Skip to main content

Advertisement

Springer Nature is making SARS-CoV-2 and COVID-19 research free. View research | View latest news | Sign up for updates

Table 3 Percent of nucleotide identities between the 17 new Macaca tonkeana sequences and 6 other published prototypic FVs sequences from macaques. The comparison was based on a fragment of 425 bp of the SFV integrase. We showed the 6 different groups of SFV strains (A to F) characterized in this study.

From: Modes of transmission and genetic diversity of foamy viruses in a Macaca tonkeanacolony

  A B D E C F       
  MtoTQ3 MtoTD3 MtoT1 MtoTG2 MtoTG3 MtoT4 MtoT7 MtoTF2 MtoZ10 MtoT2 MtoTI4 MtoT5 MtoTK3 MtoT6 MtoTG1 MtoTM3 MtoTD1 MmuSFV Mac Mmu SFV1b Msi Sophie Mne PT310 Pne 50057 MarHeb
MtoTQ3 100 100 100 99,76 99,76 91,43 91,19 91,19 89,76 89,76 85,24 85,24 85,24 85,24 85,24 85 90,11 89,76 88,33 88,70 90,58 90,11 95,76
MtoTD3 100 100 100 99,76 99,76 91,43 91,19 91,19 89,76 89,76 85,24 85,24 85,24 85,24 85,24 85 90,11 89,76 88,33 88,70 90,58 90,11 95,76
MtoT1 100 100 100 99,76 99,76 91,43 91,19 91,19 89,76 89,76 85,24 85,24 85,24 85,24 85,24 85 90,11 89,76 88,33 88,70 90,58 90,11 95,76
MtoTG2 99,76 99,76 99,76 100 99,52 91,19 90,95 90,95 89,52 89,52 85 85 85 85 85 84,76 89,98 89,52 88,1 88,47 90,35 89,88 95,52
MtoTG3 99,76 99,76 99,76 99,52 100 91,19 90,95 90,95 89,52 89,52 85 85 85 85 85 84,76 89,98 89,52 88,1 88,47 90,35 89,88 95,52
MtoT4 91,43 91,43 91,43 91,19 91,19 100 99,76 99,76 94,52 92,14 85,24 85,24 85,24 85,24 85,24 85 91,52 91,9 91,19 90,58 95,76 91,05 91,76
MtoT7 91,19 91,19 91,19 90,95 90,95 99,76 100 99,52 94,29 91,9 85 85 85 85 85 84,76 88,47 91,67 90,95 90,35 91,76 88,94 89,41
MtoTF2 91,19 91,19 91,19 90,95 90,95 99,76 99,52 100 94.29 92,38 85 85 85 85 S5 84,76 91,29 91,67 90,95 90,35 95,52 90,82 91,52
MtoZ10 89,76 89,76 89,76 89,52 89,52 94,52 94,29 94,29 100 91,19 84,29 84,29 84,29 84.29 84,29 84,52 90,35 91,67 90,24 91,29 94,35 90,58 90,11
MtoT2 89,76 89,76 89,76 89,52 89,52 92,14 91,9 92.38 91,19 100 82,86 82,86 82,86 82,86 82,86 82,62 92,23 93,57 89,29 88,47 91,29 92,94 89,41
MtoTI4 85,24 85,24 85,24 85 85 85,24 85 85 84,29 82,86 100 100 100 100 100 99,76 83,76 84,05 85,71 88,47 84,70 83,76 83,52
MtoT5 85,24 85,24 85,24 85 85 85,24 85 85 84,29 82,86 100 100 100 100 100 99,76 83,76 84,05 85,71 88,47 84,70 83,76 83,52
MtoTK3 85,24 85,24 85,24 85 85 85,24 85 85 84,29 82,86 100 100 100 100 100 99,76 83,76 84,05 85,71 88,47 84,70 83,76 83,52
MtoT6 85,24 85,24 85,24 85 85 85,24 85 85 84,29 82,86 100 100 100 100 100 99,76 83,76 84,05 85,71 88,47 84,70 83,76 83,52
MtoTG1 85,24 85,24 85,24 85 85 85,24 85 85 84,29 82,86 100 100 100 100 100 99,76 83,76 84,05 85,71 88,47 84,70 83,76 83,52
MtoTM3 85 85 85 84,76 84,76 85 84,76 84,76 84,52 82,62 99,76 99,76 99,76 99,76 99,76 100 83,52 83,81 85,48 82,35 84,47 83,52 83,29
MtoTD1 90,11 90,11 90,11 89,98 89,98 91,52 88,47 91,29 90,35 92,23 83,76 83,76 83,76 83,76 83,76 83,52 100 92,7 89,6 88 90,58 91,05 89,17
MmuSFVMac 89,76 89,76 89,76 89,52 89,52 91,9 91,67 91.67 91,67 93,57 84,05 84,05 84,05 84,05 84,05 83,81 92,7 100 88,57 88,94 91,76 92,23 89,88
MmuSFV1b 88,33 88,33 88,33 88,1 88,1 91,19 90,95 90,95 90,24 89,29 85,71 85,71 85,71 85,71 85,71 85,48 89,6 88,57 100 88,47 90,82 88,94 87,76
Msi Sophie 88,70 88,70 88,70 88,47 88,47 90,58 90,35 90,35 91,29 88,47 88,47 88,47 88,47 88,47 88,47 82,35 88 88,94 88,47 100 91,29 88,47 88,94
MnePT310 90,58 90,58 90,58 90,35 90,35 95,76 91,76 95.52 94,35 91,29 84,70 84,70 84,70 84,70 84,70 84,47 90,58 91,76 90,82 91,29 100 90,82 91,52
Pne50057 90,11 90,11 90,11 89,88 89,88 91,05 88,94 90,82 90,58 92,94 83,76 83,76 83,76 83,76 83,76 83,52 91,05 92,23 88,94 88,47 90,82 100 89,17
MarHeb 95,76 95,76 95,76 95,52 95,52 91,76 89,41 91,52 90,11 89,41 83,52 83,52 83,52 83,52 83,52 83,29 89,17 89,88 87,76 88,94 91,52 89,17 100