TY - JOUR AU - Eigen, M. PY - 1971 DA - 1971// TI - Selforganization of matter and the evolution of biological macromolecules JO - Naturwissenschaften VL - 58 UR - https://doi.org/10.1007/BF00623322 DO - 10.1007/BF00623322 ID - Eigen1971 ER - TY - JOUR AU - Holland, J. AU - Spindler, K. AU - Horodyski, F. AU - Grabau, E. AU - Nichol, S. AU - VandePol, S. PY - 1982 DA - 1982// TI - Rapid evolution of RNA genomes JO - Science VL - 215 UR - https://doi.org/10.1126/science.7041255 DO - 10.1126/science.7041255 ID - Holland1982 ER - TY - JOUR AU - Goodenow, M. AU - Huet, T. AU - Saurin, W. AU - Kwok, S. AU - Sninsky, J. AU - Wain-Hobson, S. PY - 1989 DA - 1989// TI - HIV-1 isolates are rapidly evolving quasispecies: evidence for viral mixtures and preferred nucleotide substitutions JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 2 ID - Goodenow1989 ER - TY - JOUR AU - Steinhauer, D. A. AU - Holland, J. J. PY - 1987 DA - 1987// TI - Rapid evolution of RNA viruses JO - Annu Rev Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.mi.41.100187.002205 DO - 10.1146/annurev.mi.41.100187.002205 ID - Steinhauer1987 ER - TY - JOUR AU - Preston, B. D. AU - Poiesz, B. J. AU - Loeb, L. A. PY - 1988 DA - 1988// TI - Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase JO - Science VL - 242 UR - https://doi.org/10.1126/science.2460924 DO - 10.1126/science.2460924 ID - Preston1988 ER - TY - JOUR AU - Roberts, J. D. AU - Bebenek, K. AU - Kunkel, T. A. PY - 1988 DA - 1988// TI - The accuracy of reverse transcriptase from HIV-1 JO - Science VL - 242 UR - https://doi.org/10.1126/science.2460925 DO - 10.1126/science.2460925 ID - Roberts1988 ER - TY - JOUR AU - Weber, J. AU - Grosse, F. PY - 1989 DA - 1989// TI - Fidelity of human immunodeficiency virus type I reverse transcriptase in copying natural DNA JO - Nucleic Acids Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/nar/17.4.1379 DO - 10.1093/nar/17.4.1379 ID - Weber1989 ER - TY - JOUR AU - Hu, W. S. AU - Temin, H. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Retroviral recombination and reverse transcription JO - Science VL - 250 UR - https://doi.org/10.1126/science.1700865 DO - 10.1126/science.1700865 ID - Hu1990 ER - TY - JOUR AU - Vignuzzi, M. AU - Stone, J. K. AU - Arnold, J. J. AU - Cameron, C. E. AU - Andino, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Quasispecies diversity determines pathogenesis through cooperative interactions in a viral population JO - Nature VL - 439 UR - https://doi.org/10.1038/nature04388 DO - 10.1038/nature04388 ID - Vignuzzi2006 ER - TY - JOUR AU - Pfeiffer, J. K. AU - Kirkegaard, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Increased fidelity reduces poliovirus fitness and virulence under selective pressure in mice JO - PLoS Pathog VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.0010011 DO - 10.1371/journal.ppat.0010011 ID - Pfeiffer2005 ER - TY - JOUR AU - Jerzak, G. V. AU - Bernard, K. AU - Kramer, L. D. AU - Shi, P. Y. AU - Ebel, G. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The West Nile virus mutant spectrum is host-dependant and a determinant of mortality in mice JO - Virology VL - 360 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2006.10.029 DO - 10.1016/j.virol.2006.10.029 ID - Jerzak2007 ER - TY - JOUR AU - Mani, I. AU - Gilbert, P. AU - Sankale, J. L. AU - Eisen, G. AU - Mboup, S. AU - Kanki, P. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intrapatient diversity and its correlation with viral setpoint in human immunodeficiency virus type 1 CRF02_A/G-IbNG infection JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.21.10745-10755.2002 DO - 10.1128/JVI.76.21.10745-10755.2002 ID - Mani2002 ER - TY - JOUR AU - Markham, R. B. AU - Wang, W. C. AU - Weisstein, A. E. AU - Wang, Z. AU - Munoz, A. AU - Templeton, A. AU - Margolick, J. AU - Vlahov, D. AU - Quinn, T. AU - Farzadegan, H. AU - Yu, X. F. PY - 1998 DA - 1998// TI - Patterns of HIV-1 evolution in individuals with differing rates of CD4 T cell decline JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.21.12568 DO - 10.1073/pnas.95.21.12568 ID - Markham1998 ER - TY - JOUR AU - McNearney, T. AU - Hornickova, Z. AU - Markham, R. AU - Birdwell, A. AU - Arens, M. AU - Saah, A. AU - Ratner, L. PY - 1992 DA - 1992// TI - Relationship of human immunodeficiency virus type 1 sequence heterogeneity to stage of disease JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 89 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.89.21.10247 DO - 10.1073/pnas.89.21.10247 ID - McNearney1992 ER - TY - JOUR AU - Borderia, A. V. AU - Lorenzo-Redondo, R. AU - Pernas, M. AU - Casado, C. AU - Alvaro, T. AU - Domingo, E. AU - Lopez-Galindez, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Initial fitness recovery of HIV-1 is associated with quasispecies heterogeneity and can occur without modifications in the consensus sequence JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010319 DO - 10.1371/journal.pone.0010319 ID - Borderia2010 ER - TY - JOUR AU - Gottlieb, G. S. AU - Nickle, D. C. AU - Jensen, M. A. AU - Wong, K. G. AU - Grobler, J. AU - Li, F. AU - Liu, S. L. AU - Rademeyer, C. AU - Learn, G. H. AU - Karim, S. S. AU - Williamson, C. AU - Corey, L. AU - Margolick, J. B. AU - Mullins, J. I. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dual HIV-1 infection associated with rapid disease progression JO - Lancet VL - 363 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(04)15596-7 DO - 10.1016/S0140-6736(04)15596-7 ID - Gottlieb2004 ER - TY - JOUR AU - Abrahams, M. R. AU - Anderson, J. A. AU - Giorgi, E. E. AU - Seoighe, C. AU - Mlisana, K. AU - Ping, L. H. AU - Athreya, G. S. AU - Treurnicht, F. K. AU - Keele, B. F. AU - Wood, N. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Nhattacharya, T. AU - Chu, H. AU - Hoffman, I. AU - Galvin, S. AU - Mapanje, C. AU - Kazembe, P. AU - Thebus, R. AU - Fiscus, S. AU - Hide, W. AU - Cohen, M. S. AU - Karim, S. A. AU - Haynes, B. F. AU - Shaw, G. M. AU - Hahn, B. H. AU - Kolber, B. T. AU - Swanstrom, R. AU - Williamson, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Quantitating the multiplicity of infection with human immunodeficiency virus type 1 subtype C reveals a non-poisson distribution of transmitted variants JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02132-08 DO - 10.1128/JVI.02132-08 ID - Abrahams2009 ER - TY - JOUR AU - Grobler, J. AU - Gray, C. M. AU - Rademeyer, C. AU - Seoighe, C. AU - Ramjee, G. AU - Karim, S. A. AU - Morris, L. AU - Williamson, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Incidence of HIV-1 dual infection and its association with increased viral load set point in a cohort of HIV-1 subtype C-infected female sex workers JO - J Infect Dis VL - 190 UR - https://doi.org/10.1086/423940 DO - 10.1086/423940 ID - Grobler2004 ER - TY - JOUR AU - Sagar, M. AU - Lavreys, L. AU - Baeten, J. M. AU - Richardson, B. A. AU - Mandaliya, K. AU - Chohan, B. H. AU - Kreiss, J. K. AU - Overbaugh, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Infection with multiple human immunodeficiency virus type 1 variants is associated with faster disease progression JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.23.12921-12926.2003 DO - 10.1128/JVI.77.23.12921-12926.2003 ID - Sagar2003 ER - TY - JOUR AU - Ganeshan, S. AU - Dickover, R. E. AU - Korber, B. T. AU - Bryson, Y. J. AU - Wolinsky, S. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Human immunodeficiency virus type 1 genetic evolution in children with different rates of development of disease JO - J Virol VL - 71 ID - Ganeshan1997 ER - TY - JOUR AU - Coffin, J. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy JO - Science VL - 267 UR - https://doi.org/10.1126/science.7824947 DO - 10.1126/science.7824947 ID - Coffin1995 ER - TY - CHAP AU - Song, H. C. F. AU - Cai, F. AU - Ganusov, V. AU - Pavlicek, J. AU - Keele, B. AU - Li, H. AU - Shaw, G. AU - Haynes, B. AU - Hahn, B. AU - Gao, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Recombination shapes viral evolution during early infection in individuals infected with multiple transmitted/founder HIV-1 BT - CROI ID - Song2013 ER - TY - JOUR AU - Keele, B. F. AU - Giorgi, E. E. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Decker, J. M. AU - Pham, K. T. AU - Salazar, M. G. AU - Sun, C. AU - Grayson, T. AU - Wang, S. AU - Li, H. AU - Wei, X. AU - Jiang, C. AU - Kirchhrr, J. L. AU - Gao, F. AU - Alexander, J. A. AU - Ping, L. H. AU - Swanstrom, R. AU - Tomaras, G. D. AU - Blattner, W. A. AU - Goepfert, P. A. AU - Kilby, J. M. AU - Saag, M. S. AU - Delwart, E. L. AU - Busch, M. P. AU - Cohen, M. S. AU - Montefiori, D. C. AU - Haynes, B. F. AU - Gaschen, B. AU - Athreya, G. S. AU - Lee, H. Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification and characterization of transmitted and early founder virus envelopes in primary HIV-1 infection JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0802203105 DO - 10.1073/pnas.0802203105 ID - Keele2008 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Bar, K. J. AU - Wang, S. AU - Decker, J. M. AU - Chen, Y. AU - Sun, C. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Learn, G. H. AU - Morgan, C. J. AU - Schumacher, J. E. AU - Hraber, P. AU - Giorgi, E. E. AU - Bhattacharya, T. AU - Korber, B. T. AU - Perelson, A. S. AU - Eron, J. J. AU - Cohen, M. S. AU - Hicks, C. B. AU - Haynes, B. F. AU - Markowitz, M. AU - Keele, B. F. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - High multiplicity infection by HIV-1 in men who have sex with men JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000890 DO - 10.1371/journal.ppat.1000890 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Bar, K. J. AU - Li, H. AU - Chamberland, A. AU - Tremblay, C. AU - Routy, J. P. AU - Grayson, T. AU - Sun, C. AU - Wang, S. AU - Learn, G. H. AU - Morgan, C. J. AU - Schumacher, J. E. AU - Haynes, B. F. AU - Keele, B. F. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Wide variation in the multiplicity of HIV-1 infection among injection drug users JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00077-10 DO - 10.1128/JVI.00077-10 ID - Bar2010 ER - TY - JOUR AU - Keele, B. F. AU - Li, H. AU - Learn, G. H. AU - Hraber, P. AU - Giorgi, E. E. AU - Grayson, T. AU - Sun, C. AU - Chen, Y. AU - Yeh, W. W. AU - Letvin, N. L. AU - Mascola, J. R. AU - Nabel, G. J. AU - Haynes, B. F. AU - Bhattacharya, T. AU - Perelson, A. S. AU - Korber, B. T. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Low-dose rectal inoculation of rhesus macaques by SIVsmE660 or SIVmac251 recapitulates human mucosal infection by HIV-1 JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20082831 DO - 10.1084/jem.20082831 ID - Keele2009 ER - TY - JOUR AU - Stone, M. AU - Keele, B. F. AU - Ma, Z. M. AU - Bailes, E. AU - Dutra, J. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. AU - Miller, C. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A limited number of simian immunodeficiency virus (SIV) env variants are transmitted to rhesus macaques vaginally inoculated with SIVmac251 JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00481-10 DO - 10.1128/JVI.00481-10 ID - Stone2010 ER - TY - JOUR AU - Varela, M. AU - Landskron, L. AU - Lai, R. P. J. AU - McKinley, T. J. AU - Bogers, W. M. AU - Verschoor, E. J. AU - Dubbes, R. AU - Barnett, S. W. AU - Frost, S. D. W. AU - Heeney, J. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Molecular evolution analysis of the human immunodeficiency virus type 1 envelope in simian/human immunodeficiency virus-infected macaques: implications for challenge dose selection JO - J Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.05290-11 DO - 10.1128/JVI.05290-11 ID - Varela2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Keele, B. F. AU - Li, H. AU - Keating, S. AU - Norris, P. J. AU - Carville, A. AU - Mansfield, K. G. AU - Tomaras, G. D. AU - Haynes, B. F. AU - Kolodkin-Gal, D. AU - Letvin, N. L. AU - Hahn, B. H. AU - Shaw, G. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Low-dose mucosal simian immunodeficiency virus infection restricts early replication kinetics and transmitted virus variants in rhesus monkeys JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01155-10 DO - 10.1128/JVI.01155-10 ID - Liu2010 ER - TY - JOUR AU - Burton, D. R. AU - Hessell, A. J. AU - Keele, B. F. AU - Klasse, P. J. AU - Ketas, T. A. AU - Moldt, B. AU - Dunlop, D. C. AU - Poignard, P. AU - Doyle, L. A. AU - Cavacini, L. AU - Veazey, R. S. AU - Moore, J. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Limited or no protection by weakly or nonneutralizing antibodies against vaginal SHIV challenge of macaques compared with a strongly neutralizing antibody JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1103012108 DO - 10.1073/pnas.1103012108 ID - Burton2011 ER - TY - JOUR AU - Hu, W. S. AU - Temin, H. M. PY - 1990 DA - 1990// TI - Genetic consequences of packaging two RNA genomes in one retroviral particle: pseudodiploidy and high rate of genetic recombination JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 87 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.87.4.1556 DO - 10.1073/pnas.87.4.1556 ID - Hu1990 ER - TY - JOUR AU - Jetzt, A. E. AU - Yu, H. AU - Klarmann, G. J. AU - Ron, Y. AU - Preston, B. D. AU - Dougherty, J. P. PY - 2000 DA - 2000// TI - High rate of recombination throughout the human immunodeficiency virus type 1 genome JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.3.1234-1240.2000 DO - 10.1128/JVI.74.3.1234-1240.2000 ID - Jetzt2000 ER - TY - JOUR AU - Jung, A. AU - Maier, R. AU - Vartanian, J. P. AU - Bocharov, G. AU - Jung, V. AU - Fischer, U. AU - Meese, E. AU - Wain-Hobson, S. AU - Meyerhans, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Recombination: Multiply infected spleen cells in HIV patients JO - Nature VL - 418 UR - https://doi.org/10.1038/418144a DO - 10.1038/418144a ID - Jung2002 ER - TY - JOUR AU - Shriner, D. AU - Rodrigo, A. G. AU - Nickle, D. C. AU - Mullins, J. I. PY - 2004 DA - 2004// TI - Pervasive genomic recombination of HIV-1 in vivo JO - Genetics VL - 167 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.103.023382 DO - 10.1534/genetics.103.023382 ID - Shriner2004 ER - TY - JOUR AU - Charpentier, C. AU - Nora, T. AU - Tenaillon, O. AU - Clavel, F. AU - Hance, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Extensive recombination among human immunodeficiency virus type 1 quasispecies makes an important contribution to viral diversity in individual patients JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.80.5.2472-2482.2006 DO - 10.1128/JVI.80.5.2472-2482.2006 ID - Charpentier2006 ER - TY - JOUR AU - Shakirzyanova, M. AU - Tsai, L. AU - Ren, W. AU - Gettie, A. AU - Blanchard, J. AU - Cheng-Mayer, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Pathogenic consequences of vaginal infection with CCR5-tropic simian-human immunodeficiency virus SHIVSF162P3N JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00852-12 DO - 10.1128/JVI.00852-12 ID - Shakirzyanova2012 ER - TY - JOUR AU - Jordan, M. R. AU - Kearney, M. AU - Palmer, S. AU - Shao, W. AU - Maldarelli, F. AU - Coakley, E. P. AU - Chappey, C. AU - Wanke, C. AU - Coffin, J. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Comparison of standard PCR/cloning to single genome sequencing for analysis of HIV-1 populations JO - J Virol Methods VL - 168 UR - https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2010.04.030 DO - 10.1016/j.jviromet.2010.04.030 ID - Jordan2010 ER - TY - JOUR AU - Greenier, J. L. AU - Miller, C. J. AU - Lu, D. AU - Dailey, P. J. AU - Lu, F. X. AU - Kunstman, K. J. AU - Wolinsky, S. M. AU - Marthas, M. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Route of simian immunodeficiency virus inoculation determines the complexity but not the identity of viral variant populations that infect rhesus macaques JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.8.3753-3765.2001 DO - 10.1128/JVI.75.8.3753-3765.2001 ID - Greenier2001 ER - TY - JOUR AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Salazar, M. G. AU - Keele, B. F. AU - Learn, G. H. AU - Giorgi, E. E. AU - Li, H. AU - Decker, J. M. AU - Wang, S. AU - Baalwa, J. AU - Kraus, M. H. AU - Parrish, N. F. AU - Shaw, K. S. AU - Guffey, M. B. AU - Bar, K. J. AU - Davis, K. L. AU - Ochsenbauer-Jambor, C. AU - Kappes, J. C. AU - Saag, M. S. AU - Cohen, M. S. AU - Mulenga, J. AU - Derdeyn, C. A. AU - Allen, S. AU - Hunter, E. AU - Markowitz, M. AU - Hraber, P. AU - Perelson, A. S. AU - Bhattacharya, T. AU - Haynes, B. F. AU - Korber, B. T. AU - Hahn, B. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genetic identity, biological phenotype, and evolutionary pathways of transmitted/founder viruses in acute and early HIV-1 infection JO - J Exp Med VL - 206 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20090378 DO - 10.1084/jem.20090378 ID - Salazar-Gonzalez2009 ER - TY - JOUR AU - Cassol, E. AU - Alfano, M. AU - Biswas, P. AU - Poli, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Monocyte-derived macrophages and myeloid cell lines as targets of HIV-1 replication and persistence JO - J Leukoc Biol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1189/jlb.0306150 DO - 10.1189/jlb.0306150 ID - Cassol2006 ER - TY - JOUR AU - Sharova, N. AU - Swingler, C. AU - Sharkey, M. AU - Stevenson, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Macrophages archive HIV-1 virions for dissemination in trans JO - EMBO J VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7600707 DO - 10.1038/sj.emboj.7600707 ID - Sharova2005 ER - TY - JOUR AU - Schutten, M. AU - van Baalen, C. A. AU - Guillon, C. AU - Huisman, R. C. AU - Boers, P. H. AU - Sintnicolaas, K. AU - Gruters, R. A. AU - Osterhaus, A. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Macrophage tropism of human immunodeficiency virus type 1 facilitates in vivo escape from cytotoxic T-lymphocyte pressure JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.6.2706-2709.2001 DO - 10.1128/JVI.75.6.2706-2709.2001 ID - Schutten2001 ER - TY - JOUR AU - Vojnov, L. AU - Martins, M. A. AU - Bean, A. T. AU - de Santana MG, V. AU - Sacha, J. B. AU - Wilson, N. A. AU - Bonaldo, M. C. AU - Galler, R. AU - Stevenson, M. AU - Watkins, D. I. PY - 2012 DA - 2012// TI - The majority of freshly sorted simian immunodeficiency virus (SIV)-specific CD8(+) T cells cannot suppress viral replication in SIV-infected macrophages JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.06324-11 DO - 10.1128/JVI.06324-11 ID - Vojnov2012 ER - TY - JOUR AU - Koppensteiner, H. AU - Banning, C. AU - Schneider, C. AU - Hohenberg, H. AU - Schindler, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Macrophage internal HIV-1 is protected from neutralizing antibodies JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.05915-11 DO - 10.1128/JVI.05915-11 ID - Koppensteiner2012 ER - TY - JOUR AU - Abela, I. A. AU - Berlinger, L. AU - Schanz, M. AU - Reynell, L. AU - Gunthard, H. F. AU - Rusert, P. AU - Trkola, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Cell-cell transmission enables HIV-1 to evade inhibition by potent CD4bs directed antibodies JO - PLoS Pathog VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002634 DO - 10.1371/journal.ppat.1002634 ID - Abela2012 ER - TY - JOUR AU - Chu, H. AU - Wang, J. J. AU - Qi, M. AU - Yoon, J. J. AU - Wen, X. AU - Chen, X. AU - Ding, L. AU - Spearman, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - The intracellular virus-containing compartments in primary human macrophages are largely inaccessible to antibodies and small molecules JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035297 DO - 10.1371/journal.pone.0035297 ID - Chu2012 ER - TY - JOUR AU - Groot, F. AU - Welsch, S. AU - Sattentau, Q. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Efficient HIV-1 transmission from macrophages to T cells across transient virological synapses JO - Blood VL - 111 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2007-12-130070 DO - 10.1182/blood-2007-12-130070 ID - Groot2008 ER - TY - JOUR AU - Gousset, K. AU - Ablan, S. D. AU - Coren, L. V. AU - Ono, A. AU - Soheilian, F. AU - Nagashima, K. AU - Ott, D. E. AU - Freed, E. O. PY - 2008 DA - 2008// TI - Real-time visualization of HIV-1 GAG trafficking in infected macrophages JO - PLoS Pathog VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1000015 DO - 10.1371/journal.ppat.1000015 ID - Gousset2008 ER - TY - JOUR AU - Powers, K. A. AU - Poole, C. AU - Pettifor, A. E. AU - Cohen, M. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Rethinking the heterosexual infectivity of HIV-1: a systematic review and meta-analysis JO - Lancet Infect Dis VL - 8 UR - https://doi.org/10.1016/S1473-3099(08)70156-7 DO - 10.1016/S1473-3099(08)70156-7 ID - Powers2008 ER - TY - JOUR AU - Yan, N. AU - Chen, Z. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Intrinsic antiviral immunity JO - Nat Immunol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/ni.2229 DO - 10.1038/ni.2229 ID - Yan2012 ER - TY - JOUR AU - Goujon, C. AU - Moncorge, O. AU - Bauby, H. AU - Doyle, T. AU - Ward, C. C. AU - Schaller, T. AU - Hue, S. AU - Barclay, W. S. AU - Schulz, R. AU - Malim, M. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Human MX2 is an interferon-induced post-entry inhibitor of HIV-1 infection JO - Nature VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/nature12542 DO - 10.1038/nature12542 ID - Goujon2013 ER - TY - JOUR AU - Kane, M. AU - Yadav, S. S. AU - Bitzegeio, J. AU - Kutluay, S. B. AU - Zang, T. AU - Wilson, S. J. AU - Schoggins, J. W. AU - Rice, C. M. AU - Yamashita, M. AU - Hatziioannou, T. AU - Bieniasz, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - MX2 is an interferon-induced inhibitor of HIV-1 infection JO - Nature VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/nature12653 DO - 10.1038/nature12653 ID - Kane2013 ER - TY - JOUR AU - Parrish, N. F. AU - Gao, F. AU - Li, H. AU - Giorgi, E. E. AU - Barbian, H. J. AU - Parrish, E. H. AU - Zajic, L. AU - Iyer, S. S. AU - Decker, J. M. AU - Kumar, A. AU - Hora, B. AU - Berg, A. AU - Cai, F. AU - Hopper, J. AU - Denny, T. N. AU - Ding, H. AU - Ochsembauer, C. AU - Kappes, J. C. AU - Galimidi, R. P. AU - West, A. P. AU - Bjorkman, P. J. AU - Wilen, C. B. AU - Doms, R. W. AU - O’Brien, M. AU - Bhardwaj, N. AU - Borrow, P. AU - Haynes, B. F. AU - Muldoon, M. AU - Theiler, J. P. AU - Korber, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phenotypic properties of transmitted founder HIV-1 JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1304288110 DO - 10.1073/pnas.1304288110 ID - Parrish2013 ER - TY - JOUR AU - Ochsenbauer, C. AU - Edmonds, T. G. AU - Ding, H. AU - Keele, B. F. AU - Decker, J. AU - Salazar, M. G. AU - Salazar-Gonzalez, J. F. AU - Shattock, R. AU - Haynes, B. F. AU - Shaw, G. M. AU - Hahn, B. H. AU - Kappes, J. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Generation of transmitted/founder HIV-1 infectious molecular clones and characterization of their replication capacity in CD4 T lymphocytes and monocyte-derived macrophages JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.06157-11 DO - 10.1128/JVI.06157-11 ID - Ochsenbauer2012 ER - TY - JOUR AU - Shen, R. R. H. AU - Clements, R. H. AU - Nocak, L. AU - Huff, K. AU - Bimczok, D. AU - Sankaran-Walters, S. AU - Dandekar, S. AU - Clapham, P. R. AU - Smythies, L. E. AU - Smith, P. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Macrophages in vaginal but not intestinal mucosa are monocyte-like and permissive to human immunodeficiency virus type 1 infection JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01796-08 DO - 10.1128/JVI.01796-08 ID - Shen2009 ER - TY - JOUR AU - Herbein, G. AU - Gras, G. AU - Khan, K. A. AU - Abbas, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Macrophage signaling in HIV-1 infection JO - Retrovirology VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4690-7-34 DO - 10.1186/1742-4690-7-34 ID - Herbein2010 ER - TY - JOUR AU - Sattentau, Q. PY - 2008 DA - 2008// TI - Avoiding the void: cell-to-cell spread of human viruses JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1972 DO - 10.1038/nrmicro1972 ID - Sattentau2008 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, tposition-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Tamura, K. AU - Peterson, D. AU - Peterson, N. AU - Stecher, G. AU - Nei, M. AU - Kumar, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods JO - Mol Biol Evol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msr121 DO - 10.1093/molbev/msr121 ID - Tamura2011 ER - TY - CHAP AU - Jukes, T. H. AU - Cantor, C. R. ED - HH, M. PY - 1969 DA - 1969// TI - Evolution of protein molecules BT - Mammalian protein metabolism PB - Academy Press CY - New York UR - https://doi.org/10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7 DO - 10.1016/B978-1-4832-3211-9.50009-7 ID - Jukes1969 ER - TY - JOUR AU - Giorgi, E. E. AU - Funkhouser, B. AU - Athreya, G. AU - Perelson, A. S. AU - Korber, B. T. AU - Bhattacharya, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Estimating time since infection in early homogeneous HIV-1 samples using a poisson model JO - BMC Bioinforma VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-532 DO - 10.1186/1471-2105-11-532 ID - Giorgi2010 ER -