|  | Weeks after challenge with SIVmac055 | ||||||||||
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Macaque | gene | 1 | 2 | 6 | 7 | 10 | 29 | 33 | 37 | 41 | 45 | 41a |
1494 | pol | 239 | 239 | 055 | 055 | 239 | 239 | 239 | 239 | 239 | 239 | 239 |
 | nef | Δnef | Δnef | wt | wt | wt | wt | wt | wt | wt | wt | wt |
1512 | pol | Â | 239 | Â | Â | 055 | 055 | 055 | 055 | 055 | 055 | Â |
 | nef |  | Δnef |  |  | wt | wt | wt | wt | wt | wt |  |
1488 | pol | 239 | 239 | Â | Â | Â | Â | 239 | Â | Â | Â | Â |
 | nef | Δnef | Δnef |  |  |  |  | Δnef |  |  |  |  |
1514 | pol | 239 | Â | Â | Â | 239 | Â | 239 | Â | Â | Â | Â |
 | nef | Δnef |  |  |  | Δnef |  | Δnef |  |  |  |  |