TY - JOUR AU - Allan, J. S. AU - Coligan, J. E. AU - Barin, F. AU - McLane, M. F. AU - Sodroski, J. G. AU - Rosen, C. A. AU - Haseltine, W. A. AU - Lee, T. H. AU - Essex, M. PY - 1985 DA - 1985// TI - Major glycoprotein antigens that induce antibodies in AIDS patients are encoded by HTLV-III JO - Science VL - 228 UR - https://doi.org/10.1126/science.2986290 DO - 10.1126/science.2986290 ID - Allan1985 ER - TY - JOUR AU - Helseth, E. AU - Olshevsky, U. AU - Furman, C. AU - Sodroski, J. PY - 1991 DA - 1991// TI - Human immunodeficiency virus type 1 gp120 envelope glycoprotein regions important for association with the gp41 transmembrane glycoprotein JO - J Virol VL - 65 ID - Helseth1991 ER - TY - JOUR AU - Robey, W. G. AU - Safai, B. AU - Oroszlan, S. AU - Arthur, L. O. AU - Gonda, M. A. AU - Gallo, R. C. AU - Fischinger, P. J. PY - 1985 DA - 1985// TI - Characterization of envelope and core structural gene products of HTLV-III with sera from AIDS patients JO - Science VL - 228 UR - https://doi.org/10.1126/science.2984774 DO - 10.1126/science.2984774 ID - Robey1985 ER - TY - JOUR AU - Lu, M. AU - Blacklow, S. C. AU - Kim, P. S. PY - 1995 DA - 1995// TI - A trimeric structural domain of the HIV-1 transmembrane glycoprotein JO - Nat Struct Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nsb1295-1075 DO - 10.1038/nsb1295-1075 ID - Lu1995 ER - TY - JOUR AU - Zhu, P. AU - Liu, J. AU - Bess, J. AU - Chertova, E. AU - Lifson, J. D. AU - Grise, H. AU - Ofek, G. A. AU - Taylor, K. A. AU - Roux, K. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Distribution and three-dimensional structure of AIDS virus envelope spikes JO - Nature VL - 441 UR - https://doi.org/10.1038/nature04817 DO - 10.1038/nature04817 ID - Zhu2006 ER - TY - JOUR AU - Kwong, P. D. AU - Wyatt, R. AU - Robinson, J. AU - Sweet, R. W. AU - Sodroski, J. AU - Hendrickson, W. A. PY - 1998 DA - 1998// TI - Structure of an HIV gp120 envelope glycoprotein in complex with the CD4 receptor and a neutralizing human antibody JO - Nature VL - 393 UR - https://doi.org/10.1038/31405 DO - 10.1038/31405 ID - Kwong1998 ER - TY - JOUR AU - Pancera, M. AU - Majeed, S. AU - Ban, Y. E. AU - Chen, L. AU - Huang, C. C. AU - Kong, L. AU - Kwon, Y. D. AU - Stuckey, J. AU - Zhou, T. AU - Robinson, J. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Structure of HIV-1 gp120 with gp41-interactive region reveals layered envelope architecture and basis of conformational mobility JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0911004107 DO - 10.1073/pnas.0911004107 ID - Pancera2010 ER - TY - JOUR AU - Kong, L. AU - Huang, C. C. AU - Coales, S. J. AU - Molnar, K. S. AU - Skinner, J. AU - Hamuro, Y. AU - Kwong, P. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Local conformational stability of HIV-1 gp120 in unliganded and CD4-bound states as defined by amide hydrogen/deuterium exchange JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00688-10 DO - 10.1128/JVI.00688-10 ID - Kong2010 ER - TY - JOUR AU - Myszka, D. G. AU - Sweet, R. W. AU - Hensley, P. AU - Brigham-Burke, M. AU - Kwong, P. D. AU - Hendrickson, W. A. AU - Wyatt, R. AU - Sodroski, J. AU - Doyle, M. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Energetics of the HIV gp120-CD4 binding reaction JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.97.16.9026 DO - 10.1073/pnas.97.16.9026 ID - Myszka2000 ER - TY - JOUR AU - Yuan, W. AU - Bazick, J. AU - Sodroski, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Characterization of the multiple conformational States of free monomeric and trimeric human immunodeficiency virus envelope glycoproteins after fixation by cross-linker JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.00118-06 DO - 10.1128/JVI.00118-06 ID - Yuan2006 ER - TY - JOUR AU - Maddon, P. J. AU - Dalgleish, A. G. AU - McDougal, J. S. AU - Clapham, P. R. AU - Weiss, R. A. AU - Axel, R. PY - 1986 DA - 1986// TI - The T4 gene encodes the AIDS virus receptor and is expressed in the immune system and the brain JO - Cell VL - 47 UR - https://doi.org/10.1016/0092-8674(86)90590-8 DO - 10.1016/0092-8674(86)90590-8 ID - Maddon1986 ER - TY - JOUR AU - Zhou, T. AU - Xu, L. AU - Dey, B. AU - Hessell, A. J. AU - Van Ryk, D. AU - Xiang, S. H. AU - Yang, X. AU - Zhang, M. Y. AU - Zwick, M. B. AU - Arthos, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Structural definition of a conserved neutralization epitope on HIV-1 gp120 JO - Nature VL - 445 UR - https://doi.org/10.1038/nature05580 DO - 10.1038/nature05580 ID - Zhou2007 ER - TY - JOUR AU - Moscoso, C. G. AU - Sun, Y. AU - Poon, S. AU - Xing, L. AU - Kan, E. AU - Martin, L. AU - Green, D. AU - Lin, F. AU - Vahlne, A. G. AU - Barnett, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quaternary structures of HIV Env immunogen exhibit conformational vicissitudes and interface diminution elicited by ligand binding JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1016113108 DO - 10.1073/pnas.1016113108 ID - Moscoso2011 ER - TY - JOUR AU - Alkhatib, G. AU - Combadiere, C. AU - Broder, C. C. AU - Feng, Y. AU - Kennedy, P. E. AU - Murphy, P. M. AU - Berger, E. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - CC CKR5: a RANTES, MIP-1alpha, MIP-1beta receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1 JO - Science VL - 272 UR - https://doi.org/10.1126/science.272.5270.1955 DO - 10.1126/science.272.5270.1955 ID - Alkhatib1996 ER - TY - JOUR AU - Choe, H. AU - Farzan, M. AU - Sun, Y. AU - Sullivan, N. AU - Rollins, B. AU - Ponath, P. D. AU - Wu, L. AU - Mackay, C. R. AU - LaRosa, G. AU - Newman, W. PY - 1996 DA - 1996// TI - The beta-chemokine receptors CCR3 and CCR5 facilitate infection by primary HIV-1 isolates JO - Cell VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)81313-6 DO - 10.1016/S0092-8674(00)81313-6 ID - Choe1996 ER - TY - JOUR AU - Deng, H. AU - Liu, R. AU - Ellmeier, W. AU - Choe, S. AU - Unutmaz, D. AU - Burkhart, M. AU - Di Marzio, P. AU - Marmon, S. AU - Sutton, R. E. AU - Hill, C. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - Identification of a major co-receptor for primary isolates of HIV-1 JO - Nature VL - 381 UR - https://doi.org/10.1038/381661a0 DO - 10.1038/381661a0 ID - Deng1996 ER - TY - JOUR AU - Wu, L. AU - Gerard, N. P. AU - Wyatt, R. AU - Choe, H. AU - Parolin, C. AU - Ruffing, N. AU - Borsetti, A. AU - Cardoso, A. A. AU - Desjardin, E. AU - Newman, W. PY - 1996 DA - 1996// TI - CD4-induced interaction of primary HIV-1 gp120 glycoproteins with the chemokine receptor CCR-5 JO - Nature VL - 384 UR - https://doi.org/10.1038/384179a0 DO - 10.1038/384179a0 ID - Wu1996 ER - TY - JOUR AU - Furuta, R. A. AU - Wild, C. T. AU - Weng, Y. AU - Weiss, C. D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Capture of an early fusion-active conformation of HIV-1 gp41 JO - Nat Struct Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nsb0498-276 DO - 10.1038/nsb0498-276 ID - Furuta1998 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Vassell, R. AU - Zaitseva, M. AU - Nguyen, N. AU - Yang, Z. AU - Weng, Y. AU - Weiss, C. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Peptides trap the human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein fusion intermediate at two sites JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.3.1666-1671.2003 DO - 10.1128/JVI.77.3.1666-1671.2003 ID - He2003 ER - TY - JOUR AU - Haynes, B. F. AU - Montefiori, D. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Aiming to induce broadly reactive neutralizing antibody responses with HIV-1 vaccine candidates JO - Expert Rev Vaccines VL - 5 UR - https://doi.org/10.1586/14760584.5.4.579 DO - 10.1586/14760584.5.4.579 ID - Haynes2006 ER - TY - JOUR AU - Kwon, Y. D. AU - Finzi, A. AU - Wu, X. AU - Dogo-Isonagie, C. AU - Lee, L. K. AU - Moore, L. R. AU - Schmidt, S. D. AU - Stuckey, J. AU - Yang, Y. AU - Zhou, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - Unliganded HIV-1 gp120 core structures assume the CD4-bound conformation with regulation by quaternary interactions and variable loops JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1112391109 DO - 10.1073/pnas.1112391109 ID - Kwon2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, B. AU - Vogan, E. M. AU - Gong, H. AU - Skehel, J. J. AU - Wiley, D. C. AU - Harrison, S. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structure of an unliganded simian immunodeficiency virus gp120 core JO - Nature VL - 433 UR - https://doi.org/10.1038/nature03327 DO - 10.1038/nature03327 ID - Chen2005 ER - TY - JOUR AU - Kwong, P. D. AU - Wyatt, R. AU - Sattentau, Q. J. AU - Sodroski, J. AU - Hendrickson, W. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Oligomeric modeling and electrostatic analysis of the gp120 envelope glycoprotein of human immunodeficiency virus JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.4.1961-1972.2000 DO - 10.1128/JVI.74.4.1961-1972.2000 ID - Kwong2000 ER - TY - JOUR AU - Rusert, P. AU - Krarup, A. AU - Magnus, C. AU - Brandenberg, O. F. AU - Weber, J. AU - Ehlert, A. K. AU - Regoes, R. R. AU - Gunthard, H. F. AU - Trkola, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Interaction of the gp120 V1V2 loop with a neighboring gp120 unit shields the HIV envelope trimer against cross-neutralizing antibodies JO - J Exp Med VL - 208 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20110196 DO - 10.1084/jem.20110196 ID - Rusert2011 ER - TY - JOUR AU - Frank, G. A. AU - Bartesaghi, A. AU - Kuybeda, O. AU - Borgnia, M. J. AU - White, T. A. AU - Sapiro, G. AU - Subramaniam, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Computational separation of conformational heterogeneity using cryo-electron tomography and 3D sub-volume averaging JO - J Struct Biol VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.jsb.2012.01.004 DO - 10.1016/j.jsb.2012.01.004 ID - Frank2012 ER - TY - JOUR AU - Harris, A. AU - Borgnia, M. J. AU - Shi, D. AU - Bartesaghi, A. AU - He, H. AU - Pejchal, R. AU - Kang, Y. K. AU - Depetris, R. AU - Marozsan, A. J. AU - Sanders, R. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Trimeric HIV-1 glycoprotein gp140 immunogens and native HIV-1 envelope glycoproteins display the same closed and open quaternary molecular architectures JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1101414108 DO - 10.1073/pnas.1101414108 ID - Harris2011 ER - TY - JOUR AU - Jeffs, S. A. AU - Goriup, S. AU - Kebble, B. AU - Crane, D. AU - Bolgiano, B. AU - Sattentau, Q. AU - Jones, S. AU - Holmes, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Expression and characterisation of recombinant oligomeric envelope glycoproteins derived from primary isolates of HIV-1 JO - Vaccine VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2003.08.042 DO - 10.1016/j.vaccine.2003.08.042 ID - Jeffs2004 ER - TY - JOUR AU - Jeffs, S. A. AU - Goriup, S. AU - Stacey, G. AU - Yuen, C. T. AU - Holmes, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparative analysis of HIV-1 recombinant envelope glycoproteins from different culture systems JO - Appl Microbiol Biotechnol VL - 72 UR - https://doi.org/10.1007/s00253-005-0256-7 DO - 10.1007/s00253-005-0256-7 ID - Jeffs2006 ER - TY - JOUR AU - Mehrishi, J. N. AU - Bauer, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Electrophoresis of cells and the biological relevance of surface charge JO - Electrophoresis VL - 23 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-U DO - 3.0.CO;2-U ID - Mehrishi2002 ER - TY - JOUR AU - Fairhurst, D. AU - Rowell, R. L. AU - Monahan, I. M. AU - Key, S. AU - Stieh, D. AU - McNeil-Watson, F. AU - Morfesis, A. AU - Mitchnick, M. AU - Shattock, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Microbicides for HIV/AIDS. 2. Electrophoretic fingerprinting of CD4+ T-cell model systems JO - Langmuir VL - 23 UR - https://doi.org/10.1021/la063043n DO - 10.1021/la063043n ID - Fairhurst2007 ER - TY - JOUR AU - Rowell, R. L. AU - Fairhurst, D. AU - Key, S. AU - Morfesis, A. AU - Monahan, I. M. AU - Mitchnick, M. AU - Shattock, R. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Microbicides for HIV/AIDS. 1. Electrophoretic fingerprinting the H9 cell model system JO - Langmuir VL - 21 UR - https://doi.org/10.1021/la050619k DO - 10.1021/la050619k ID - Rowell2005 ER - TY - JOUR AU - Rowell, R. L. AU - Fairhurst, D. AU - Monahan, I. M. AU - Key, S. AU - Morfesis, A. AU - Stieh, D. AU - Mitchnick, M. AU - Loxley, A. AU - Shattock, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Microbicides for HIV/AIDS. 3. Observation of apparent dynamic protonation and deprotonization in CD4+ T-cell model systems JO - Langmuir VL - 25 UR - https://doi.org/10.1021/la8040067 DO - 10.1021/la8040067 ID - Rowell2009 ER - TY - JOUR AU - Rowell, R. L. AU - Yezek, L. P. AU - Bishop, R. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - New insights into latex surface chemical heterogeneity from electrophoretic fingerprinting JO - Acs Sym Ser VL - 881 UR - https://doi.org/10.1021/bk-2004-0881.ch013 DO - 10.1021/bk-2004-0881.ch013 ID - Rowell2004 ER - TY - JOUR AU - Fredericksen, B. L. AU - Wei, B. L. AU - Yao, J. AU - Luo, T. AU - Garcia, J. V. PY - 2002 DA - 2002// TI - Inhibition of endosomal/lysosomal degradation increases the infectivity of human immunodeficiency virus JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.22.11440-11446.2002 DO - 10.1128/JVI.76.22.11440-11446.2002 ID - Fredericksen2002 ER - TY - JOUR AU - McClure, M. O. AU - Marsh, M. AU - Weiss, R. A. PY - 1988 DA - 1988// TI - Human immunodeficiency virus infection of CD4-bearing cells occurs by a pH-independent mechanism JO - EMBO J VL - 7 ID - McClure1988 ER - TY - JOUR AU - Schaeffer, E. AU - Soros, V. B. AU - Greene, W. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Compensatory link between fusion and endocytosis of human immunodeficiency virus type 1 in human CD4 T lymphocytes JO - J Virol VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.78.3.1375-1383.2004 DO - 10.1128/JVI.78.3.1375-1383.2004 ID - Schaeffer2004 ER - TY - JOUR AU - Richmond, D. V. AU - Fisher, D. J. PY - 1973 DA - 1973// TI - The electrophoretic mobility of micro-organisms JO - Adv Microb Physiol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-2911(08)60375-6 DO - 10.1016/S0065-2911(08)60375-6 ID - Richmond1973 ER - TY - JOUR AU - Liu, J. AU - Bartesaghi, A. AU - Borgnia, M. J. AU - Sapiro, G. AU - Subramaniam, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Molecular architecture of native HIV-1 gp120 trimers JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07159 DO - 10.1038/nature07159 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Baker, N. A. AU - Sept, D. AU - Joseph, S. AU - Holst, M. J. AU - McCammon, J. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.181342398 DO - 10.1073/pnas.181342398 ID - Baker2001 ER - TY - JOUR AU - Doores, K. J. AU - Bonomelli, C. AU - Harvey, D. J. AU - Vasiljevic, S. AU - Dwek, R. A. AU - Burton, D. R. AU - Crispin, M. AU - Scanlan, C. N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Envelope glycans of immunodeficiency virions are almost entirely oligomannose antigens JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1006498107 DO - 10.1073/pnas.1006498107 ID - Doores2010 ER - TY - JOUR AU - Murphy MK, Y. L. AU - Pan, R. AU - Boliar, S. AU - Sethi, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Viral Escape from Neutralizing Antibodies in Early Subtype A HIV-1 Infection Drives an Increase in Autologous Neutralization Breadth JO - PLoS Pathog VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003173 DO - 10.1371/journal.ppat.1003173 ID - Murphy MK2013 ER - TY - JOUR AU - Huang, C. C. AU - Tang, M. AU - Zhang, M. Y. AU - Majeed, S. AU - Montabana, E. AU - Stanfield, R. L. AU - Dimitrov, D. S. AU - Korber, B. AU - Sodroski, J. AU - Wilson, I. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Structure of a V3-containing HIV-1 gp120 core JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1118398 DO - 10.1126/science.1118398 ID - Huang2005 ER - TY - JOUR AU - Lewis, D. J. AU - Fraser, C. A. AU - Mahmoud, A. N. AU - Wiggins, R. C. AU - Woodrow, M. AU - Cope, A. AU - Cai, C. AU - Giemza, R. AU - Jeffs, S. A. AU - Manoussaka, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Phase I randomised clinical trial of an HIV-1(CN54), clade C, trimeric envelope vaccine candidate delivered vaginally JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0025165 DO - 10.1371/journal.pone.0025165 ID - Lewis2011 ER - TY - JOUR AU - Cham, F. AU - Zhang, P. F. AU - Heyndrickx, L. AU - Bouma, P. AU - Zhong, P. AU - Katinger, H. AU - Robinson, J. AU - van der Groen, G. AU - Quinnan, G. V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Neutralization and infectivity characteristics of envelope glycoproteins from human immunodeficiency virus type 1 infected donors whose sera exhibit broadly cross-reactive neutralizing activity JO - Virology VL - 347 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2005.11.019 DO - 10.1016/j.virol.2005.11.019 ID - Cham2006 ER - TY - JOUR AU - Harrison, S. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mechanism of membrane fusion by viral envelope proteins JO - Adv Virus Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1016/S0065-3527(05)64007-9 DO - 10.1016/S0065-3527(05)64007-9 ID - Harrison2005 ER - TY - JOUR AU - Harrison, S. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Viral membrane fusion JO - Nat Struct Mol Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.1456 DO - 10.1038/nsmb.1456 ID - Harrison2008 ER - TY - JOUR AU - Miller, J. F. AU - Schatzel, K. AU - Vincent, B. PY - 1991 DA - 1991// TI - The Determination of Very Small Electrophoretic Mobilities in Polar and Nonpolar Colloidal Dispersions Using Phase-Analysis Light-Scattering JO - J Colloid Interface Sci VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/0021-9797(91)90286-H DO - 10.1016/0021-9797(91)90286-H ID - Miller1991 ER - TY - JOUR AU - Pitisuttithum, P. AU - Gilbert, P. AU - Gurwith, M. AU - Heyward, W. AU - Martin, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Randomized, double-blind, placebo-controlled efficacy trial of a bivalent recombinant glycoprotein 120 HIV-1 vaccine among injection drug users in Bangkok, Thailand JO - J Infect Dis VL - 194 UR - https://doi.org/10.1086/508748 DO - 10.1086/508748 ID - Pitisuttithum2006 ER - TY - JOUR AU - Crooks, E. T. AU - Moore, P. L. AU - Franti, M. AU - Cayanan, C. S. AU - Zhu, P. AU - Jiang, P. AU - de Vries, R. P. AU - Wiley, C. AU - Zharkikh, I. AU - Schulke, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - A comparative immunogenicity study of HIV-1 virus-like particles bearing various forms of envelope proteins, particles bearing no envelope and soluble monomeric gp120 JO - Virology VL - 366 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2007.04.033 DO - 10.1016/j.virol.2007.04.033 ID - Crooks2007 ER - TY - JOUR AU - Haynes, B. F. AU - Gilbert, P. B. AU - McElrath, M. J. AU - Zolla-Pazner, S. AU - Tomaras, G. D. AU - Alam, S. M. AU - Evans, D. T. AU - Montefiori, D. C. AU - Karnasuta, C. AU - Sutthent, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Immune-correlates analysis of an HIV-1 vaccine efficacy trial JO - N Engl J Med VL - 366 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1113425 DO - 10.1056/NEJMoa1113425 ID - Haynes2012 ER - TY - JOUR AU - Rerks-Ngarm, S. AU - Pitisuttithum, P. AU - Nitayaphan, S. AU - Kaewkungwal, J. AU - Chiu, J. AU - Paris, R. AU - Premsri, N. AU - Namwat, C. AU - de Souza, M. AU - Adams, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Vaccination with ALVAC and AIDSVAX to prevent HIV-1 infection in Thailand JO - N Engl J Med VL - 361 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa0908492 DO - 10.1056/NEJMoa0908492 ID - Rerks-Ngarm2009 ER - TY - JOUR AU - Guttman, M. AU - Kahn, M. AU - Garcia, N. K. AU - Hu, S. L. AU - Lee, K. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Solution structure, conformational dynamics, and CD4-induced activation in full-length, glycosylated, monomeric HIV gp120 JO - J Virol VL - 86 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.07224-11 DO - 10.1128/JVI.07224-11 ID - Guttman2012 ER - TY - JOUR AU - Nkolola, J. P. AU - Peng, H. AU - Settembre, E. C. AU - Freeman, M. AU - Grandpre, L. E. AU - Devoy, C. AU - Lynch, D. M. AU - La Porte, A. AU - Simmons, N. L. AU - Bradley, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Breadth of neutralizing antibodies elicited by stable, homogeneous clade A and clade C HIV-1 gp140 envelope trimers in guinea pigs JO - J Virol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02252-09 DO - 10.1128/JVI.02252-09 ID - Nkolola2010 ER - TY - JOUR AU - Sanders, R. W. AU - Vesanen, M. AU - Schuelke, N. AU - Master, A. AU - Schiffner, L. AU - Kalyanaraman, R. AU - Paluch, M. AU - Berkhout, B. AU - Maddon, P. J. AU - Olson, W. C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Stabilization of the soluble, cleaved, trimeric form of the envelope glycoprotein complex of human immunodeficiency virus type 1 JO - J Virol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.76.17.8875-8889.2002 DO - 10.1128/JVI.76.17.8875-8889.2002 ID - Sanders2002 ER - TY - JOUR AU - Sattentau, Q. J. AU - Moore, J. P. PY - 1995 DA - 1995// TI - Human immunodeficiency virus type 1 neutralization is determined by epitope exposure on the gp120 oligomer JO - J Exp Med VL - 182 UR - https://doi.org/10.1084/jem.182.1.185 DO - 10.1084/jem.182.1.185 ID - Sattentau1995 ER - TY - JOUR AU - White, T. A. AU - Bartesaghi, A. AU - Borgnia, M. J. AU - Meyerson, J. R. AU - de la Cruz, M. J. AU - Bess, J. W. AU - Nandwani, R. AU - Hoxie, J. A. AU - Lifson, J. D. AU - Milne, J. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Molecular architectures of trimeric SIV and HIV-1 envelope glycoproteins on intact viruses: strain-dependent variation in quaternary structure JO - PLoS Pathog VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1001249 DO - 10.1371/journal.ppat.1001249 ID - White2010 ER - TY - JOUR AU - O’Connor, T. J. AU - Kinchington, D. AU - Kangro, H. O. AU - Jeffries, D. J. PY - 1995 DA - 1995// TI - The activity of candidate virucidal agents, low pH and genital secretions against HIV-1 in vitro JO - Int J STD AIDS VL - 6 ID - O’Connor1995 ER - TY - JOUR AU - Connor, R. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Sensitivity of non-clade B primary HIV-1 isolates to mildly acidic pH JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 43 UR - https://doi.org/10.1097/01.qai.0000243048.50451.18 DO - 10.1097/01.qai.0000243048.50451.18 ID - Connor2006 ER - TY - JOUR AU - Miyauchi, K. AU - Kim, Y. AU - Latinovic, O. AU - Morozov, V. AU - Melikyan, G. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - HIV enters cells via endocytosis and dynamin-dependent fusion with endosomes JO - Cell VL - 137 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.02.046 DO - 10.1016/j.cell.2009.02.046 ID - Miyauchi2009 ER - TY - BOOK AU - Masters, W. H. AU - Johnson, V. E. PY - 1966 DA - 1966// TI - Human Sexual Response PB - Co CY - Boston ID - Masters1966 ER - TY - JOUR AU - Boskey, E. R. AU - Telsch, K. M. AU - Whaley, K. J. AU - Moench, T. R. AU - Cone, R. A. PY - 1999 DA - 1999// TI - Acid production by vaginal flora in vitro is consistent with the rate and extent of vaginal acidification JO - Infect Immun VL - 67 ID - Boskey1999 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Cimbro, R. AU - Lusso, P. AU - Berger, E. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Intraprotomer masking of third variable loop (V3) epitopes by the first and second variable loops (V1V2) within the native HIV-1 envelope glycoprotein trimer JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1104840108 DO - 10.1073/pnas.1104840108 ID - Liu2011 ER - TY - JOUR AU - Edwards, T. G. AU - Hoffman, T. L. AU - Baribaud, F. AU - Wyss, S. AU - LaBranche, C. C. AU - Romano, J. AU - Adkinson, J. AU - Sharron, M. AU - Hoxie, J. A. AU - Doms, R. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Relationships between CD4 independence, neutralization sensitivity, and exposure of a CD4-induced epitope in a human immunodeficiency virus type 1 envelope protein JO - J Virol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.75.11.5230-5239.2001 DO - 10.1128/JVI.75.11.5230-5239.2001 ID - Edwards2001 ER - TY - JOUR AU - Pao, M. L. AU - Grefsheim, S. F. AU - Barclay, M. L. AU - Woolliscroft, J. O. AU - McQuillan, M. AU - Shipman, B. L. PY - 1993 DA - 1993// TI - Factors affecting students’ use of MEDLINE JO - Computers and biomedical research, an international journal VL - 26 UR - https://doi.org/10.1006/cbmr.1993.1038 DO - 10.1006/cbmr.1993.1038 ID - Pao1993 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Jin, W. AU - Hu, K. AU - Luo, S. AU - Du, T. AU - Griffin, G. E. AU - Shattock, R. J. AU - Hu, Q. PY - 2012 DA - 2012// TI - Highly conserved HIV-1 gp120 glycans proximal to CD4-binding region affect viral infectivity and neutralizing antibody induction JO - Virology VL - 423 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2011.11.023 DO - 10.1016/j.virol.2011.11.023 ID - Huang2012 ER - TY - JOUR AU - Koch, M. AU - Pancera, M. AU - Kwong, P. D. AU - Kolchinsky, P. AU - Grundner, C. AU - Wang, L. AU - Hendrickson, W. A. AU - Sodroski, J. AU - Wyatt, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Structure-based, targeted deglycosylation of HIV-1 gp120 and effects on neutralization sensitivity and antibody recognition JO - Virology VL - 313 UR - https://doi.org/10.1016/S0042-6822(03)00294-0 DO - 10.1016/S0042-6822(03)00294-0 ID - Koch2003 ER - TY - JOUR AU - Hedestam, G. B. K. AU - Fouchier, R. A. M. AU - Phogat, S. AU - Burton, D. R. AU - Sodroski, J. AU - Wyatt, R. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - The challenges of eliciting neutralizing antibodies to HIV-1 and to influenza virus JO - Nat Rev Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1819 DO - 10.1038/nrmicro1819 ID - Hedestam2008 ER - TY - JOUR AU - Carr, C. M. AU - Chaudhry, C. AU - Kim, P. S. PY - 1997 DA - 1997// TI - Influenza hemagglutinin is spring-loaded by a metastable native conformation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 94 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.94.26.14306 DO - 10.1073/pnas.94.26.14306 ID - Carr1997 ER - TY - JOUR AU - Eckert, D. M. AU - Kim, P. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mechanisms of viral membrane fusion and its inhibition JO - Annu Rev Biochem VL - 70 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.70.1.777 DO - 10.1146/annurev.biochem.70.1.777 ID - Eckert2001 ER - TY - JOUR AU - Xu, R. AU - Wilson, I. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Structural characterization of an early fusion intermediate of influenza virus hemagglutinin JO - J Virol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02430-10 DO - 10.1128/JVI.02430-10 ID - Xu2011 ER - TY - JOUR AU - Cantin, R. AU - Methot, S. AU - Tremblay, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Plunder and stowaways: incorporation of cellular proteins by enveloped viruses JO - J Virol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.79.11.6577-6587.2005 DO - 10.1128/JVI.79.11.6577-6587.2005 ID - Cantin2005 ER - TY - JOUR AU - Wu, H. AU - Kwong, P. D. AU - Hendrickson, W. A. PY - 1997 DA - 1997// TI - Dimeric association and segmental variability in the structure of human CD4 JO - Nature VL - 387 UR - https://doi.org/10.1038/387527a0 DO - 10.1038/387527a0 ID - Wu1997 ER - TY - JOUR AU - Greenhead, P. AU - Hayes, P. AU - Watts, P. S. AU - Laing, K. G. AU - Griffin, G. E. AU - Shattock, R. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Parameters of human immunodeficiency virus infection of human cervical tissue and inhibition by vaginal virucides JO - J Virol VL - 74 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.74.12.5577-5586.2000 DO - 10.1128/JVI.74.12.5577-5586.2000 ID - Greenhead2000 ER - TY - JOUR AU - Arthur, L. O. AU - Bess, J. W. AU - Chertova, E. N. AU - Rossio, J. L. AU - Esser, M. T. AU - Benveniste, R. E. AU - Henderson, L. E. AU - Lifson, J. D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Chemical inactivation of retroviral infectivity by targeting nucleocapsid protein zinc fingers: a candidate SIV vaccine JO - AIDS Res Hum Retroviruses VL - 14 ID - Arthur1998 ER - TY - JOUR AU - Trubey, C. M. AU - Chertova, E. AU - Coren, L. V. AU - Hilburn, J. M. AU - Hixson, C. V. AU - Nagashima, K. AU - Lifson, J. D. AU - Ott, D. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Quantitation of HLA class II protein incorporated into human immunodeficiency type 1 virions purified by anti-CD45 immunoaffinity depletion of microvesicles JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.23.12699-12709.2003 DO - 10.1128/JVI.77.23.12699-12709.2003 ID - Trubey2003 ER - TY - JOUR AU - Chertova, E. AU - Chertov, O. AU - Coren, L. V. AU - Roser, J. D. AU - Trubey, C. M. AU - Bess, J. W. AU - Sowder, R. C. AU - Barsov, E. AU - Hood, B. L. AU - Fisher, R. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - Proteomic and biochemical analysis of purified human immunodeficiency virus type 1 produced from infected monocyte-derived macrophages JO - J Virol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.01013-06 DO - 10.1128/JVI.01013-06 ID - Chertova2006 ER - TY - BOOK AU - Shaw, D. J. PY - 1969 DA - 1969// TI - Electrophoresis PB - Academic P CY - London, New York ID - Shaw1969 ER - TY - JOUR AU - Dolinsky, T. J. AU - Czodrowski, P. AU - Li, H. AU - Nielsen, J. E. AU - Jensen, J. H. AU - Klebe, G. AU - Baker, N. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - PDB2PQR: expanding and upgrading automated preparation of biomolecular structures for molecular simulations JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm276 DO - 10.1093/nar/gkm276 ID - Dolinsky2007 ER - TY - JOUR AU - Olsson, M. H. M. AU - Sondergaard, C. R. AU - Rostkowski, M. AU - Jensen, J. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pK(a) Predictions JO - J Chem Theory Comput VL - 7 UR - https://doi.org/10.1021/ct100578z DO - 10.1021/ct100578z ID - Olsson2011 ER - TY - JOUR AU - Hornak, V. AU - Abel, R. AU - Okur, A. AU - Strockbine, B. AU - Roitberg, A. AU - Simmerling, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparison of multiple amber force fields and development of improved protein backbone parameters JO - Proteins-Structure Function and Bioinformatics VL - 65 UR - https://doi.org/10.1002/prot.21123 DO - 10.1002/prot.21123 ID - Hornak2006 ER - TY - JOUR AU - Kirschner, K. N. AU - Yongye, A. B. AU - Tschampel, S. M. AU - Gonzalez-Outeirino, J. AU - Daniels, C. R. AU - Foley, B. L. AU - Woods, R. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - GLYCAM06: A generalizable Biomolecular force field. Carbohydrates JO - J Comput Chem VL - 29 UR - https://doi.org/10.1002/jcc.20820 DO - 10.1002/jcc.20820 ID - Kirschner2008 ER - TY - JOUR AU - Humphrey, W. AU - Dalke, A. AU - Schulten, K. PY - 1996 DA - 1996// TI - VMD: Visual molecular dynamics JO - J Mol Graph Model VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5 DO - 10.1016/0263-7855(96)00018-5 ID - Humphrey1996 ER - TY - STD TI - The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.5.0.4: Schrödinger, LLC ID - ref83 ER - TY - STD TI - Lattice: Multivariate Data Visualization with R. http://lmdvr.r-forge.r-project.org, UR - http://lmdvr.r-forge.r-project.org ID - ref84 ER - TY - STD TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing. http://www.r-project.org, UR - http://www.r-project.org ID - ref85 ER -