 10.1099/vir.0.81259-0 ID - Shi2005 ER - TY - JOUR AU - Rodriguez, S. K. AU - Sarr, A. D. AU - MacNeil, A. AU - Thakore-Meloni, S. AU - Gueye-Ndiaye, A. AU - Traore, I. AU - Dia, M. C. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Comparison of heterologous neutralizing antibody responses of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)- and HIV-2-infected Senegalese patients: distinct patterns of breadth and magnitude distinguish HIV-1 and HIV-2 infections JO - J Virol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02789-06 DO - 10.1128/JVI.02789-06 ID - Rodriguez2007 ER - TY - JOUR AU - Soriano, V. AU - Gomes, P. AU - Heneine, W. AU - Holguin, A. AU - Doruana, M. AU - Antunes, R. AU - Mansinho, K. AU - Switzer, W. M. AU - Araujo, C. AU - Shanmugam, V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) in Portugal: clinical spectrum, circulating subtypes, virus isolation, and plasma viral load JO - J Med Virol VL - 61 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-W DO - 3.0.CO;2-W ID - Soriano2000 ER - TY - JOUR AU - Cavaco-Silva, P. AU - Taveira, N. C. AU - Rosado, L. AU - Lourenco, M. H. AU - Moniz-Pereira, J. AU - Douglas, N. W. AU - Daniels, R. S. AU - Santos-Ferreira, M. O. PY - 1998 DA - 1998// TI - Virological and molecular demonstration of human immunodeficiency virus type 2 vertical transmission JO - J Virol VL - 72 ID - Cavaco-Silva1998 ER - TY - BOOK AU - Sambrook, J. AU - Maniatis, T. AU - Fritsch, E. F. PY - 1989 DA - 1989// TI - Molecular cloning: a laboratory manual PB - Cold Spring Harbor Laboratory CY - Cold Spring Harbor, N.Y. ID - Sambrook1989 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Plewniak, F. AU - Jeanmougin, F. AU - Higgins, D. G. PY - 1997 DA - 1997// TI - The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.24.4876 DO - 10.1093/nar/25.24.4876 ID - Thompson1997 ER - TY - CHAP AU - Nicholas, K. B. AU - Nicholas Hugh, B. PY - 1997 DA - 1997// BT - GeneDoc: a tool for editing and annotating multiple sequence alignments. Distributed by the author ID - Nicholas1997 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Dudley, J. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm092 DO - 10.1093/molbev/msm092 ID - Tamura2007 ER - TY - JOUR AU - Felsenstein, J. PY - 1981 DA - 1981// TI - Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach JO - J Mol Evol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1007/BF01734359 DO - 10.1007/BF01734359 ID - Felsenstein1981 ER - TY - JOUR AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - MODELTEST: testing the model of DNA substitution JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.817 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.817 ID - Posada1998 ER - TY - CHAP AU - Swofford, D. L. PY - 1998 DA - 1998// BT - PAUP*. Phylogenetic Analysis using Parsimony (*and other Methods). Version 4. PB - Sinauer-Associates CY - Sunderland, Massachusetts ID - Swofford1998 ER - TY - JOUR AU - Felsenstein, J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap JO - Evolution VL - 39 UR - https://doi.org/10.2307/2408678 DO - 10.2307/2408678 ID - Felsenstein1985 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Bailes, E. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Guffey, M. B. AU - Keele, B. F. AU - Derdeyn, C. A. AU - Farmer, P. AU - Hunter, E. AU - Allen, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deciphering human immunodeficiency virus type 1 transmission and early envelope diversification by single-genome amplification and sequencing JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02660-07 DO - 10.1128/JVI.02660-07 ID - Salazar-Gonzalez2008 ER - TY - STD TI - Branchlength Calculator. [http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/BRANCHLENGTH/branchlength.html] UR - http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/BRANCHLENGTH/branchlength.html ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Pond, S. L. AU - Frost, S. D. AU - Muse, S. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - HyPhy: hypothesis testing using phylogenies JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti079 DO - 10.1093/bioinformatics/bti079 ID - Pond2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, M. AU - Gaschen, B. AU - Blay, W. AU - Foley, B. AU - Haigwood, N. AU - Kuiken, C. AU - Korber, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Tracking global patterns of N-linked glycosylation site variation in highly variable viral glycoproteins: HIV, SIV, and HCV envelopes and influenza hemagglutinin JO - Glycobiology VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/glycob/cwh106 DO - 10.1093/glycob/cwh106 ID - Zhang2004 ER - TY - JOUR AU - Korber, B. T. AU - Kunstman, K. J. AU - Patterson, B. K. AU - Furtado, M. AU - McEvilly, M. M. AU - Levy, R. AU - Wolinsky, S. M. PY - 1994 DA - 1994// TI - Genetic differences between blood- and brain-derived viral sequences from human immunodeficiency virus type 1-infected patients: evidence of conserved elements in the V3 region of the envelope protein of brain-derived sequences JO - J Virol VL - 68 ID - Korber1994 ER - TY - JOUR AU - Marcelino, J. M. AU - Barroso, H. AU - Goncalves, F. AU - Silva, S. M. AU - Novo, C. AU - Gomes, P. AU - Camacho, R. AU - Taveira, N. PY - 2006 DA - 2006// TI - Use of a new dual-antigen enzyme-linked immunosorbent assay to detect and characterize the human antibody response to the human immunodeficiency virus type 2 envelope gp125 and gp36 glycoproteins JO - J Clin Microbiol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1128/JCM.44.2.607-611.2006 DO - 10.1128/JCM.44.2.607-611.2006 ID - Marcelino2006 ER - TY - JOUR AU - Botarelli, P. AU - Houlden, B. A. AU - Haigwood, N. L. AU - Servis, C. AU - Montagna, D. AU - Abrignani, S. PY - 1991 DA - 1991// TI - N-glycosylation of HIV-gp120 may constrain recognition by T lymphocytes JO - J Immunol VL - 147 ID - Botarelli1991 ER - TY - JOUR AU - Clevestig, P. AU - Pramanik, L. AU - Leitner, T. AU - Ehrnst, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - CCR5 use by human immunodeficiency virus type 1 is associated closely with the gp120 V3 loop N-linked glycosylation site JO - J Gen Virol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.81510-0 DO - 10.1099/vir.0.81510-0 ID - Clevestig2006 ER - TY - JOUR AU - Pollakis, G. AU - Kang, S. AU - Kliphuis, A. AU - Chalaby, M. I. AU - Goudsmit, J. AU - Paxton, W. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - N-linked glycosylation of the HIV type-1 gp120 envelope glycoprotein as a major determinant of CCR5 and CXCR4 coreceptor utilization JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M009779200 DO - 10.1074/jbc.M009779200 ID - Pollakis2001 ER - TY - JOUR AU - Polzer, S. AU - Dittmar, M. T. AU - Schmitz, H. AU - Schreiber, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The N-linked glycan g15 within the V3 loop of the HIV-1 external glycoprotein gp120 affects coreceptor usage, cellular tropism, and neutralization JO - Virology VL - 304 UR - https://doi.org/10.1006/viro.2002.1760 DO - 10.1006/viro.2002.1760 ID - Polzer2002 ER - TY - JOUR AU - Joos, B. AU - Fischer, M. AU - Schweizer, A. AU - Kuster, H. AU - Boni, J. AU - Wong, J. K. AU - Weber, R. AU - Trkola, A. AU - Gunthard, H. F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Positive in vivo selection of the HIV-1 envelope protein gp120 occurs at surface-exposed regions JO - J Infect Dis VL - 196 UR - https://doi.org/10.1086/518935 DO - 10.1086/518935 ID - Joos2007 ER - TY - JOUR AU - Barroso, H. AU - Araujo, F. AU - Gomes, M. H. AU - Mota-Miranda, A. AU - Taveira, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phylogenetic demonstration of two cases of perinatal human immunodeficiency virus type 2 infection diagnosed in adulthood JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 20 UR - https://doi.org/10.1089/aid.2004.20.1373 DO - 10.1089/aid.2004.20.1373 ID - Barroso2004 ER - TY - JOUR AU - Rambaut, A. AU - Posada, D. AU - Crandall, K. A. AU - Holmes, E. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - The causes and consequences of HIV evolution JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1246 DO - 10.1038/nrg1246 ID - Rambaut2004 ER - TY - JOUR AU - Gomes, P. AU - Taveira, N. C. AU - Pereira, J. M. AU - Antunes, F. AU - Ferreira, M. O. AU - Lourenco, M. H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Quantitation of human immunodeficiency virus type 2 DNA in peripheral blood mononuclear cells by using a quantitative-competitive PCR assay JO - J Clin Microbiol VL - 37 ID - Gomes1999 ER - TY - JOUR AU - Jobe, O. AU - Ariyoshi, K. AU - Marchant, A. AU - Sabally, S. AU - Corrah, T. AU - Berry, N. AU - Jaffar, S. AU - Whittle, H. PY - 1999 DA - 1999// TI - Proviral load and immune function in blood and lymph node during HIV-1 and HIV-2 infection JO - Clin Exp Immunol VL - 116 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2249.1999.00914.x DO - 10.1046/j.1365-2249.1999.00914.x ID - Jobe1999 ER - TY - JOUR AU - Parreira, R. AU - Esteves, A. AU - Santos, C. AU - Piedade, J. AU - Venenno, T. AU - Canas-Ferreira, W. F. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genetic variability of human immunodeficiency virus type 2 C2V3 region within and between individuals from Bissau, Guinea-Bissau, West Africa JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/08892220050117069 DO - 10.1089/08892220050117069 ID - Parreira2000 ER - TY - JOUR AU - Yamaguchi-Kabata, Y. AU - Gojobori, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - Reevaluation of amino acid variability of the human immunodeficiency virus type 1 gp120 envelope glycoprotein and prediction of new discontinuous epitopes JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.9.4335-4350.2000 DO - 10.1128/JVI.74.9.4335-4350.2000 ID - Yamaguchi-Kabata2000 ER - TY - JOUR AU - Yang, W. AU - Bielawski, J. P. AU - Yang, Z. PY - 2003 DA - 2003// TI - Widespread adaptive evolution in the human immunodeficiency virus type 1 genome JO - J Mol Evol VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-003-2467-9 DO - 10.1007/s00239-003-2467-9 ID - Yang2003 ER - TY - JOUR AU - Lemey, P. AU - Kosakovsky Pond, S. L. AU - Drummond, A. J. AU - Pybus, O. G. AU - Shapiro, B. AU - Barroso, H. AU - Taveira, N. AU - Rambaut, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Synonymous substitution rates predict HIV disease progression as a result of underlying replication dynamics JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030029 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030029 ID - Lemey2007 ER - TY - JOUR AU - Ross, H. A. AU - Rodrigo, A. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Immune-mediated positive selection drives human immunodeficiency virus type 1 molecular variation and predicts disease duration JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.22.11715-11720.2002 DO - 10.1128/JVI.76.22.11715-11720.2002 ID - Ross2002 ER - TY - STD TI - Korber M BT, Brander C, Haynes BF, Koup R, Moore JP, Walker BD, Watkins DI: HIV Molecular Immunology 2006/2007. Los Alamos National Laboratory, Theoretical Biology and Biophysics, Los Alamos, New Mexico. LA-UR 07-4752. ID - ref68 ER - TY - JOUR AU - Scanlan, C. N. AU - Offer, J. AU - Zitzmann, N. AU - Dwek, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Exploiting the defensive sugars of HIV-1 for drug and vaccine design JO - Nature VL - 446 UR - https://doi.org/10.1038/nature05818 DO - 10.1038/nature05818 ID - Scanlan2007 ER - TY - JOUR AU - Fischer, P. B. AU - Karlsson, G. B. AU - Butters, T. D. AU - Dwek, R. A. AU - Platt, F. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - N-butyldeoxynojirimycin-mediated inhibition of human immunodeficiency virus entry correlates with changes in antibody recognition of the V1/V2 region of gp120 JO - J Virol VL - 70 ID - Fischer1996 ER - TY - JOUR AU - Poon, A. F. AU - Lewis, F. I. AU - Pond, S. L. AU - Frost, S. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary interactions between N-linked glycosylation sites in the HIV-1 envelope JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030011 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030011 ID - Poon2007 ER - TY - JOUR AU - Grenfell, B. T. AU - Pybus, O. G. AU - Gog, J. R. AU - Wood, J. L. AU - Daly, J. M. AU - Mumford, J. A. AU - Holmes, E. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Unifying the epidemiological and evolutionary dynamics of pathogens JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090727 DO - 10.1126/science.1090727 ID - Grenfell2004 ER - TY - JOUR AU - Zolla-Pazner, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Identifying epitopes of HIV-1 that induce protective antibodies JO - Nat Rev Immunol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nri1307 DO - 10.1038/nri1307 ID - Zolla-Pazner2004 ER - TY - JOUR AU - Richman, D. D. AU - Wrin, T. AU - Little, S. J. AU - Petropoulos, C. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Rapid evolution of the neutralizing antibody response to HIV type 1 infection JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0630530100 DO - 10.1073/pnas.0630530100 ID - Richman2003 ER - TY - JOUR AU - Frost, S. D. AU - Wrin, T. AU - Smith, D. M. AU - Kosakovsky Pond, S. L. AU - Liu, Y. AU - Paxinos, E. AU - Chappey, C. AU - Galovich, J. AU - Beauchaine, J. AU - Petropoulos, C. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Neutralizing antibody responses drive the evolution of human immunodeficiency virus type 1 envelope during recent HIV infection JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504658102 DO - 10.1073/pnas.0504658102 ID - Frost2005 ER - TY - JOUR AU - Moore, P. L. AU - Gray, E. S. AU - Choge, I. A. AU - Ranchobe, N. AU - Mlisana, K. AU - Abdool Karim, S. S. AU - Williamson, C. AU - Morris, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - The c3-v4 region is a major target of autologous neutralizing antibodies in human immunodeficiency virus type 1 subtype C infection JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02187-07 DO - 10.1128/JVI.02187-07 ID - Moore2008 ER - TY - JOUR AU - Williamson, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Adaptation in the env gene of HIV-1 and evolutionary theories of disease progression JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg144 DO - 10.1093/molbev/msg144 ID - Williamson2003 ER - TY - JOUR AU - Marchant, D. AU - Neil, S. J. AU - McKnight, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human immunodeficiency virus types 1 and 2 have different replication kinetics in human primary macrophage culture JO - J Gen Virol VL - 87 UR - https://doi.org/10.1099/vir.0.81391-0 DO - 10.1099/vir.0.81391-0 ID - Marchant2006 ER - TY - JOUR AU - Lizeng, Q. AU - Skott, P. AU - Sourial, S. AU - Nilsson, C. AU - Andersson, S. S. AU - Ehnlund, M. AU - Taveira, N. AU - Bjorling, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Serum immunoglobulin A (IgA)-mediated immunity in human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) infection JO - Virology VL - 308 UR - https://doi.org/10.1016/S0042-6822(02)00088-0 DO - 10.1016/S0042-6822(02)00088-0 ID - Lizeng2003 ER - TY - JOUR AU - Chackerian, B. AU - Rudensey, L. M. AU - Overbaugh, J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Specific N-linked and O-linked glycosylation modifications in the envelope V1 domain of simian immunodeficiency virus variants that evolve in the host alter recognition by neutralizing antibodies JO - J Virol VL - 71 ID - Chackerian1997 ER - TY - JOUR AU - Wei, X. AU - Decker, J. M. AU - Wang, S. AU - Hui, H. AU - Kappes, J. C. AU - Wu, X. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Kilby, J. M. AU - Saag, M. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Antibody neutralization and escape by HIV-1 JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01470 DO - 10.1038/nature01470 ID - Wei2003 ER - TY - JOUR AU - Sagar, M. AU - Wu, X. AU - Lee, S. AU - Overbaugh, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human immunodeficiency virus type 1 V1-V2 envelope loop sequences expand and add glycosylation sites over the course of infection, and these modifications affect antibody neutralization sensitivity JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00141-06 DO - 10.1128/JVI.00141-06 ID - Sagar2006 ER -