Modes of transmission and genetic diversity of foamy viruses in a Macaca tonkeanacolony

Calattini, Sara; Wanert, Fanélie; Thierry, Bernard; Schmitt, Christine; Bassot, Sylviane; Saib, Ali; Herrenschmidt, Nicolas; Gessain, Antoine

doi:10.1186/1742-4690-3-23

Retrovirology

Table 3 Percent of nucleotide identities between the 17 new Macaca tonkeana sequences and 6 other published prototypic FVs sequences from macaques. The comparison was based on a fragment of 425 bp of the SFV integrase. We showed the 6 different groups of SFV strains (A to F) characterized in this study.

From: Modes of transmission and genetic diversity of foamy viruses in a Macaca tonkeanacolony

	A					B			D	E	C						F
	MtoTQ3	MtoTD3	MtoT1	MtoTG2	MtoTG3	MtoT4	MtoT7	MtoTF2	MtoZ10	MtoT2	MtoTI4	MtoT5	MtoTK3	MtoT6	MtoTG1	MtoTM3	MtoTD1	MmuSFV Mac	Mmu SFV1b	Msi Sophie	Mne PT310	Pne 50057	MarHeb
MtoTQ3	100	100	100	99,76	99,76	91,43	91,19	91,19	89,76	89,76	85,24	85,24	85,24	85,24	85,24	85	90,11	89,76	88,33	88,70	90,58	90,11	95,76
MtoTD3	100	100	100	99,76	99,76	91,43	91,19	91,19	89,76	89,76	85,24	85,24	85,24	85,24	85,24	85	90,11	89,76	88,33	88,70	90,58	90,11	95,76
MtoT1	100	100	100	99,76	99,76	91,43	91,19	91,19	89,76	89,76	85,24	85,24	85,24	85,24	85,24	85	90,11	89,76	88,33	88,70	90,58	90,11	95,76
MtoTG2	99,76	99,76	99,76	100	99,52	91,19	90,95	90,95	89,52	89,52	85	85	85	85	85	84,76	89,98	89,52	88,1	88,47	90,35	89,88	95,52
MtoTG3	99,76	99,76	99,76	99,52	100	91,19	90,95	90,95	89,52	89,52	85	85	85	85	85	84,76	89,98	89,52	88,1	88,47	90,35	89,88	95,52
MtoT4	91,43	91,43	91,43	91,19	91,19	100	99,76	99,76	94,52	92,14	85,24	85,24	85,24	85,24	85,24	85	91,52	91,9	91,19	90,58	95,76	91,05	91,76
MtoT7	91,19	91,19	91,19	90,95	90,95	99,76	100	99,52	94,29	91,9	85	85	85	85	85	84,76	88,47	91,67	90,95	90,35	91,76	88,94	89,41
MtoTF2	91,19	91,19	91,19	90,95	90,95	99,76	99,52	100	94.29	92,38	85	85	85	85	S5	84,76	91,29	91,67	90,95	90,35	95,52	90,82	91,52
MtoZ10	89,76	89,76	89,76	89,52	89,52	94,52	94,29	94,29	100	91,19	84,29	84,29	84,29	84.29	84,29	84,52	90,35	91,67	90,24	91,29	94,35	90,58	90,11
MtoT2	89,76	89,76	89,76	89,52	89,52	92,14	91,9	92.38	91,19	100	82,86	82,86	82,86	82,86	82,86	82,62	92,23	93,57	89,29	88,47	91,29	92,94	89,41
MtoTI4	85,24	85,24	85,24	85	85	85,24	85	85	84,29	82,86	100	100	100	100	100	99,76	83,76	84,05	85,71	88,47	84,70	83,76	83,52
MtoT5	85,24	85,24	85,24	85	85	85,24	85	85	84,29	82,86	100	100	100	100	100	99,76	83,76	84,05	85,71	88,47	84,70	83,76	83,52
MtoTK3	85,24	85,24	85,24	85	85	85,24	85	85	84,29	82,86	100	100	100	100	100	99,76	83,76	84,05	85,71	88,47	84,70	83,76	83,52
MtoT6	85,24	85,24	85,24	85	85	85,24	85	85	84,29	82,86	100	100	100	100	100	99,76	83,76	84,05	85,71	88,47	84,70	83,76	83,52
MtoTG1	85,24	85,24	85,24	85	85	85,24	85	85	84,29	82,86	100	100	100	100	100	99,76	83,76	84,05	85,71	88,47	84,70	83,76	83,52
MtoTM3	85	85	85	84,76	84,76	85	84,76	84,76	84,52	82,62	99,76	99,76	99,76	99,76	99,76	100	83,52	83,81	85,48	82,35	84,47	83,52	83,29
MtoTD1	90,11	90,11	90,11	89,98	89,98	91,52	88,47	91,29	90,35	92,23	83,76	83,76	83,76	83,76	83,76	83,52	100	92,7	89,6	88	90,58	91,05	89,17
MmuSFVMac	89,76	89,76	89,76	89,52	89,52	91,9	91,67	91.67	91,67	93,57	84,05	84,05	84,05	84,05	84,05	83,81	92,7	100	88,57	88,94	91,76	92,23	89,88
MmuSFV1b	88,33	88,33	88,33	88,1	88,1	91,19	90,95	90,95	90,24	89,29	85,71	85,71	85,71	85,71	85,71	85,48	89,6	88,57	100	88,47	90,82	88,94	87,76
Msi Sophie	88,70	88,70	88,70	88,47	88,47	90,58	90,35	90,35	91,29	88,47	88,47	88,47	88,47	88,47	88,47	82,35	88	88,94	88,47	100	91,29	88,47	88,94
MnePT310	90,58	90,58	90,58	90,35	90,35	95,76	91,76	95.52	94,35	91,29	84,70	84,70	84,70	84,70	84,70	84,47	90,58	91,76	90,82	91,29	100	90,82	91,52
Pne50057	90,11	90,11	90,11	89,88	89,88	91,05	88,94	90,82	90,58	92,94	83,76	83,76	83,76	83,76	83,76	83,52	91,05	92,23	88,94	88,47	90,82	100	89,17
MarHeb	95,76	95,76	95,76	95,52	95,52	91,76	89,41	91,52	90,11	89,41	83,52	83,52	83,52	83,52	83,52	83,29	89,17	89,88	87,76	88,94	91,52	89,17	100

Back to article page

ISSN: 1742-4690

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com