TY - JOUR AU - Boutwell, C. L. AU - Rolland, M. M. AU - Herbeck, J. T. AU - Mullins, J. I. AU - Allen, T. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Viral evolution and escape during acute HIV-1 infection JO - J Infect Dis VL - 202 UR - https://doi.org/10.1086/655653 DO - 10.1086/655653 ID - Boutwell2010 ER - TY - JOUR AU - Hill, A. L. AU - Rosenbloom, D. I. AU - Nowak, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolutionary dynamics of HIV at multiple spatial and temporal scales JO - J Mol Med VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/s00109-012-0892-1 DO - 10.1007/s00109-012-0892-1 ID - Hill2012 ER - TY - JOUR AU - Little, S. J. AU - McLean, A. R. AU - Spina, C. A. AU - Richman, D. D. AU - Havlir, D. V. PY - 1999 DA - 1999// TI - Viral dynamics of acute HIV-1 infection JO - J Exp Med VL - 190 UR - https://doi.org/10.1084/jem.190.6.841 DO - 10.1084/jem.190.6.841 ID - Little1999 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Bailes, E. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Guffey, M. B. AU - Keele, B. F. AU - Derdeyn, C. A. AU - Farmer, P. AU - Hunter, E. AU - Allen, S. AU - Manigart, O. AU - Mulenga, J. AU - Anderson, J. A. AU - Swanstrom, R. AU - Haynes, B. F. AU - Athreya, G. S. AU - Korber, B. T. AU - Sharp, P. M. AU - Shaw, G. M. AU - Hahn, B. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deciphering human immunodeficiency virus type 1 transmission and early envelope diversification by single-genome amplification and sequencing JO - J Virol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02660-07 DO - 10.1128/JVI.02660-07 ID - Salazar-Gonzalez2008 ER - TY - JOUR AU - McMichael, A. J. AU - Borrow, P. AU - Tomaras, G. D. AU - Goonetilleke, N. AU - Haynes, B. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - The immune response during acute HIV-1 infection: clues for vaccine development JO - Nat Rev Immunol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nri2674 DO - 10.1038/nri2674 ID - McMichael2009 ER - TY - JOUR AU - Song, H. AU - Pavlicek, J. W. AU - Cai, F. AU - Bhattacharya, T. AU - Li, H. AU - Iyer, S. S. AU - Bar, K. J. AU - Decker, J. M. AU - Goonetilleke, N. AU - Liu, M. K. AU - Berg, A. AU - Hora, B. AU - Drinker, M. S. AU - Eudailey, J. AU - Pickeral, J. AU - Moody, M. A. AU - Ferrari, G. AU - McMichael, A. AU - Perelson, A. S. AU - Shaw, G. M. AU - Hahn, B. H. AU - Haynes, B. F. AU - Gao, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Impact of immune escape mutations on HIV-1 fitness in the context of the cognate transmitted/founder genome JO - Retrovirology VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-9-89 DO - 10.1186/1742-4690-9-89 ID - Song2012 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Keele, B. F. AU - Learn, G. H. AU - Giorgi, E. E. AU - Li, H. AU - Decker, J. M. AU - Wang, S. AU - Baalwa, J. AU - Kraus, M. H. AU - Parrish, N. F. AU - Shaw, K. S. AU - Guffey, M. B. AU - Bar, K. J. AU - Davis, K. L. AU - Ochsenbauer-Jambor, C. AU - Kappes, J. C. AU - Saag, M. S. AU - Cohen, M. S. AU - Mulenga, J. AU - Derdeyn, C. A. AU - Allen, S. AU - Hunter, E. AU - Markowitz, M. AU - Hraber, P. AU - Perelson, A. S. AU - Bhattacharya, T. AU - Haynes, B. F. AU - Korber, B. T. AU - Hahn, B. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic identity, biological phenotype, and evolutionary pathways of transmitted/founder viruses in acute and early hiv-1 infection JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20090378 DO - 10.1084/jem.20090378 ID - Salazar-Gonzalez2009 ER - TY - JOUR AU - Fiebig, E. W. AU - Wright, D. J. AU - Rawal, B. D. AU - Garrett, P. E. AU - Schumacher, R. T. AU - Peddada, L. AU - Heldebrant, C. AU - Smith, R. AU - Conrad, A. AU - Kleinman, S. H. AU - Busch, M. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Dynamics of HIV viremia and antibody seroconversion in plasma donors: implications for diagnosis and staging of primary HIV infection JO - Aids VL - 13 UR - https://doi.org/10.1097/00002030-200309050-00005 DO - 10.1097/00002030-200309050-00005 ID - Fiebig2003 ER - TY - JOUR AU - Goonetilleke, N. AU - Liu, M. K. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Ferrari, G. AU - Giorgi, E. AU - Ganusov, V. V. AU - Keele, B. F. AU - Learn, G. H. AU - Turnbull, E. L. AU - Salazar, M. G. AU - Weinhold, K. J. AU - Moore, S. AU - CHAVI Clinical Core, B. AU - Letvin, N. AU - Haynes, B. F. AU - Cohen, M. S. AU - Hraber, P. AU - Bhattacharya, T. AU - Borrow, P. AU - Perelson, A. S. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. AU - Korber, B. T. AU - McMichael, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The first T cell response to transmitted/founder virus contributes to the control of acute viremia in HIV-1 infection JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20090365 DO - 10.1084/jem.20090365 ID - Goonetilleke2009 ER - TY - JOUR AU - Mansky, L. M. AU - Temin, H. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Lower in vivo mutation rate of human immunodeficiency virus type 1 than that predicted from the fidelity of purified reverse transcriptase JO - J Virol VL - 69 ID - Mansky1995 ER - TY - JOUR AU - Henn, M. R. AU - Boutwell, C. L. AU - Charlebois, P. AU - Lennon, N. J. AU - Power, K. A. AU - Macalalad, A. R. AU - Berlin, A. M. AU - Malboeuf, C. M. AU - Ryan, E. M. AU - Gnerre, S. AU - Zody, M. C. AU - Erlich, R. L. AU - Green, L. M. AU - Berical, A. AU - Wang, Y. AU - Casali, M. AU - Streeck, H. AU - Bloom, A. K. AU - Dudek, T. AU - Tully, D. AU - Newman, R. AU - Axten, K. L. AU - Gladden, A. D. AU - Battis, L. AU - Kemper, M. AU - Zeng, Q. AU - Shea, T. P. AU - Gujja, S. AU - Zedlack, C. AU - Gasser, O. PY - 2012 DA - 2012// TI - Whole genome deep sequencing of HIV-1 reveals the impact of early minor variants upon immune recognition during acute infection JO - PLoS Pathog VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002529 DO - 10.1371/journal.ppat.1002529 ID - Henn2012 ER - TY - JOUR AU - Ganusov, V. V. AU - de Boer, R. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Estimating costs and benefits of CTL escape mutations in SIV/HIV, infection JO - PLoS Comput Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020024 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020024 ID - Ganusov2006 ER - TY - JOUR AU - Kadolsky, U. D. AU - Asquith, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Quantifying the impact of human immunodeficiency virus-1 escape from cytotoxic t-lymphocytes JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000981 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000981 ID - Kadolsky2010 ER - TY - JOUR AU - Althaus, C. L. AU - de Boer, R. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamics of immune escape during HIV/SIV infection JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000103 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000103 ID - Althaus2008 ER - TY - JOUR AU - Ganusov, V. V. AU - Goonetilleke, N. AU - Liu, M. K. AU - Ferrari, G. AU - Shaw, G. M. AU - McMichael, A. J. AU - Borrow, P. AU - Korber, B. T. AU - Perelson, A. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fitness costs and diversity of the cytotoxic T lymphocyte (CTL) response determine the rate of CTL escape during acute and chronic phases of HIV infection JO - J Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00655-11 DO - 10.1128/JVI.00655-11 ID - Ganusov2011 ER - TY - JOUR AU - van Deutekom, H. W. M. AU - Wijnker, G. AU - de Boer, R. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - The rate of immune escape vanishes when multiple immune responses control a HIV infection JO - J Immunol VL - 191 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1300962 DO - 10.4049/jimmunol.1300962 ID - van Deutekom2013 ER - TY - JOUR AU - Ganusov, V. V. AU - Neher, R. A. AU - Perelson, A. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mathematical modeling of escape of HIV from cytotoxic T lymphocyte responses JO - J Stat Mech Theor Exp VL - 2013 UR - https://doi.org/10.1088/1742-5468/2013/01/P01010 DO - 10.1088/1742-5468/2013/01/P01010 ID - Ganusov2013 ER - TY - JOUR AU - Liu, M. K. AU - Hawkins, N. AU - Ritchie, A. J. AU - Ganusov, V. V. AU - Whale, V. AU - Brackenridge, S. AU - Li, H. AU - Pavlicek, J. W. AU - Cai, F. AU - Rose-Abrahams, M. AU - Treurnicht, F. AU - Hraber, P. AU - Riou, C. AU - Gray, C. AU - Ferrari, G. AU - Tanner, R. AU - Ping, L. H. AU - Anderson, J. A. AU - Swanstrom, R. AU - CHAVI Core, B. AU - Cohen, M. AU - Karim, S. S. AU - Haynes, B. AU - Borrow, P. AU - Perelson, A. S. AU - Shaw, G. M. AU - Hahn, B. H. AU - Williamson, C. AU - Korber, B. T. AU - Gao, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Vertical T cell immunodominance and epitope entropy determine HIV-1 escape JO - J Clin Invest VL - 123 ID - Liu2013 ER - TY - JOUR AU - Malim, M. H. AU - Emerman, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Hiv-1 sequence variation: Drift, shift, and attenuation JO - Cell VL - 104 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00234-3 DO - 10.1016/S0092-8674(01)00234-3 ID - Malim2001 ER - TY - JOUR AU - Lee, H. Y. AU - Perelson, A. S. AU - Park, S. -. C. AU - Leitner, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamic correlation between intrahost HIV-1 quasispecies evolution and disease progression JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000240 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000240 ID - Lee2008 ER - TY - JOUR AU - da Silva, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The dynamics of HIV-1 adaptation in early infection JO - Genetics VL - 190 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.111.136366 DO - 10.1534/genetics.111.136366 ID - da Silva2012 ER - TY - JOUR AU - Marée, A. F. AU - Keulen, W. AU - Boucher, C. A. AU - de Boer, R. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Estimating relative fitness in viral competition experiments JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.23.11067-11072.2000 DO - 10.1128/JVI.74.23.11067-11072.2000 ID - Marée2000 ER - TY - JOUR AU - Leviyang, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Computational inference methods for selective sweeps arising in acute HIV, infection JO - Genetics VL - 194 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.113.150862 DO - 10.1534/genetics.113.150862 ID - Leviyang2013 ER - TY - JOUR AU - Gray, R. R. AU - Salemi, M. AU - Lowe, A. AU - Nakamura, K. J. AU - Decker, W. D. AU - Sinkala, M. AU - Kankasa, C. AU - Mulligan, C. J. AU - Thea, D. M. AU - Kuhn, L. AU - Aldrovandi, G. AU - Goodenow, M. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Multiple independent lineages of hiv-1 persist in breast milk and plasma JO - AIDS VL - 25 UR - https://doi.org/10.1097/QAD.0b013e328340fdaf DO - 10.1097/QAD.0b013e328340fdaf ID - Gray2011 ER - TY - JOUR AU - Feeney, M. E. AU - Tang, Y. AU - Pfafferott, K. AU - Roosevelt, K. A. AU - Draenert, R. AU - Trocha, A. AU - Yu, X. G. AU - Verrill, C. AU - Allen, T. AU - Moore, C. AU - Mallal, S. AU - Burchett, S. AU - McIntosh, K. AU - Pelton, S. I. AU - St. John, M. A. AU - Hazra, R. AU - Klenerman, P. AU - Altfeld, M. AU - Walker, B. D. AU - Goulder, P. J. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - HIV-1 viral escape in infancy followed by emergence of a variant-specific CTL response JO - J Immunol VL - 174 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.174.12.7524 DO - 10.4049/jimmunol.174.12.7524 ID - Feeney2005 ER - TY - JOUR AU - Strelkowa, N. AU - Lässig, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Clonal interference in the evolution of influenza JO - Genetics VL - 192 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.112.143396 DO - 10.1534/genetics.112.143396 ID - Strelkowa2012 ER - TY - JOUR AU - Łuksza, M. AU - Lässig, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - A predictive fitness model for influenza JO - Nature VL - 507 UR - https://doi.org/10.1038/nature13087 DO - 10.1038/nature13087 ID - Łuksza2014 ER - TY - JOUR AU - Arjan, J. A. AU - de Visser, M. AU - Zeyl, C. W. AU - Gerrish, P. J. AU - Blanchard, J. L. AU - Lenski, R. E. PY - 1999 DA - 1999// TI - Diminishing returns from mutation supply rate in asexual populations JO - Science VL - 283 UR - https://doi.org/10.1126/science.283.5400.404 DO - 10.1126/science.283.5400.404 ID - Arjan1999 ER - TY - JOUR AU - Miralles, R. AU - Gerrish, P. J. AU - Moya, A. AU - Elena, S. F. PY - 1999 DA - 1999// TI - Clonal interference and the evolution of RNA viruses JO - Science VL - 285 UR - https://doi.org/10.1126/science.285.5434.1745 DO - 10.1126/science.285.5434.1745 ID - Miralles1999 ER - TY - JOUR AU - Lang, G. I. AU - Rice, D. P. AU - Hickman, M. J. AU - Sodergren, E. AU - Weinstock, G. M. AU - Botstein, D. AU - Desai, M. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Pervasive genetic hitchhiking and clonal interference in forty evolving yeast populations JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12344 DO - 10.1038/nature12344 ID - Lang2013 ER - TY - CHAP AU - Zanini, F. AU - Neher, R. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Deleterious synonymous mutations hitchhike to high frequency in HIV-1 env evolution BT - ArXiv e-prints ID - Zanini2013 ER - TY - JOUR AU - Fischer, W. AU - Ganusov, V. V. AU - Giorgi, E. E. AU - Hraber, P. T. AU - Keele, B. F. AU - Leitner, T. AU - Han, C. S. AU - Gleasner, C. D. AU - Green, L. AU - Lo, C. -. C. AU - Nag, A. AU - Wallstrom, T. C. AU - Wang, S. AU - McMichael, A. J. AU - Haynes, B. F. AU - Hahn, B. H. AU - Perelson, A. S. AU - Borrow, P. AU - Shaw, G. M. AU - Bhattacharya, T. AU - Korber, B. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transmission of single HIV-1 genomes and dynamics of early immune escape revealed by ultra-deep sequencing JO - PloS one VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0012303 DO - 10.1371/journal.pone.0012303 ID - Fischer2010 ER - TY - JOUR AU - Zagordi, O. AU - Geyrhofer, L. AU - Roth, V. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deep sequencing of a genetically heterogeneous sample: local haplotype reconstruction and read error correction JO - J Comput Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2009.0164 DO - 10.1089/cmb.2009.0164 ID - Zagordi2010 ER - TY - JOUR AU - Schirmer, M. AU - Sloan, W. T. AU - Quince, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Benchmarking of viral haplotype reconstruction programmes: an overview of the capacities and limitations of currently available programmes JO - Brief Bioinform VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbs081 DO - 10.1093/bib/bbs081 ID - Schirmer2012 ER - TY - JOUR AU - Töpfer, A. AU - Zagordi, O. AU - Prabhakaran, S. AU - Roth, V. AU - Halperin, E. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Probabilistic inference of viral quasispecies subject to recombination JO - J Comput Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0232 DO - 10.1089/cmb.2012.0232 ID - Töpfer2013 ER - TY - JOUR AU - Zagordi, O. AU - Klein, R. AU - Däumer, M. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Error correction of next-generation sequencing data and reliable estimation of HIV quasispecies JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq655 DO - 10.1093/nar/gkq655 ID - Zagordi2010 ER - TY - JOUR AU - Prosperi, M. C. AU - Salemi, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Qure: software for viral quasispecies reconstruction from next-generation sequencing data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr627 DO - 10.1093/bioinformatics/btr627 ID - Prosperi2012 ER - TY - JOUR AU - Zagordi, O. AU - Bhattacharya, A. AU - Eriksson, N. AU - Beerenwinkel, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - Shorah: estimating the genetic diversity of a mixed sample from next-generation sequencing data JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-119 DO - 10.1186/1471-2105-12-119 ID - Zagordi2011 ER - TY - JOUR AU - Prosperi, M. C. AU - Yin, L. AU - Nolan, D. J. AU - Lowe, A. D. AU - Goodenow, M. M. AU - Salemi, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Empirical validation of viral quasispecies assembly algorithms state-of-the-art and challenges JO - Sci Rep VL - 3 ID - Prosperi2013 ER - TY - JOUR AU - Burger, H. AU - Weiser, B. AU - Flaherty, K. AU - Gulla, J. AU - Nguyen, P. -. N. AU - Gibbs, R. A. PY - 1991 DA - 1991// TI - Evolution of human immunodeficiency virus type 1 nucleotide sequence diversity among close contacts JO - Proc Natl Acad Sci VL - 88 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.88.24.11236 DO - 10.1073/pnas.88.24.11236 ID - Burger1991 ER - TY - JOUR AU - Keele, B. F. AU - Giorgi, E. E. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Decker, J. M. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Sun, C. AU - Grayson, T. AU - Wang, S. AU - Li, H. AU - Wei, X. AU - Jiang, C. AU - Kirchherr, J. L. AU - Gao, F. AU - Anderson, J. A. AU - Ping, L. H. AU - Swanstrom, R. AU - Tomaras, G. D. AU - Blattner, W. A. AU - Goepfert, P. A. AU - Kilby, J. M. AU - Saag, M. S. AU - Delwart, E. L. AU - Busch, M. P. AU - Cohen, M. S. AU - Montefiori, D. C. AU - Haynes, B. F. AU - Gaschen, B. AU - Athreya, G. S. AU - Lee, H. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification and characterization of transmitted and early founder virus envelopes in primary hiv-1 infection JO - Proc Natl Acad Sci VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0802203105 DO - 10.1073/pnas.0802203105 ID - Keele2008 ER - TY - JOUR AU - Huang, W. AU - Li, L. AU - Myers, J. R. AU - Marth, G. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Art: a next-generation sequencing read simulator JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr708 DO - 10.1093/bioinformatics/btr708 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Starcich, B. R. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. AU - McNeely, P. D. AU - Modrow, S. AU - Wolf, H. AU - Parks, E. S. AU - Parks, W. P. AU - Josephs, S. F. AU - Gallo, R. C. AU - Wong-Staal, F. PY - 1986 DA - 1986// TI - Identification and characterization of conserved and variable regions in the envelope gene of htlv-iii/lav, the retrovirus of aids JO - Cell VL - 45 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(86)90778-6 DO - 10.1016/0092-8674(86)90778-6 ID - Starcich1986 ER - TY - JOUR AU - Holmes, E. C. AU - Moya, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Is the quasispecies concept relevant to RNA viruses? JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.1.460-462.2002 DO - 10.1128/JVI.76.1.460-462.2002 ID - Holmes2002 ER - TY - JOUR AU - Grenfell, B. T. AU - Pybus, O. G. AU - Gog, J. R. AU - Wood, J. L. AU - Daly, J. M. AU - Mumford, J. A. AU - Holmes, E. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Unifying the epidemiological and evolutionary dynamics of pathogens JO - Science VL - 303 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090727 DO - 10.1126/science.1090727 ID - Grenfell2004 ER - TY - JOUR AU - Kessinger, T. A. AU - Perelson, A. S. AU - Neher, R. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Inferring HIV escape rates from multi-locus genotype data JO - Front Immunol VL - 4 UR - https://doi.org/10.3389/fimmu.2013.00252 DO - 10.3389/fimmu.2013.00252 ID - Kessinger2013 ER - TY - JOUR AU - Neher, R. A. AU - Leitner, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Recombination rate and selection strength in HIV intra-patient evolution JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000660 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000660 ID - Neher2010 ER - TY - JOUR AU - Batorsky, R. AU - Kearney, M. F. AU - Palmer, S. E. AU - Maldarelli, F. AU - Rouzine, I. M. AU - Coffin, J. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Estimate of effective recombination rate and average selection coefficient for HIV in chronic infection JO - Proc Natl Acad Sci VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1102036108 DO - 10.1073/pnas.1102036108 ID - Batorsky2011 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. C. AU - Halpern, A. L. AU - Macken, C. AU - Korber, B. T. PY - 1995 DA - 1995// TI - A computer program designed to screen rapidly for hiv type 1 intersubtype recombinant sequences JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 11 UR - https://doi.org/10.1089/aid.1995.11.1413 DO - 10.1089/aid.1995.11.1413 ID - Siepel1995 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Bryant, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Application of phylogenetic networks in evolutionary studies JO - Mol Biol Evol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msj030 DO - 10.1093/molbev/msj030 ID - Huson2006 ER - TY - STD TI - Sequence Read ArcHIVe (SRA). [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra], UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra ID - ref51 ER - TY - STD TI - MOSAIK. [http://code.google.com/p/mosaik-aligner/], UR - http://code.google.com/p/mosaik-aligner/ ID - ref52 ER - TY - STD TI - PredictHaplo. [http://bmda.cs.unibas.ch/HivHaploTyper/], UR - http://bmda.cs.unibas.ch/HivHaploTyper/ ID - ref53 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Gibson, T. J. AU - Higgins, D. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Multiple sequence alignment using ClustalW and ClustalX JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - 2.3 ID - Thompson2002 ER - TY - JOUR AU - Guindon, S. AU - Gascuel, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood JO - Syst Biol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1080/10635150390235520 DO - 10.1080/10635150390235520 ID - Guindon2003 ER - TY - JOUR AU - Gil, M. AU - Zanetti, M. S. AU - Zoller, S. AU - Anisimova, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Codonphyml: fast maximum likelihood phylogeny estimation under codon substitution models JO - Mol Biol Evol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/mst034 DO - 10.1093/molbev/mst034 ID - Gil2013 ER - TY - STD TI - Estimating relative fitness from competition experiments. [http://bioinformatics.bio.uu.nl/rdb/fitness.html], UR - http://bioinformatics.bio.uu.nl/rdb/fitness.html ID - ref57 ER - TY - STD TI - CodonAlign. [http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/CodonAlign/codonalign.html], UR - http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/CodonAlign/codonalign.html ID - ref58 ER - TY - JOUR AU - Pond, S. L. K. AU - Frost, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Not so different after all: a comparison of methods for detecting amino acid sites under selection JO - Mol Biol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msi105 DO - 10.1093/molbev/msi105 ID - Pond2005 ER - TY - JOUR AU - Delport, W. AU - Poon, A. F. AU - Frost, S. D. AU - Pond, S. L. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Datamonkey 2010: a suite of phylogenetic analysis tools for evolutionary biology JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq429 DO - 10.1093/bioinformatics/btq429 ID - Delport2010 ER - TY - JOUR AU - Librado, P. AU - Rozas, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of dna polymorphism data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp187 DO - 10.1093/bioinformatics/btp187 ID - Librado2009 ER - TY - JOUR AU - Smoot, M. E. AU - Ono, K. AU - Ruscheinski, J. AU - Wang, P. -. L. AU - Ideker, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq675 DO - 10.1093/bioinformatics/btq675 ID - Smoot2011 ER -